seq1 = pF1KB9650.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KB9650/gi568815578f_226018.tfa (gi568815578f:226018_426869), 200852 bp

>pF1KB9650 945
>gi568815578f:226018_426869 (Chr20)

1-945  (99908-100852)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCAGCAGCGGGGCGCGAGGGCCAAGCGGGACGGCGGGCCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99908 ATGGTGCAGCAGCGGGGCGCGAGGGCCAAGCGGGACGGCGGGCCGCCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGGGACCCGGGCCGGCCGAGGAGGGGGCGCGCGAGCCCGGCTGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99958 CCCGGGACCCGGGCCGGCCGAGGAGGGGGCGCGCGAGCCCGGCTGGTGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACCCCGAGCGGCCACATCAAGAGGCCGATGAACGCATTCATGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 AGACCCCGAGCGGCCACATCAAGAGGCCGATGAACGCATTCATGGTGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGCAGCACGAACGGCGGAAGATCATGGACCAGTGGCCCGACATGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100058 TCGCAGCACGAACGGCGGAAGATCATGGACCAGTGGCCCGACATGCACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCCGAGATCTCCAAGCGCCTGGGCCGCCGCTGGCAGCTGCTGCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100108 CGCCGAGATCTCCAAGCGCCTGGGCCGCCGCTGGCAGCTGCTGCAGGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGAGAAGATCCCGTTCGTGCGGGAGGCGGAGCGGCTGCGGCTCAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100158 CGGAGAAGATCCCGTTCGTGCGGGAGGCGGAGCGGCTGCGGCTCAAGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGGCGGATTACCCGGACTACAAGTACCGGCCGCGCAAAAAGAGCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100208 ATGGCGGATTACCCGGACTACAAGTACCGGCCGCGCAAAAAGAGCAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCGCCCGCCAAGGCGCGGCCCCGCCCCCCCGGTGGTAGCGGTGGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100258 GGCGCCCGCCAAGGCGCGGCCCCGCCCCCCCGGTGGTAGCGGTGGCGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCGGCTCAAGCCCGGGCCGCAGCTGCCTGGCCGCGGGGGCCGCCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100308 GCCGGCTCAAGCCCGGGCCGCAGCTGCCTGGCCGCGGGGGCCGCCGAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCGGGAGGGCCTTTGGGGGGCGGGGCGGCGGCGCCCGAGGACGACGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100358 GCGGGAGGGCCTTTGGGGGGCGGGGCGGCGGCGCCCGAGGACGACGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGACGACGACGAGGAGCTGCTGGAAGTGCGCCTGGTCGAGACCCCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100408 AGACGACGACGAGGAGCTGCTGGAAGTGCGCCTGGTCGAGACCCCGGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGGAGCTGTGGAGGATGGTCCCGGCGGGACGGGCCGCTCGGGGACAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100458 GGGAGCTGTGGAGGATGGTCCCGGCGGGACGGGCCGCTCGGGGACAAGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGCGCGCCCAAGGGCCGTCGGGCGAGGGGGCGGCCGCCGCCGCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100508 GAGCGCGCCCAAGGGCCGTCGGGCGAGGGGGCGGCCGCCGCCGCCGCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTCCCCGACACCGTCGGAGGACGAGGAGCCGGAGGAAGAGGAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100558 CTCCCCGACACCGTCGGAGGACGAGGAGCCGGAGGAAGAGGAGGAGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGGCAGCGGCTGAGGAAGGTGAAGAGGAGACGGTGGCGTCGGGGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100608 CGGCAGCGGCTGAGGAAGGTGAAGAGGAGACGGTGGCGTCGGGGGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCGCTGGGCTTTCTGTCCAGGCTGCCCCCTGGCCCGGCCGGCCTGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100658 TCGCTGGGCTTTCTGTCCAGGCTGCCCCCTGGCCCGGCCGGCCTGGACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCGCCCTGGATCGCGACCCGGACCTGCAGCCTCCCTCGGGCACGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100708 CAGCGCCCTGGATCGCGACCCGGACCTGCAGCCTCCCTCGGGCACGTCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACTTCGAGTTCCCGGACTACTGCACCCCCGAGGTTACCGAGATGATCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100758 ACTTCGAGTTCCCGGACTACTGCACCCCCGAGGTTACCGAGATGATCGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 GGGGACTGGCGCCCGTCTAGCATCGCAGACCTGGTTTTCACCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100808 GGGGACTGGCGCCCGTCTAGCATCGCAGACCTGGTTTTCACCTAC