seq1 = pF1KB9605.tfa, 1209 bp
seq2 = pF1KB9605/gi568815592f_1212705.tfa (gi568815592f:1212705_1413913), 201209 bp

>pF1KB9605 1209
>gi568815592f:1212705_1413913 (Chr6)

1-1209  (100001-101209)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTTGGAGGTGTTCGTCCCTCGCGCGGCCCACGGGGACAAGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTTGGAGGTGTTCGTCCCTCGCGCGGCCCACGGGGACAAGCAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTGACCTGGAGGGCGCGGGCGGCAGCGACGCGCCGTCCCCGCTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTGACCTGGAGGGCGCGGGCGGCAGCGACGCGCCGTCCCCGCTGTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGGGAGACGACTCCCTGGGCTCAGATGGGGACTGCACGGCCAACAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100101 CGGCGGGAGACGACTCCCTGGGCTCAGATGGGGACTGCGCGGCCAACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGCCGCGGGCGGCGGCGCCAGAGATCCGCCGGGCGACGGCGAACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
 100151 CCGGCCGCGGGCGGCGGCGCCAGAGATACGCAGGGCGACGGCGAACAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCGGGAGGCGGGCCGGGCGCGGAGGAGGCGATCCCGGCAGCAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCGGGAGGCGGGCCGGGCGCGGAGGAGGCGATCCCGGCAGCAGCTGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGCGGTGGTGGCGGAGGGCGCGGAGGCCGGGGCGGCGGGGCCAGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGCGGTGGTGGCGGAGGGCGCGGAGGCCGGGGCGGCGGGGCCAGGCGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCGGCGCGGGGAGCGGCGAGGGTGCACGCAGCAAGCCATATACGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCGGCGCGGGGAGCGGCGAGGGTGCACGCAGCAAGCCATATACGCGGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCAAGCCCCCCTACTCGTACATCGCGCTCATCGCCATGGCCATCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCCAAGCCCCCCTACTCGTACATCGCGCTCATCGCCATGGCCATCCGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTCGGCGGGCGGGCGCTTGACGCTGGCGGAGATCAACGAGTACCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACTCGGCGGGCGGGCGCTTGACGCTGGCGGAGATCAACGAGTACCTCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCAAGTTCCCCTTTTTCCGCGGCAGCTACACGGGCTGGCGCAACTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCAAGTTCCCCTTTTTCCGCGGCAGCTACACGGGCTGGCGCAACTCCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCGCCACAACCTTTCGCTCAACGACTGCTTTGTCAAGGTGCTGCGCGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100501 GCGCCACAACCTTTCGCTCAACGACTGCTTCGTCAAGGTGCTGCGCGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTCGCGGCCCTGGGGCAAGGACAACTACTGGATGCTCAACCCCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTCGCGGCCCTGGGGCAAGGACAACTACTGGATGCTCAACCCCAACAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGTACACCTTCGCCGACGGGGTCTTCCGCCGCCGCCGCAAGCGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGTACACCTTCGCCGACGGGGTCTTCCGCCGCCGCCGCAAGCGCCTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCACCGCGCGCCGGTCCCCGCGCCCGGGCTGCGGCCCGAGGAGGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCACCGCGCGCCGGTCCCCGCGCCCGGGCTGCGGCCCGAGGAGGCCCCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCTCCCCGCCGCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCGCCCCGGCCTCGCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCTCCCCGCCGCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCGCCCCGGCCTCGCCCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATGCGCTCGCCCGCCCGCCAGGAGGAGCGCGCCAGCCCCGCGGGCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATGCGCTCGCCCGCCCGCCAGGAGGAGCGCGCCAGCCCCGCGGGCAAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCCAGCTCCTTCGCCATCGACAGCATCCTGCGCAAGCCCTTCCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCCAGCTCCTTCGCCATCGACAGCATCCTGCGCAAGCCCTTCCGCAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCCGCCTCAGGGACACGGCCCCCGGGACGACGCTTCAGTGGGGCGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCCGCCTCAGGGACACGGCCCCCGGGACGACGCTTCAGTGGGGCGCCGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCCTGCCCGCCGCTGCCCGCGTTCCCCGCGCTCCTCCCCGCGGCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCCTGCCCGCCGCTGCCCGCGTTCCCCGCGCTCCTCCCCGCGGCGCCCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGGGCCCTGCTGCCGCTCTGCGCGTACGGCGCGGGCGAGCCGGCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAGGGCCCTGCTGCCGCTCTGCGCGTACGGCGCGGGCGAGCCGGCGCGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGGGCGCGCGCGAGGCCGAGGTGCCACCGACCGCGCCGCCGCTCCTGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 101001 TGGGCGCGCGCGAGGCCGAGGTGCCACCGACCGCGCCGCCCCTCCTGCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCACCTCTCCCGGCGGCGGCCCCCGCCAAGCCACTCCGAGGCCCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCACCTCTCCCGGCGGCGGCCCCCGCCAAGCCACTCCGAGGCCCGGCGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CGGCGGCGCGCACCTGTACTGCCCCCTGCGGCTGCCCGCAGCCCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CGGCGGCGCGCACCTGTACTGCCCCCTGCGGCTGCCCGCAGCCCTGCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CGGCCTCAGTCCGCCGCCCTGGCCCGCACCTGCCGTACCCGGTGGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CGGCCTCAGTCCGCCGCCCTGGCCCGCACCTGCCGTACCCGGTGGAGACG

   1200     .
   1201 CTCCTAGCC
        |||||||||
 101201 CTCCTAGCC