seq1 = pF1KB9638.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KB9638/gi568815597r_37945430.tfa (gi568815597r:37945430_38146743), 201314 bp

>pF1KB9638 1353
>gi568815597r:37945430_38146743 (Chr1)

(complement)

1-1353  (100001-101353)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCACCGCGCAGTACCTGCCGCGGGGCCCCGGTGGCGGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCACCGCGCAGTACCTGCCGCGGGGCCCCGGTGGCGGAGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCACCGGGCCGCTTATGCACCCGGACGCCGCGGCGGCGGCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCACCGGGCCGCTTATGCACCCGGACGCCGCGGCGGCGGCGGCGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGGCCGCGGAGCGATTGCATGCAGGGGCCGCGTACCGCGAAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGGCCGCGGAGCGATTGCATGCAGGGGCCGCGTACCGCGAAGTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCTGATGCACCACGAGTGGCTGGGCGCGGGCGCGGGCCACCCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCTGATGCACCACGAGTGGCTGGGCGCGGGCGCGGGCCACCCCGTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTAGCGCACCCCCAGTGGCTACCCACGGGAGGAGGCGGCGGCGGCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTAGCGCACCCCCAGTGGCTACCCACGGGAGGAGGCGGCGGCGGCGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGCCGGCGGCCCGCACCTAGAACACGGCAAGGCAGGCGGCGGCGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGCCGGCGGCCCGCACCTAGAACACGGCAAGGCAGGCGGCGGCGGCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCGAGCCGACGACGGCGGCGGCGGCGGAGGTTTCCACGCGCGCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCCGAGCCGACGACGGCGGCGGCGGCGGAGGTTTCCACGCGCGCCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCACCAGGGGGCGGCCCACGCGGGCGCGGCATGGGCGCAGGGCAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCACCAGGGGGCGGCCCACGCGGGCGCGGCATGGGCGCAGGGCAGCACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCACCACTTGGGCCCGGCCATGTCGCCCTCGCCCGGGGCCAGCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCACCACTTGGGCCCGGCCATGTCGCCCTCGCCCGGGGCCAGCGGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CACCAGCCCCAGCCGCTCGGGCTGTACGCGCAGGCGGCCTACCCGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CACCAGCCCCAGCCGCTCGGGCTGTACGCGCAGGCGGCCTACCCGGGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGGCGGCGGCGGCCTGGCCGGGATGCTGGCGGCGGGCGGTGGCGGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGGCGGCGGCGGCCTGGCCGGGATGCTGGCGGCGGGCGGTGGCGGCGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGCCGGGCCTGCACCACGCGCTGCACGAGGATGGCCACGAGGCGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGCCGGGCCTGCACCACGCGCTGCACGAGGATGGCCACGAGGCGCAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGCCGTCGCCGCCGCCGCATCTGGGCGCCCACGGACACGCACACGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGCCGTCGCCGCCGCCGCATCTGGGCGCCCACGGACACGCACACGGACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCACACGCGGGCGGCCTGCACGCGGCGGCGGCGCACCTGCACCCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGCACACGCGGGCGGCCTGCACGCGGCGGCGGCGCACCTGCACCCGGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGGGCGGCGGCGGCTCATCGGTGGGCGAGCACTCGGACGAGGATGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CGGGCGGCGGCGGCTCATCGGTGGGCGAGCACTCGGACGAGGATGCGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCTCGGACGACCTGGAGCAGTTCGCCAAGCAGTTCAAGCAGCGGCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCTCGGACGACCTGGAGCAGTTCGCCAAGCAGTTCAAGCAGCGGCGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAGCTGGGCTTTACGCAGGCCGACGTGGGGCTGGCGCTGGGCACGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAGCTGGGCTTTACGCAGGCCGACGTGGGGCTGGCGCTGGGCACGCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACGGTAACGTGTTCTCGCAGACCACCATCTGCCGCTTCGAGGCCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACGGTAACGTGTTCTCGCAGACCACCATCTGCCGCTTCGAGGCCCTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGAGCTTCAAGAACATGTGCAAGCTCAAGCCGCTGCTCAACAAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAGCTTCAAGAACATGTGCAAGCTCAAGCCGCTGCTCAACAAGTGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGAGGAGACCGACTCGTCCAGCGGCAGCCCCACCAACCTGGACAAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGAGGAGACCGACTCGTCCAGCGGCAGCCCCACCAACCTGGACAAGATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CGGCGCAGGGCCGCAAGCGCAAGAAGCGCACGTCCATCGAGGTGGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CGGCGCAGGGCCGCAAGCGCAAGAAGCGCACGTCCATCGAGGTGGGGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AAAGGCGCGCTCGAGAGCCACTTTCTCAAGTGCCCCAAGCCCTCGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AAAGGCGCGCTCGAGAGCCACTTTCTCAAGTGCCCCAAGCCCTCGGCGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CGAGATCACCGGCTTGGCAGACAGCCTGCAGCTGGAGAAGGAGGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CGAGATCACCGGCTTGGCAGACAGCCTGCAGCTGGAGAAGGAGGTGGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCGTCTGGTTCTGCAACCGGCGGCAGAAGGAGAAGCGCATGACCCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCGTCTGGTTCTGCAACCGGCGGCAGAAGGAGAAGCGCATGACCCCTGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCCGGCGCGGGCCACCCGCCCATGGACGATGTATACGCGCCTGGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GCCGGCGCGGGCCACCCGCCCATGGACGATGTATACGCGCCTGGGGAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AGGGCCTGGCGGGGGCGGCGCATCGCCACCCTCCGCGCCCCCACCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AGGGCCTGGCGGGGGCGGCGCATCGCCACCCTCCGCGCCCCCACCGCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CGCCGGCGGCGCTGCACCACCACCACCACCACACACTGCCCGGCTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CGCCGGCGGCGCTGCACCACCACCACCACCACACACTGCCCGGCTCAGTG

   1350 
   1351 CAG
        |||
 101351 CAG