seq1 = pF1KB9667.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KB9667/gi568815594f_187902808.tfa (gi568815594f:187902808_188103737), 200930 bp

>pF1KB9667 930
>gi568815594f:187902808_188103737 (Chr4)

1-930  (100001-100930)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCAGCAACTGAAGAAACGGGCAAAGACAAGACACCAGAAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCAGCAACTGAAGAAACGGGCAAAGACAAGACACCAGAAAGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTGGAAGAGCCCCCAGTGGGGCTAAGCCCAGGCAAGGCAAGTCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTGGAAGAGCCCCCAGTGGGGCTAAGCCCAGGCAAGGCAAGTCAAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGACCTGCAGGCGGAAATAGAACCTGTCAGCGCGGTGTGGGCCTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGACCTGCAGGCGGAAATAGAACCTGTCAGCGCGGTGTGGGCCTTATGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGGCTATGTGTGCTATGAGCCTGGCCCTCAGGCTCTCGGAGGGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATGGCTATGTGTGCTATGAGCCTGGCCCTCAGGCTCTCGGAGGGGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTCTCAGACTGTTACATAGAATGCGTCATAAGGGGTGAGTTTTCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTCTCAGACTGTTACATAGAATGCGTCATAAGGGGTGAGTTTTCTCAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATCCTGGAAGAGGACTCACTTTTTGAGTCCTTGGAATACCTAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCATCCTGGAAGAGGACTCACTTTTTGAGTCCTTGGAATACCTAAAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGATCAGAACAACAGCTTTCTCAAAAGGTTTTCGAAGCAAGCTCCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGATCAGAACAACAGCTTTCTCAAAAGGTTTTCGAAGCAAGCTCCCTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATGTTCTTTGGAATACATGAAAAAAGGGGTAAAGAAAGAGCTTCCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATGTTCTTTGGAATACATGAAAAAAGGGGTAAAGAAAGAGCTTCCACAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGATAGTTGGAGAGAATTCGCTTGAGTATTCTGAGTACATGACAGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGATAGTTGGAGAGAATTCGCTTGAGTATTCTGAGTACATGACAGGCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGCTTCCGCCTGGAGGAATACCTGGCATTGACCTATCAGATCCTAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGCTTCCGCCTGGAGGAATACCTGGCATTGACCTATCAGATCCTAAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTCGCAGAATTTGCTAGAAAGAAGCCCCCCATAAATAAAGAATATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTCGCAGAATTTGCTAGAAAGAAGCCCCCCATAAATAAAGAATATGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTCTGAGCGCAATCGCTTGTCCTCAGAGTGGATGCACTAGGAAGTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTCTGAGCGCAATCGCTTGTCCTCAGAGTGGATGCACTAGGAAGTTGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AATAGAGCTGCCCTGAGAAAGCATCTCCTCATTCATGGTCCCCGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AATAGAGCTGCCCTGAGAAAGCATCTCCTCATTCATGGTCCCCGAGACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGTCTGTGCGGAATGTGGGAAAGCGTTCGTTGAGAGCTCAAAACTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGTCTGTGCGGAATGTGGGAAAGCGTTCGTTGAGAGCTCAAAACTAAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GACATTTCCTGGTTCATACTGGAGAGAAGCCGTTTCGGTGCACTTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GACATTTCCTGGTTCATACTGGAGAGAAGCCGTTTCGGTGCACTTTTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGGTGCGGAAAGCGCTTCTCTCTGGACTTTAATTTGCGTACGCACGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGGTGCGGAAAGCGCTTCTCTCTGGACTTTAATTTGCGTACGCACGTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATCCACACGGGGGAGAAACGTTTCGTGTGTCCCTTTCAAGGCTGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATCCACACGGGGGAGAAACGTTTCGTGTGTCCCTTTCAAGGCTGCAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGAGGTTTATTCAGTCAAATAACCTGAAAGCCCACATCCTAACGCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGAGGTTTATTCAGTCAAATAACCTGAAAGCCCACATCCTAACGCATGCA

    900     .    :    .    :    .    :
    901 AATACGAACAAGAATGAACAAGAGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AATACGAACAAGAATGAACAAGAGGGAAAG