seq1 = pF1KB9692.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KB9692/gi568815581r_48513205.tfa (gi568815581r:48513205_48714704), 201500 bp

>pF1KB9692 729
>gi568815581r:48513205_48714704 (Chr17)

(complement)

1-424  (100001-100424)   100% ->
425-729  (101196-101500)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCTTATTTCGTCAACTCACTGTTCTCCAAATACAAAACCGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTCTTATTTCGTCAACTCACTGTTCTCCAAATACAAAACCGGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCCTGCGCCCCAATTATTATGACTGCGGCTTCGCCCAGGACCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCCTGCGCCCCAATTATTATGACTGCGGCTTCGCCCAGGACCTGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCGACCCACCGTGGTGTACGGTCCCAGCAGCGGCGGCAGCTTCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCGACCCACCGTGGTGTACGGTCCCAGCAGCGGCGGCAGCTTCCAGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGTCGCAAATCCAGGAGTTCTACCACGGGCCGTCGTCGCTGTCCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGTCGCAAATCCAGGAGTTCTACCACGGGCCGTCGTCGCTGTCCACGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCCTACCAGCAGAACCCGTGCGCCGTGGCGTGCCACGGGGACCCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCCCTACCAGCAGAACCCGTGCGCCGTGGCGTGCCACGGGGACCCCGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTTCTACGGCTACGACCCGCTGCAACGCCAGAGCCTATTCGGTGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATTTCTACGGCTACGACCCGCTGCAACGCCAGAGCCTATTCGGTGCGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATCCAGACCTGGTGCAGTACGCAGACTGCAAGCTTGCCGCCGCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATCCAGACCTGGTGCAGTACGCAGACTGCAAGCTTGCCGCCGCCAGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGGGCGAGGAGGCCGAGGGCTCCGAGCAGAGCCCGTCGCCCACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGGGCGAGGAGGCCGAGGGCTCCGAGCAGAGCCCGTCGCCCACACAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTTCCCCTGGATGCGCCCGCAAG         CAGCCGCCGGACGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100401 TCTTCCCCTGGATGCGCCCGCAAGGTG...CAGCAGCCGCCGGACGCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGAGGCCGACAGACCTACAGCCGCTACCAGACCCTGGAGCTGGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101213 CGAGGCCGACAGACCTACAGCCGCTACCAGACCCTGGAGCTGGAGAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTTCCTATTTAATCCCTATCTGACTCGTAAGCGGCGAATCGAGGTATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101263 GTTCCTATTTAATCCCTATCTGACTCGTAAGCGGCGAATCGAGGTATCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACGCCCTGGGACTGACAGAGAGACAGGTCAAAATCTGGTTCCAGAACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101313 ACGCCCTGGGACTGACAGAGAGACAGGTCAAAATCTGGTTCCAGAACCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGGATGAAGTGGAAAAAAGAGAACAACAAAGACAAGTTCCCCAGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101363 AGGATGAAGTGGAAAAAAGAGAACAACAAAGACAAGTTCCCCAGCAGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ATGCGAGCAGGAGGAGCTGGAGAAACAGAAGCTGGAGCGGGCCCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101413 ATGCGAGCAGGAGGAGCTGGAGAAACAGAAGCTGGAGCGGGCCCCAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .
    692 CGGCGGACGAGGGCGACGCGCAGAAGGGCGACAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101463 CGGCGGACGAGGGCGACGCGCAGAAGGGCGACAAGAAG