seq1 = pF1KB9624.tfa, 1074 bp
seq2 = pF1KB9624/gi568815581f_15686618.tfa (gi568815581f:15686618_15887692), 201075 bp

>pF1KB9624 1074
>gi568815581f:15686618_15887692 (Chr17)

1-1074  (100001-101075)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGGAGGTACGATGAGCTGCCGCACTACCCAAGCATCGCGGATGG
        |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100001 ATGGCCCAAAGGTACGATGAGCTGCCGCACTACCCAGGCATCGCGGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGCAGCCCTGGCTGGCTTCCCAGAGGCAGTGCCCGCGGCACCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCGCAGCCCTGGCTGGCTTCCCAGAGGCAGTGCCCGCGGCACCAGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTATGGCCCTCACCGGCCTCCCCAGCCCCTACCCCCAGGCTTGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTATGGCCCTCACCGGCCTCCCCAGCCCCTACCCCCAGGCTTGGACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGGCCTGAAGAGGGACAAGGATGAGATCTATGGACACCCGCTCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACGGCCTGAAGAGGGACAAGGATGAGATCTATGGACACCCGCTCTTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTTGGCCCTGGTCTTTGAGAAATGTGAACTGGCTACATGCTCTCCCC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGTCTTGGCCCTGGTCTTTGAGAAATGTGAACTGGCTACATGCTCTCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGATGGGGCCGGAGCTGGGCTGGGGACACCCC GCGGCGGCGACGTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||-||||||||||||||||
 100251 GTGATGGGGCCGGAGCTGGGCTGGGGACACCCCCGCGGCGGCGACGTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 CTCCTCTGATTCCTTCAACGAGGACAACACTGCCTTCGCCAAGCAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCCTCTGATTCCTTCAACGAGGACAACACTGCCTTCGCCAAGCAGGTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 GCTCTGAGAGGCCCTTCTTCTCCTCCAACCCAGAACTGGACAATCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTCTGAGAGGCCCTTCTTCTCCTCCAACCCAGAACTGGACAATCTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 ATCCAGGCCATCCAAGTGCTGCGGTTCCACCTGCTGGAGCTGGAGAAGGG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100401 ATCCAGGCAATCCAAGTGCTGCGGTTCCACCTGCTAGAGCTGGAGAAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 AAAGATGCCCATCGACCTGGTCATCGAGGATCGGGATGGCGGCTGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAAGATGCCCATCGACCTGGTCATCGAGGATCGGGATGGCGGCTGCAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 AGGACTTCGAGGACTACCCAGCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAGACCAGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100501 AGGACTTCGAGGACTACCCAGCCTCCTGCCCCAGCCTCCCAGACCAGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 AATATATGGATTCGAGACCATGAGGATAGCGGGTCTGTACATTTGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AATATATGGATTCGAGACCATGAGGATAGCGGGTCTGTACATTTGGGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 CCCAGGTCCATCCAGCGGGGGCCTGGCCTCCCAGAGTGGGGACAACTCCA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCCAGGTCCATCCAGCGGGGGGCTGGCCTCCCAGAGTGGGGACAACTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 GTGACCAAGGAGTCGGGCTGGACACCAGCGTGGCCTCTCCCAGTTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTGACCAAGGAGTCGGGCTGGACACCAGCGTGGCCTCTCCCAGTTCTGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 GGAGAAGATGAGGACTTGGACCAGGAGCCACGGCGAAACAAGAAGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGAGAAGATGAGGACTTGGACCAGGAGCCACGGCGAAACAAGAAGAGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 GATCTTCCCCAAGGTGGCCACCAACATCATGCGAGCCTGGTTGTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GATCTTCCCCAAGGTGGCCACCAACATCATGCGAGCCTGGTTGTTCCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 ACCTCTGGCACCCGTACCCCTCGGAGGAGCAGAAGAAACAGCTGGTGCAG
        ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100801 ACCTCTCACACCCGTACCCCTCGGAGGAGCAGAAGAAACAGCTGGCGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 GACACGGGGCTCACCATCCTGCAAGTCAACAACTGGTTCATTAATGCCCG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GACACGGGGCTTACCATCCTGCAAGTCAACAACTGGTTCATTAATGCCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 GAGACGCATGGTGCAACCTATGATCGATCAATCCAACCGCATAGGGCAGG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100901 GAGACGCATCGTGCAACCTATGATCGATCAATCCAACCGCACAGGGCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 GTGCAGCCTTCAGCCCAGAGGGCCAGCCCATCGGGGGCTATACCGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GTGCAGCCTTCAGCCCAGAGGGCCAGCCCATCGGGGGCTATACCGAGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 GAGCCACACGTGGCCTTCCGGCCTCCAGCATCAGTGGGGATGAGTTTGAA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAGCCACACGTGGCCTTCCGGGCTCCAGCATCAGTGGGGATGAGTTTGAA

   1050     .    :    .    :    .
   1050 CTTGGAAGGAGAATGGCATTATCTA
        || ||||||||||||||||||||||
 101051 CTCGGAAGGAGAATGGCATTATCTA