seq1 = pF1KB9688.tfa, 666 bp
seq2 = pF1KB9688/gi568815586f_53933123.tfa (gi568815586f:53933123_54134489), 201367 bp

>pF1KB9688 666
>gi568815586f:53933123_54134489 (Chr12)

1-454  (100001-100454)   100% ->
455-666  (101156-101367)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCCTACGTAGCCAATTCATTCTATAAGCAGAGCCCCAATATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTCCTACGTAGCCAATTCATTCTATAAGCAGAGCCCCAATATCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCTATAACATGCAAACTTGTGGGAACTATGGATCGGCCTCAGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCTATAACATGCAAACTTGTGGGAACTATGGATCGGCCTCAGAGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCATCCAGGTACTGCTACGGCGGATTGGACTTAAGCATCACTTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGCATCCAGGTACTGCTACGGCGGATTGGACTTAAGCATCACTTTCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCCTGCGCCTTCCAACTCTCTCCACGGGGTAGACATGGCTGCCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGCCTGCGCCTTCCAACTCTCTCCACGGGGTAGACATGGCTGCCAACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGGGCTCACCCCGACCGCCCCGCCTGCAGCGCCGCGGCCGCTCCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGGGCTCACCCCGACCGCCCCGCCTGCAGCGCCGCGGCCGCTCCGGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGCTCCGGGCAGAGACGAAGCGGCTCCTCTGAACCCCGGGATGTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGCTCCGGGCAGAGACGAAGCGGCTCCTCTGAACCCCGGGATGTACAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGAAGGCGGCTCGCCCGGCGCTGGAGGAGCGAGCTAAGAGCAGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGAAGGCGGCTCGCCCGGCGCTGGAGGAGCGAGCTAAGAGCAGTGGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATCAAAGAGGAGCAGGCGCAGACAGGGCAGCCCGCCGGACTGAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATCAAAGAGGAGCAGGCGCAGACAGGGCAGCCCGCCGGACTGAGCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACCGGCCCCGCCACAGATTTACCCGTGGATGACCAAACTGCACATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CACCGGCCCCGCCACAGATTTACCCGTGGATGACCAAACTGCACATGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CACG         AGACGGACGGCAAGCGGTCCCGAACCAGTTACACGCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CACGGTA...CAGAGACGGACGGCAAGCGGTCCCGAACCAGTTACACGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTACCAGACTCTGGAACTCGAGAAAGAATTCCACTTTAACCGCTACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101193 CTACCAGACTCTGGAACTCGAGAAAGAATTCCACTTTAACCGCTACCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTCGCCGCAGGCGCATAGAGATCGCCAACAACTTGTGTCTCAATGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101243 CTCGCCGCAGGCGCATAGAGATCGCCAACAACTTGTGTCTCAATGAGAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGATCAAGATCTGGTTCCAGAACCGCAGGATGAAGTGGAAGAAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101293 CAGATCAAGATCTGGTTCCAGAACCGCAGGATGAAGTGGAAGAAAGATTC

    650     .    :    .    :    .
    642 CAAAATGAAAAGCAAAGAGGCTCTT
        |||||||||||||||||||||||||
 101343 CAAAATGAAAAGCAAAGAGGCTCTT