seq1 = pF1KB9643.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KB9643/gi568815585f_49911941.tfa (gi568815585f:49911941_50113161), 201221 bp

>pF1KB9643 1221
>gi568815585f:49911941_50113161 (Chr13)

1-1221  (100001-101221)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGCTTGAAGAAGATCTCACATGCCCTATTTGTTGTAGTCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGCTTGAAGAAGATCTCACATGCCCTATTTGTTGTAGTCTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATGATCCACGGGTTTTGCCTTGCTCCCACAACTTCTGCAAAAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGATGATCCACGGGTTTTGCCTTGCTCCCACAACTTCTGCAAAAAATGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGAAGGTATCTTAGAAGGGAGTGTGCGGAATTCCTTGTGGAGACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGAAGGTATCTTAGAAGGGAGTGTGCGGAATTCCTTGTGGAGACCAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCATTCAAGTGTCCTACATGCCGTAAGGAAACTTCAGCTACTGGAATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCATTCAAGTGTCCTACATGCCGTAAGGAAACTTCAGCTACTGGAATTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAGCCTGCAGGTTAATTACTCCCTGAAGGGTATTGTGGAAAAGTATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAGCCTGCAGGTTAATTACTCCCTGAAGGGTATTGTGGAAAAGTATAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATCAAGATCTCTCCCAAAATGCCAGTATGCAAAGGACACTTGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATCAAGATCTCTCCCAAAATGCCAGTATGCAAAGGACACTTGGGGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTCTCAACATTTTCTGCCTGACTGATATGCAGCTGATTTGTGGGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCTCTCAACATTTTCTGCCTGACTGATATGCAGCTGATTTGTGGGATCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCTACTCGTGGGGAGCACACCAAACATGTCTTCTGTTCTATTGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCTACTCGTGGGGAGCACACCAAACATGTCTTCTGTTCTATTGAAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTATGCTCAGGAAAGGGATGCCTTTGAGTCCCTCTTCCAGAGCTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTATGCTCAGGAAAGGGATGCCTTTGAGTCCCTCTTCCAGAGCTTTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACCTGGCGTCGGGGAGATGCTCTTTCTCGCTTGGATACCTTGGAAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACCTGGCGTCGGGGAGATGCTCTTTCTCGCTTGGATACCTTGGAAACTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAAGAGGAAATCCCTACAGTTACTGACTAAAGATTCAGATAAAGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAAGAGGAAATCCCTACAGTTACTGACTAAAGATTCAGATAAAGTGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AATTTTTTGAGAAGTTACAACACACACTGGATCAAAAGAAGAATGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AATTTTTTGAGAAGTTACAACACACACTGGATCAAAAGAAGAATGAAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGTCTGACTTTGAGACCATGAAACTTGCTGTTATGCAAGCATATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGTCTGACTTTGAGACCATGAAACTTGCTGTTATGCAAGCATATGACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGAGATCAACAAACTCAACACCATCTTGCAGGAGCAACGGATGGCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGAGATCAACAAACTCAACACCATCTTGCAGGAGCAACGGATGGCCTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACATTGCTGAGGCTTTCAAAGATGTGTCAGAACCCATTGTATTTCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACATTGCTGAGGCTTTCAAAGATGTGTCAGAACCCATTGTATTTCTGCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAGATGCAGGAGTTTAGAGAGAAAATCAAAGTAATCAAGGAAACTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CAGATGCAGGAGTTTAGAGAGAAAATCAAAGTAATCAAGGAAACTCCTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACCTCCCTCTAATTTGCCTGCAAGCCCTTTAATGAAGAACTTTGATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACCTCCCTCTAATTTGCCTGCAAGCCCTTTAATGAAGAACTTTGATACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTCAGTGGGAAGACATAAAACTAGTCGATGTGGATAAACTTTCTTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTCAGTGGGAAGACATAAAACTAGTCGATGTGGATAAACTTTCTTTGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAAGACACTGGCACATTCATTAGCAAGATTCCCTGGAGCTTTTATAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAAGACACTGGCACATTCATTAGCAAGATTCCCTGGAGCTTTTATAAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ATTTTTGCTAATCCTTCTGCTTGGCCTTGTCATTGTCTTTGGTCCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ATTTTTGCTAATCCTTCTGCTTGGCCTTGTCATTGTCTTTGGTCCTACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGTTCCTAGAATGGTCATTATTTGATGACCTGGCAACTTGGAAAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGTTCCTAGAATGGTCATTATTTGATGACCTGGCAACTTGGAAAGGCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTTTCAAACTTCAGTTCCTATCTGACTAAAACAGCCGATTTCATAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTTTCAAACTTCAGTTCCTATCTGACTAAAACAGCCGATTTCATAGAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 ATCAGTTTTTTACTGGGAACAGGTGACAGATGGGTTTTTCATTTTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 ATCAGTTTTTTACTGGGAACAGGTGACAGATGGGTTTTTCATTTTCAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AAAGATTCAAGAATTTTACTTTGGTGGTACTGAACAATGTGGCAGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AAAGATTCAAGAATTTTACTTTGGTGGTACTGAACAATGTGGCAGAATTT

   1200     .    :    .    :
   1201 GTGTGCAAATATAAACTATTA
        |||||||||||||||||||||
 101201 GTGTGCAAATATAAACTATTA