seq1 = pF1KB9608.tfa, 852 bp
seq2 = pF1KB9608/gi568815597f_42750959.tfa (gi568815597f:42750959_42951810), 200852 bp

>pF1KB9608 852
>gi568815597f:42750959_42951810 (Chr1)

1-852  (100001-100852)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAGTGAGAAGGAGCAGAGTCCAGAACCACACCTGCCTGAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAGTGAGAAGGAGCAGAGTCCAGAACCACACCTGCCTGAGGAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGGGGGTAAGCCTTGGAGAGTGGATGACTCAGAGGGTTCTTGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGGGGGTAAGCCTTGGAGAGTGGATGACTCAGAGGGTTCTTGGATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCTGGGGAGAAGGAGCATGGGCAAGAGAGCCTGTCGGATGAACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCTGGGGAGAAGGAGCATGGGCAAGAGAGCCTGTCGGATGAACTGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAACTCATCCAAAAAAGCCATGGCAGAAAGTCACTGTCCGGGCTCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAAACTCATCCAAAAAAGCCATGGCAGAAAGTCACTGTCCGGGCTCGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTAGGGGACCCCATTGCTCATCCAAGGCATGAGGCAGATGAGAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTAGGGGACCCCATTGCTCATCCAAGGCATGAGGCAGATGAGAAGCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTATATGTGCCCAGTGTGGCAAAACCTTCAATAATACCTCCAACCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTATATGTGCCCAGTGTGGCAAAACCTTCAATAATACCTCCAACCTGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACACACCAGCGGATCCACACTGGTGAGAAGCCTTACAAGTGTTCTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACACACCAGCGGATCCACACTGGTGAGAAGCCTTACAAGTGTTCTGAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGCAAGAGCTTCTCGAGAAGCTCCAACCGCATCCGGCACGAGCGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGCAAGAGCTTCTCGAGAAGCTCCAACCGCATCCGGCACGAGCGGATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTGGAAGAGAAACACTACAAATGCCCCAAGTGCCAGGAGAGCTTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTGGAAGAGAAACACTACAAATGCCCCAAGTGCCAGGAGAGCTTTCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGGCGCTCAGACCTCACCACGCACCAGCAAGATCACCTAGGCAAGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGGCGCTCAGACCTCACCACGCACCAGCAAGATCACCTAGGCAAGCGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATACCGCTGTGACATCTGTGGCAAGAGCTTCAGCCAGAGTGCCACGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATACCGCTGTGACATCTGTGGCAAGAGCTTCAGCCAGAGTGCCACGCTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGTGCATCACCGGACCCACCTGGAGCCAGCACCCTACATCTGCTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGTGCATCACCGGACCCACCTGGAGCCAGCACCCTACATCTGCTGTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGTGGGAAGAGCTTCAGCAACAGCTCCAGCTTTGGCGTGCATCACCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGTGGGAAGAGCTTCAGCAACAGCTCCAGCTTTGGCGTGCATCACCGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCACACAGGTGAGAGACCTTATGAGTGCACTGAGTGTGGGCGGACCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCACACAGGTGAGAGACCTTATGAGTGCACTGAGTGTGGGCGGACCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCGATATCTCCAACTTTGGAGCACACCAGCGGACCCACAGAGGGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCGATATCTCCAACTTTGGAGCACACCAGCGGACCCACAGAGGGGAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCTACCGGTGCACTGTGTGTGGGAAACACTTCTCCCGGAGCTCGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCCTACCGGTGCACTGTGTGTGGGAAACACTTCTCCCGGAGCTCGAATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATCCGCCACCAGAAAACTCACTTGGGCGAACAGGCTGGGAAAGATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATCCGCCACCAGAAAACTCACTTGGGCGAACAGGCTGGGAAAGATTCCA

    850 
    851 GC
        ||
 100851 GC