seq1 = pF1KB9630.tfa, 711 bp
seq2 = pF1KB9630/gi568815593r_135434980.tfa (gi568815593r:135434980_135635690), 200711 bp

>pF1KB9630 711
>gi568815593r:135434980_135635690 (Chr5)

(complement)

1-711  (100001-100711)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGCCCGCCTTGAGACCTGCATCTCCGACCTCGACTGCGCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGCCCGCCTTGAGACCTGCATCTCCGACCTCGACTGCGCCAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGGCAGTGACCTATCCGGCTTCCTCACCGACGAGGAAGACTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCGGCAGTGACCTATCCGGCTTCCTCACCGACGAGGAAGACTGTGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACTCCAACAGGCAGCCTCCGCTTCGGGGCCGCCCGCGCCGGCCCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACTCCAACAGGCAGCCTCCGCTTCGGGGCCGCCCGCGCCGGCCCGCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGCGCCCAATATCTCCCGGGCGTCTGAGGTTCCAGGGGCACAGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGCGCCCAATATCTCCCGGGCGTCTGAGGTTCCAGGGGCACAGGACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAGCAGGAGAGGCGGCGGCGCCGCGGCCGGACGCGGGTCCGCTCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGAGCAGGAGAGGCGGCGGCGCCGCGGCCGGACGCGGGTCCGCTCCGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCTGCTGCACTCGCTGCGCAGGAGCCGGCGCGTCAAGGCCAACGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCTGCTGCACTCGCTGCGCAGGAGCCGGCGCGTCAAGGCCAACGATCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGCGCAACCGCATGCACAACTTGAACGCGGCCCTGGACGCACTGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGCGCAACCGCATGCACAACTTGAACGCGGCCCTGGACGCACTGCGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTGCTGCCCTCGTTCCCCGACGACACCAAGCTCACCAAAATCGAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTGCTGCCCTCGTTCCCCGACGACACCAAGCTCACCAAAATCGAGACGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCGCTTCGCCTACAACTACATCTGGGCTCTGGCCGAGACACTGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCGCTTCGCCTACAACTACATCTGGGCTCTGGCCGAGACACTGCGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCGGATCAAGGGCTGCCCGGAGGCGGTGCCCGGGAGCGCCTCCTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCGGATCAAGGGCTGCCCGGAGGCGGTGCCCGGGAGCGCCTCCTGCCGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCAGTGCGTCCCCTGCCTGCCCGGTCCCCCAAGCCCCGCCAGCGACGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCAGTGCGTCCCCTGCCTGCCCGGTCCCCCAAGCCCCGCCAGCGACGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGTCCTGGGGCTCAGGTGCCGCCGCCGCCTCCCCGCTCTCTGACCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGTCCTGGGGCTCAGGTGCCGCCGCCGCCTCCCCGCTCTCTGACCCCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGCCCAGCCGCCTCCGAAGACTTCACCTACCGCCCCGGCGACCCTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGCCCAGCCGCCTCCGAAGACTTCACCTACCGCCCCGGCGACCCTGTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTCCTTCCCAAGCCTGCCCAAAGACTTGCTCCACACAACGCCCTGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTCCTTCCCAAGCCTGCCCAAAGACTTGCTCCACACAACGCCCTGTTTCA

    700     .    :
    701 TTCCTTACCAC
        |||||||||||
 100701 TTCCTTACCAC