seq1 = pF1KB9690.tfa, 678 bp
seq2 = pF1KB9690/gi568815589f_951614.tfa (gi568815589f:951614_1155771), 204158 bp

>pF1KB9690 678
>gi568815589f:951614_1155771 (Chr9)

1-525  (100001-100525)   100% ->
526-628  (102109-102211)   100% ->
629-678  (104109-104158)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGACCCGCAGGCTGGCTCCGCGGCCGGGGACTGGGAGATCGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGACCCGCAGGCTGGCTCCGCGGCCGGGGACTGGGAGATCGATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGAGCCTGGAGCTGGAAGAGGACGTCTGCGGGGCGCCGCGGTCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGAGCCTGGAGCTGGAAGAGGACGTCTGCGGGGCGCCGCGGTCCACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCCGGGCCCAGCCCGCCGCCGGCGGACGGGGACTGCGAGGACGACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCCGGGCCCAGCCCGCCGCCGGCGGACGGGGACTGCGAGGACGACGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGACGACGGGGTGGACGAAGACGCGGAAGAAGAGGGCGACGGCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATGACGACGGGGTGGACGAAGACGCGGAAGAAGAGGGCGACGGCGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCAGGCGCGTCCCCCGGGATGCCCGGCCAGCCGGAGCAGCGGGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCAGGCGCGTCCCCCGGGATGCCCGGCCAGCCGGAGCAGCGGGGGGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCAGCCGAGGCCGCCGCTCGCGCCTCAGGCCTCACCCGCCGGCACCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCAGCCGAGGCCGCCGCTCGCGCCTCAGGCCTCACCCGCCGGCACCGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCCGAGAGCGCTGCACTCCCGCGGGCGGCGGCGCGGAGCCGCGCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCCGAGAGCGCTGCACTCCCGCGGGCGGCGGCGCGGAGCCGCGCAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGCCGCACGCCCAAGTGCGCGCGCTGCCGCAACCACGGCGTGGTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGCCGCACGCCCAAGTGCGCGCGCTGCCGCAACCACGGCGTGGTGTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCTGAAGGGCCACAAGCGCTTCTGTCGCTGGCGCGACTGCCAGTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCTGAAGGGCCACAAGCGCTTCTGTCGCTGGCGCGACTGCCAGTGCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AACTGCCTGCTGGTGGTGGAGCGGCAGCGCGTCATGGCCGCCCAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AACTGCCTGCTGGTGGTGGAGCGGCAGCGCGTCATGGCCGCCCAGGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTCCGGAGGCAGCAGGCCACCGAG         GACAAGAAGGGGCTTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100501 GCTCCGGAGGCAGCAGGCCACCGAGGTG...CAGGACAAGAAGGGGCTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCGGGAAACAGAATAATTTCGAGCGCAAAGCTGTGTACCAGAGGCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102125 CCGGGAAACAGAATAATTTCGAGCGCAAAGCTGTGTACCAGAGGCAAGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGAGCCCCCAGTTTGCTGGCCAAAAGCATTTTAGAAG         TTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102175 AGAGCCCCCAGTTTGCTGGCCAAAAGCATTTTAGAAGGTA...TAGTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    633 CCTTGGATTATTCTACAGCTATTATGTGTACATAATGAACCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104113 CCTTGGATTATTCTACAGCTATTATGTGTACATAATGAACCATCTT