seq1 = pF1KB9566.tfa, 2415 bp
seq2 = pF1KB9566/gi568815575f_24072743.tfa (gi568815575f:24072743_24311373), 238631 bp

>pF1KB9566 2415
>gi568815575f:24072743_24311373 (ChrX)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-646  (106441-107028)   100% ->
647-796  (134584-134733)   100% ->
797-940  (134970-135113)   100% ->
941-1093  (135476-135628)   100% ->
1094-1234  (136158-136298)   100% ->
1235-2415  (137451-138631)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGAAGATGGGCTTGAATTACAACAAGAGCCAAACTCATTTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGAAGATGGGCTTGAATTACAACAAGAGCCAAACTCATTTTTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCAACAG         GAGCTGATGGTACACACATGGATGGTGATCAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCAACAGGTA...AAGGAGCTGATGGTACACACATGGATGGTGATCAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGTTGTGGAAGTACAAGAAACTGTTTTTGTTTCAGATGTTGTGGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106474 TTGTTGTGGAAGTACAAGAAACTGTTTTTGTTTCAGATGTTGTGGATTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACATAACTGTGCATAACTTTGTTCCTGATGACCCAGATTCAGTTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106524 GACATAACTGTGCATAACTTTGTTCCTGATGACCCAGATTCAGTTGTAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAAGATGTTATTGAGGACGTTGTTATAGAAGATGTTCAGTGCCCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106574 CCAAGATGTTATTGAGGACGTTGTTATAGAAGATGTTCAGTGCCCAGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATGGAAGAAGCAGATGTGTCTGAAACGGTCATCATTCCTGAGCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106624 TCATGGAAGAAGCAGATGTGTCTGAAACGGTCATCATTCCTGAGCAAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGACTCAGATGTAACTGAAGAAGTTTCTTTAGCACATTGCACAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106674 CTGGACTCAGATGTAACTGAAGAAGTTTCTTTAGCACATTGCACAGTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGATGATGTTTTAGCTTCTGACATTACTTCAGCCTCAATGTCTATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106724 AGATGATGTTTTAGCTTCTGACATTACTTCAGCCTCAATGTCTATGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AACACGTCTTGACGGGTGATTCTATACATGTGTCTGACGTTGGACATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106774 AACACGTCTTGACGGGTGATTCTATACATGTGTCTGACGTTGGACATGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGACATGTTGGACATGTTGAACATGTGGTTCATGATAGTGTAGTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106824 GGACATGTTGGACATGTTGAACATGTGGTTCATGATAGTGTAGTGGAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGAAATTGTCACTGATCCTCTGACTACCGACGTAGTTTCAGAAGAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106874 AGAAATTGTCACTGATCCTCTGACTACCGACGTAGTTTCAGAAGAAGTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGTAGCAGACTGTGCCTCTGAAGCAGTCATAGATGCCAATGGGATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106924 TGGTAGCAGACTGTGCCTCTGAAGCAGTCATAGATGCCAATGGGATCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGGACCAGCAGGATGATGACAAAGGCAACTGTGAGGACTACCTTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106974 GTGGACCAGCAGGATGATGACAAAGGCAACTGTGAGGACTACCTTATGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTCCT         TGGATGATGCTGGCAAAATAGAACACGATGGTTCTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107024 TTCCTGTA...TAGTGGATGATGCTGGCAAAATAGAACACGATGGTTCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTGGAATGACCATGGACACAGAGTCGGAAATTGATCCTTGTAAAGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134620 CTGGAATGACCATGGACACAGAGTCGGAAATTGATCCTTGTAAAGTGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGCACTTGCCCTGAGGTCATCAAGGTGTACATTTTTAAAGCTGACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134670 GGCACTTGCCCTGAGGTCATCAAGGTGTACATTTTTAAAGCTGACCCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGAAGATGACTTAG         GTGGAACTGTAGACATTGTGGAGAGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 134720 AGAAGATGACTTAGGTA...TAGGTGGAACTGTAGACATTGTGGAGAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGCCTGAGAATGATCATGGAGTTGAACTGCTTGATCAGAACAGCAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134997 AGCCTGAGAATGATCATGGAGTTGAACTGCTTGATCAGAACAGCAGTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGTGTTCCCAGGGAAAAGATGGTTTATATGACTGTCAATGACTCTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135047 CGTGTTCCCAGGGAAAAGATGGTTTATATGACTGTCAATGACTCTCAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGAAGATGAAGATTTAA         ATGTTGCTGAAATCGCTGACGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 135097 AGAAGATGAAGATTTAAGTA...TAGATGTTGCTGAAATCGCTGACGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTTATATGGAAGTGATCGTAGGAGAGGAGGATGCTGCAGCAGCAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135500 TTTATATGGAAGTGATCGTAGGAGAGGAGGATGCTGCAGCAGCAGCGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCCGCCGCCGTGCACGAGCAGCAAATGGATGACAATGAAATCAAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135550 GCCGCCGCCGTGCACGAGCAGCAAATGGATGACAATGAAATCAAAACCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CATGCCGATTGCATGGGCAGCAGCTTATG         GTAATAATTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 135600 CATGCCGATTGCATGGGCAGCAGCTTATGGTA...TAGGTAATAATTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ATGGAATTGAAAACCGGAATGGCACTGCAAGTGCCCTCTTGCACATAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136170 ATGGAATTGAAAACCGGAATGGCACTGCAAGTGCCCTCTTGCACATAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GAGTCTGCTGGCCTCGGCAGACTGGCTAAACAAAAACCAAAGAAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136220 GAGTCTGCTGGCCTCGGCAGACTGGCTAAACAAAAACCAAAGAAAAGGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 AAGACCTGATTCCAGGCAGTACCAAACAG         CAATAATTATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 136270 AAGACCTGATTCCAGGCAGTACCAAACAGGTG...TAGCAATAATTATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GCCCTGATGGACATCCTTTGACTGTCTATCCTTGCATGATTTGTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137463 GCCCTGATGGACATCCTTTGACTGTCTATCCTTGCATGATTTGTGGGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AAGTTTAAGTCGAGAGGTTTTTTGAAAAGGCACATGAAAAACCATCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137513 AAGTTTAAGTCGAGAGGTTTTTTGAAAAGGCACATGAAAAACCATCCCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 ACACCTTGCCAAGAAGAAATACCGCTGTACTGACTGTGATTACACTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137563 ACACCTTGCCAAGAAGAAATACCGCTGTACTGACTGTGATTACACTACCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ACAAGAAGATAAGTTTACACAACCACCTGGAGAGCCACAAGCTGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137613 ACAAGAAGATAAGTTTACACAACCACCTGGAGAGCCACAAGCTGACCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AAGGCAGAGAAGGCCATTGAATGCGATGAGTGTGGGAAGCATTTCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137663 AAGGCAGAGAAGGCCATTGAATGCGATGAGTGTGGGAAGCATTTCTCTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TGCAGGGGCTTTGTTTACTCACAAAATGGTGCATAAGGAAAAAGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137713 TGCAGGGGCTTTGTTTACTCACAAAATGGTGCATAAGGAAAAAGGAGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 ACAAAATGCACAAGTGTAAATTCTGTGAATACGAGACAGCTGAACAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137763 ACAAAATGCACAAGTGTAAATTCTGTGAATACGAGACAGCTGAACAAGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TTATTGAATCGCCACCTCTTGGCAGTCCACAGCAAGAACTTTCCTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137813 TTATTGAATCGCCACCTCTTGGCAGTCCACAGCAAGAACTTTCCTCATAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TTGTGTGGAGTGTGGTAAGGGTTTTCGTCACCCGTCAGAGCTCAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137863 TTGTGTGGAGTGTGGTAAGGGTTTTCGTCACCCGTCAGAGCTCAAAAAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 ACATGAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCGTACCAATGCCAGTACTGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137913 ACATGAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCGTACCAATGCCAGTACTGCGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 TATAGGTCTGCAGACTCTTCTAACTTGAAAACGCATGTCAAAACTAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137963 TATAGGTCTGCAGACTCTTCTAACTTGAAAACGCATGTCAAAACTAAGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 TAGTAAAGAGATGCCATTCAAGTGTGACATTTGTCTTCTGACTTTCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138013 TAGTAAAGAGATGCCATTCAAGTGTGACATTTGTCTTCTGACTTTCTCGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 ATACCAAAGAGGTGCAGCAACATGCTCTTATCCACCAAGAAAGCAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138063 ATACCAAAGAGGTGCAGCAACATGCTCTTATCCACCAAGAAAGCAAAACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 CACCAGTGTTTGCATTGCGACCACAAGAGTTCGAACTCAAGTGATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138113 CACCAGTGTTTGCATTGCGACCACAAGAGTTCGAACTCAAGTGATTTGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 ACGACACATAATTTCAGTTCACACGAAAGACTACCCCCATAAGTGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138163 ACGACACATAATTTCAGTTCACACGAAAGACTACCCCCATAAGTGTGACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 TGTGTGATAAAGGCTTTCACAGGCCTTCAGAACTCAAGAAACACGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138213 TGTGTGATAAAGGCTTTCACAGGCCTTCAGAACTCAAGAAACACGTGGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 GCCCACAAGGGCAAAAAAATGCACCAGTGTAGACATTGTGACTTTAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138263 GCCCACAAGGGCAAAAAAATGCACCAGTGTAGACATTGTGACTTTAAGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 TGCAGATCCATTTGTTCTAAGTCGCCATATTCTCTCAGTTCACACAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138313 TGCAGATCCATTTGTTCTAAGTCGCCATATTCTCTCAGTTCACACAAAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 ATCTTCCATTTAGGTGCAAGAGATGTAGAAAGGGATTTAGGCAACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138363 ATCTTCCATTTAGGTGCAAGAGATGTAGAAAGGGATTTAGGCAACAGAGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 GAGCTTAAAAAGCATATGAAGACACACAGTGGCAGGAAAGTGTATCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138413 GAGCTTAAAAAGCATATGAAGACACACAGTGGCAGGAAAGTGTATCAGTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 TGAGTACTGTGAGTATAGCACTACAGATGCCTCAGGCTTTAAACGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138463 TGAGTACTGTGAGTATAGCACTACAGATGCCTCAGGCTTTAAACGGCACG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2297 TTATTTCCATTCACACGAAAGACTATCCTCACCGGTGTGAGTACTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138513 TTATTTCCATTCACACGAAAGACTATCCTCACCGGTGTGAGTACTGCAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2347 AAAGGCTTCCGAAGACCTTCAGAAAAGAACCAGCACATAATGCGACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138563 AAAGGCTTCCGAAGACCTTCAGAAAAGAACCAGCACATAATGCGACATCA

   2450     .    :    .
   2397 TAAAGAAGTTGGCCTGCCC
        |||||||||||||||||||
 138613 TAAAGAAGTTGGCCTGCCC