seq1 = pF1KB9596.tfa, 1503 bp
seq2 = pF1KB9596/gi568815582f_86467336.tfa (gi568815582f:86467336_86668838), 201503 bp

>pF1KB9596 1503
>gi568815582f:86467336_86668838 (Chr16)

1-1503  (100001-101503)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCGCGCTACTCCGTGTCCGACCCCAACGCCCTGGGAGTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGCGCGCTACTCCGTGTCCGACCCCAACGCCCTGGGAGTGGTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACCTGAGCGAGCAGAATTACTACCGGGCTGCGGGCAGCTACGGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACCTGAGCGAGCAGAATTACTACCGGGCTGCGGGCAGCTACGGCGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCAGCCCCATGGGCGTCTATTCCGGCCACCCGGAGCAGTACAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCCAGCCCCATGGGCGTCTATTCCGGCCACCCGGAGCAGTACAGCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGATGGGCCGCTCCTACGCGCCCTACCACCACCACCAGCCCGCGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGATGGGCCGCTCCTACGCGCCCTACCACCACCACCAGCCCGCGGCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAAGGACCTGGTGAAGCCGCCCTACAGCTACATCGCGCTCATCACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAAGGACCTGGTGAAGCCGCCCTACAGCTACATCGCGCTCATCACCATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATCCAGAACGCGCCCGAGAAGAAGATCACCTTGAACGGCATCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCATCCAGAACGCGCCCGAGAAGAAGATCACCTTGAACGGCATCTACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCATCATGGACCGCTTCCCCTTCTACCGGGAGAACAAGCAGGGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCATCATGGACCGCTTCCCCTTCTACCGGGAGAACAAGCAGGGCTGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAACAGCATCCGCCACAACCTCTCGCTCAACGAGTGCTTCGTCAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAACAGCATCCGCCACAACCTCTCGCTCAACGAGTGCTTCGTCAAGGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCGCGACGACAAGAAGCCCGGCAAGGGCAGTTACTGGACCCTGGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCGCGACGACAAGAAGCCCGGCAAGGGCAGTTACTGGACCCTGGACCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACTCCTACAACATGTTCGAGAACGGCAGCTTCCTGCGGCGCCGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACTCCTACAACATGTTCGAGAACGGCAGCTTCCTGCGGCGCCGGCGGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCAAAAAGAAGGACGTGTCCAAGGAGAAGGAGGAGCGGGCCCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCAAAAAGAAGGACGTGTCCAAGGAGAAGGAGGAGCGGGCCCACCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGAGCCGCCCCCGGCGGCGTCCAAGGGCGCCCCGGCCACCCCCCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGAGCCGCCCCCGGCGGCGTCCAAGGGCGCCCCGGCCACCCCCCACCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCGGACGCCCCCAAGGAGGCCGAGAAGAAGGTGGTGATCAAGAGCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCGGACGCCCCCAAGGAGGCCGAGAAGAAGGTGGTGATCAAGAGCGAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCGTCCCCGGCGCTGCCGGTCATCACCAAGGTGGAGACGCTGAGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGCGTCCCCGGCGCTGCCGGTCATCACCAAGGTGGAGACGCTGAGCCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGAGCGCGCTGCAGGGCAGCCCGCGCAGCGCGGCCTCCACGCCCGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGAGCGCGCTGCAGGGCAGCCCGCGCAGCGCGGCCTCCACGCCCGCCGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCCCCCGACGGCTCGCTGCCGGAGCACCACGCCGCGGCGCCCAACGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCCCCCGACGGCTCGCTGCCGGAGCACCACGCCGCGGCGCCCAACGGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCCTGGCTTCAGCGTGGAGAACATCATGACCCTGCGAACGTCGCCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCCTGGCTTCAGCGTGGAGAACATCATGACCCTGCGAACGTCGCCGCCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCGGAGAGCTGAGCCCGGGGGCCGGACGCGCGGGCCTGGTGGTGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCGGAGAGCTGAGCCCGGGGGCCGGACGCGCGGGCCTGGTGGTGCCGCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGGCGCTGCCCTACGCCGCCGCGCCGCCCGCCGCCTACGGCCAGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGGCGCTGCCCTACGCCGCCGCGCCGCCCGCCGCCTACGGCCAGCCGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGCTCAGGGCCTGGAGGCCGGGGCCGCCGGGGGCTACCAGTGCAGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CGCTCAGGGCCTGGAGGCCGGGGCCGCCGGGGGCTACCAGTGCAGCATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GAGCGATGAGCCTGTACACCGGGGCCGAGCGGCCGGCGCACATGTGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAGCGATGAGCCTGTACACCGGGGCCGAGCGGCCGGCGCACATGTGCGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CCGCCCGCCCTGGACGAGGCCCTCTCGGACCACCCGAGCGGCCCCACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CCGCCCGCCCTGGACGAGGCCCTCTCGGACCACCCGAGCGGCCCCACGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCCCCTGAGCGCTCTCAACCTCGCCGCCGGCCAGGAGGGCGCGCTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCCCCTGAGCGCTCTCAACCTCGCCGCCGGCCAGGAGGGCGCGCTCGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCACGGGCCACCACCACCAGCACCACGGCCACCACCACCCGCAGGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCACGGGCCACCACCACCAGCACCACGGCCACCACCACCCGCAGGCGCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCGCCCCCGCCGGCTCCCCAGCCCCAGCCGACGCCGCAGCCCGGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CCGCCCCCGCCGGCTCCCCAGCCCCAGCCGACGCCGCAGCCCGGGGCCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CGCGGCGCAGGCGGCCTCCTGGTATCTCAACCACAGCGGGGACCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CGCGGCGCAGGCGGCCTCCTGGTATCTCAACCACAGCGGGGACCTGAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ACCTCCCCGGCCACACGTTCGCGGCCCAGCAGCAAACTTTCCCCAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ACCTCCCCGGCCACACGTTCGCGGCCCAGCAGCAAACTTTCCCCAACGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CGGGAGATGTTCAACTCCCACCGGCTGGGGATTGAGAACTCGACCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CGGGAGATGTTCAACTCCCACCGGCTGGGGATTGAGAACTCGACCCTCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GGAGTCCCAGGTGAGTGGCAATGCCAGCTGCCAGCTGCCCTACAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GGAGTCCCAGGTGAGTGGCAATGCCAGCTGCCAGCTGCCCTACAGATCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CGCCGCCTCTCTATCGCCACGCAGCCCCCTACTCCTACGACTGCACGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CGCCGCCTCTCTATCGCCACGCAGCCCCCTACTCCTACGACTGCACGAAA

   1500 
   1501 TAC
        |||
 101501 TAC