seq1 = pF1KB9665.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KB9665/gi568815580f_35206625.tfa (gi568815580f:35206625_35407893), 201269 bp

>pF1KB9665 1269
>gi568815580f:35206625_35407893 (Chr18)

1-1269  (100001-101269)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTGTGGGAAAGCCTTCAGTCAGAGCTCAGATCTTATTCTGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTGTGGGAAAGCCTTCAGTCAGAGCTCAGATCTTATTCTGCATCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAATCCATACTGGGGAGAAACCATATCCATGTAATCAGTGTAGCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAATCCATACTGGGGAGAAACCATATCCATGTAATCAGTGTAGCAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTCAGTCAGAATTCAGACCTTATTAAACATCGAAGGATCCACACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTCAGTCAGAATTCAGACCTTATTAAACATCGAAGGATCCACACTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAAACCCTATAAATGTAATGAGTGTGGGAAAGCTTTTAATCAGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAAACCCTATAAATGTAATGAGTGTGGGAAAGCTTTTAATCAGAGCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCTTATTTTACATCAGAGGATTCATACTGGAGAGAAACCCTATCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCCTTATTTTACATCAGAGGATTCATACTGGAGAGAAACCCTATCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGATCAATGTAGCAAAACCTTCAGTAGGCTTTCAGATCTTATTAATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGATCAATGTAGCAAAACCTTCAGTAGGCTTTCAGATCTTATTAATCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACGAATTCACACTGGAGAGAAGCCTTACCCATGTAATCAGTGCAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACGAATTCACACTGGAGAGAAGCCTTACCCATGTAATCAGTGCAATAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATGTTTAGTCGAAGATGAGATCTTGTTAAACATCACAGAATTCATACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATGTTTAGTCGAAGATGAGATCTTGTTAAACATCACAGAATTCATACAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAGAAACCCTATGAATGTGATGAATGTGGGAAAACCTTTAGTCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAGAAACCCTATGAATGTGATGAATGTGGGAAAACCTTTAGTCAGAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCAACCTTATTCTTCATCAGAGAATCCACACTGGAGAGAAACCTTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCAACCTTATTCTTCATCAGAGAATCCACACTGGAGAGAAACCTTATGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGTAGTGATTGTACTAAAAGCTTTAGTCGCCGTTCAGATCTTGTTAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGTAGTGATTGTACTAAAAGCTTTAGTCGCCGTTCAGATCTTGTTAAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCAAAGAATACACACTGGAGAGAAACCATATGCATGTAATCAGTGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCAAAGAATACACACTGGAGAGAAACCATATGCATGTAATCAGTGTGATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAAGTTTTAGTCAAAGCTCAGACCTCACTAAACATCAGAGAGTACACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAAGTTTTAGTCAAAGCTCAGACCTCACTAAACATCAGAGAGTACACTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGTGAAAAGCCTTATCATTGCAATAGTTGTGAGAAAGCCTTCAGTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGTGAAAAGCCTTATCATTGCAATAGTTGTGAGAAAGCCTTCAGTCAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTCTGACCTTATTCTTCATCAGAGAATTCACACTGGAGAAAAACTATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTCTGACCTTATTCTTCATCAGAGAATTCACACTGGAGAAAAACTATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGTGCACACAGTGCAGCAAAAGTTTCAGTCAGATCTCAGACCTCATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGTGCACACAGTGCAGCAAAAGTTTCAGTCAGATCTCAGACCTCATTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACACCAGAGAATCCACACTGGGGAAAAACCATATAAATGCAGTGAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACACCAGAGAATCCACACTGGGGAAAAACCATATAAATGCAGTGAGTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGAAGGCTTTCAGTCAGTGCTCAGCTCTTACCCTACACCAGAGAATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGAAGGCTTTCAGTCAGTGCTCAGCTCTTACCCTACACCAGAGAATCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACTGGGAAGAAACCAAATCCATGTGATGAGTGTGGCAAAAGCTTTAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACTGGGAAGAAACCAAATCCATGTGATGAGTGTGGCAAAAGCTTTAGTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCGTTCTGATCTCATTAACCATCAAAAAATACACACTGGTGAAAAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCGTTCTGATCTCATTAACCATCAAAAAATACACACTGGTGAAAAGCCGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATAAGTGTGATGCATGTGGGAAAGCCTTCAGCACATGTACTGATCTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATAAGTGTGATGCATGTGGGAAAGCCTTCAGCACATGTACTGATCTTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAACACCAGAAAACCCATGCTGAGGAGAAACCCTACCAGTGTGTTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAACACCAGAAAACCCATGCTGAGGAGAAACCCTACCAGTGTGTTCAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CAGCAGAAGTTGTAGCCAACTCTCTGAACTTACTATTCATGAGGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CAGCAGAAGTTGTAGCCAACTCTCTGAACTTACTATTCATGAGGAAGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ATTGTGGAGAAGACAGTCAAAATGTGATGAATGTGAGAAAACCTTTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ATTGTGGAGAAGACAGTCAAAATGTGATGAATGTGAGAAAACCTTTAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TGTACACCAACTCTATTCAGTACCAGAGACACTGTACCAGAAAAAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TGTACACCAACTCTATTCAGTACCAGAGACACTGTACCAGAAAAAAATCT

   1250     .    :    .
   1251 AATGAATGCTGTTGATTAT
        |||||||||||||||||||
 101251 AATGAATGCTGTTGATTAT