seq1 = pF1KB9581.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KB9581/gi568815594f_93728927.tfa (gi568815594f:93728927_93929988), 201062 bp

>pF1KB9581 1062
>gi568815594f:93728927_93929988 (Chr4)

1-1062  (100001-101062)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCGCCTGCTGCATGCAGAAGAGTGGGCTGAAGTGAAGGAGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCGCCTGCTGCATGCAGAAGAGTGGGCTGAAGTGAAGGAGTTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACCACCATCGCCAGCCCCAGCCGCATCATCTCCCGCAACCGCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACCACCATCGCCAGCCCCAGCCGCATCATCTCCCGCAACCGCCGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCGCAGCCACCTGCAACTTTGCAGGCGAGAGAGCATCCCGTCTACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCGCAGCCACCTGCAACTTTGCAGGCGAGAGAGCATCCCGTCTACCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTGAGCTGTCCCTCCTGGACAGCACCGACCCACGCGCCTGGCTGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTGAGCTGTCCCTCCTGGACAGCACCGACCCACGCGCCTGGCTGGCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACTTTGCAGGGCATCTGCACGGCACGCGCCGCCCAGTATTTGCTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACTTTGCAGGGCATCTGCACGGCACGCGCCGCCCAGTATTTGCTACATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCCGGAGCTGGGTGCCTCAGAGGCCGCTGCGCCCCGGGACGAGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCCGGAGCTGGGTGCCTCAGAGGCCGCTGCGCCCCGGGACGAGGTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCGGGGGGAGCTGGTAAGGAGGAGCAGCGGCGGTGCCAGCAGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCCGGGGGGAGCTGGTAAGGAGGAGCAGCGGCGGTGCCAGCAGCAGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGCCCCGGGCCGGTGAAAGTGCGGGAACAGCTGTGCAAGCTGAAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGCCCCGGGCCGGTGAAAGTGCGGGAACAGCTGTGCAAGCTGAAAGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGGTGGTGGTAGACGAGCTGGGCTGCAGCCGCCAACGGGCCCCTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGGTGGTGGTAGACGAGCTGGGCTGCAGCCGCCAACGGGCCCCTTCCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAACAGGTGAATGGGGTGCAGAAGCAGAGACGGCTAGCAGCCAACGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAACAGGTGAATGGGGTGCAGAAGCAGAGACGGCTAGCAGCCAACGCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAGCGGCGCAGGATGCATGGGCTGAACCACGCCTTCGACCAGCTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAGCGGCGCAGGATGCATGGGCTGAACCACGCCTTCGACCAGCTGCGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATGTTATCCCGTCGTTCAACAACGACAAGAAGCTGTCCAAATATGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATGTTATCCCGTCGTTCAACAACGACAAGAAGCTGTCCAAATATGAGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGCAGATGGCCCAAATCTACATCAACGCCTTGTCCGAGCTGCTACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGCAGATGGCCCAAATCTACATCAACGCCTTGTCCGAGCTGCTACAAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCCCAGCGGAGGGGAACAGCCACCGCCGCCTCCAGCCTCCTGCAAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCCCAGCGGAGGGGAACAGCCACCGCCGCCTCCAGCCTCCTGCAAAAGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACCACCACCACCTTCGCACCGCGGCCTCCTATGAAGGGGGCGCGGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACCACCACCACCTTCGCACCGCGGCCTCCTATGAAGGGGGCGCGGGCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCGACCGCAGCTGGGGCTCAGCAGGCTTCCGGAGGGAGCCAGCGGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCGACCGCAGCTGGGGCTCAGCAGGCTTCCGGAGGGAGCCAGCGGCCGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCCGCCCGGGAGTTGCCGGACTCGCTTCTCAGCCCCAGCTTCTGCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCCGCCCGGGAGTTGCCGGACTCGCTTCTCAGCCCCAGCTTCTGCGGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGTACTCGGTGCAGCTGGACGCTCTGCACTTCTCGACTTTCGAGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGTACTCGGTGCAGCTGGACGCTCTGCACTTCTCGACTTTCGAGGACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCCTGACAGCGATGATGGCGCAAAAGAATTTGTCTCCTTCTCTCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCCTGACAGCGATGATGGCGCAAAAGAATTTGTCTCCTTCTCTCCCCGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAGCATCTTGCAGCCAGTGCAGGAGGAAAACAGCAAAACTTCGCCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAGCATCTTGCAGCCAGTGCAGGAGGAAAACAGCAAAACTTCGCCTCGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCCACAGAAGCGACGGGGAATTTTCCCCCCATTCCCATTACAGTGACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCCACAGAAGCGACGGGGAATTTTCCCCCCATTCCCATTACAGTGACTCG

   1050     .    :
   1051 GATGAGGCAAGT
        ||||||||||||
 101051 GATGAGGCAAGT