seq1 = pF1KB9651.tfa, 720 bp
seq2 = pF1KB9651/gi568815595f_137664785.tfa (gi568815595f:137664785_137865504), 200720 bp

>pF1KB9651 720
>gi568815595f:137664785_137865504 (Chr3)

1-720  (100001-100720)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAAACCTTCAGACCACATCAAGCGGCCCATGAACGCCTTCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAAACCTTCAGACCACATCAAGCGGCCCATGAACGCCTTCATGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGGTCCCGGGGCCAGCGGCGCAAGATGGCCCAGGAAAACCCCAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGGTCCCGGGGCCAGCGGCGCAAGATGGCCCAGGAAAACCCCAAGATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAACTCGGAGATCAGCAAACGCCTAGGTGCCGAATGGAAGCTTCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAACTCGGAGATCAGCAAACGCCTAGGTGCCGAATGGAAGCTTCTGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGCAGAGAAGCGGCCATACATCGATGAAGCCAAGCGGCTACGCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGCAGAGAAGCGGCCATACATCGATGAAGCCAAGCGGCTACGCGCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCACATGAAGGAGCACCCTGACTACAAGTACCGACCTCGGCGCAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCACATGAAGGAGCACCCTGACTACAAGTACCGACCTCGGCGCAAGCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAACCTGCTCAAGAAGGACAGGTATGTCTTCCCCTTGCCCTACCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAACCTGCTCAAGAAGGACAGGTATGTCTTCCCCTTGCCCTACCTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACACGGACCCGCTCAAGGCGGCTGGCCTGCCCGTGGGGGCCTCCGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACACGGACCCGCTCAAGGCGGCTGGCCTGCCCGTGGGGGCCTCCGACGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTCCTGAGCGCGCCCGAGAAAGCCCGGGCCTTCTTGCCGCCGGCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTCCTGAGCGCGCCCGAGAAAGCCCGGGCCTTCTTGCCGCCGGCCTCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCCCTACTCCCTGCTGGACCCCGCGCAGTTTAGCTCGAGCGCCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCCCTACTCCCTGCTGGACCCCGCGCAGTTTAGCTCGAGCGCCATCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGATGGGCGAAGTGCCCCACACCTTGGCTACCGGCGCTCTGCCCTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGATGGGCGAAGTGCCCCACACCTTGGCTACCGGCGCTCTGCCCTACGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTCCACCCTGGGCTACCAGAACGGCGCCTTCGGCAGCCTCAGCTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTCCACCCTGGGCTACCAGAACGGCGCCTTCGGCAGCCTCAGCTGCCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCAGCACACGCACACGCACCCGTCCCCCACCAACCCTGGCTACGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCAGCACACGCACACGCACCCGTCCCCCACCAACCCTGGCTACGTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCCTGTAACTGTACCGCCTGGTCTGCCTCCACCCTGCAGCCCCCCGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCCTGTAACTGTACCGCCTGGTCTGCCTCCACCCTGCAGCCCCCCGTCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACATCCTCTTCCCAGGCATGACCAAGACTGGCATAGACCCTTATTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACATCCTCTTCCCAGGCATGACCAAGACTGGCATAGACCCTTATTCGT

    700     .    :    .    :
    701 CAGCCCACGCTACGGCCATG
        ||||||||||||||||||||
 100701 CAGCCCACGCTACGGCCATG