seq1 = pF1KB9564.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KB9564/gi568815587f_60819694.tfa (gi568815587f:60819694_61022162), 202469 bp

>pF1KB9564 729
>gi568815587f:60819694_61022162 (Chr11)

1-237  (100001-100237)   100% ->
238-340  (101193-101295)   100% ->
341-729  (102081-102469)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCTCCAGCATCAGTTCACCATGGGGAAAGCATGTGTTCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCCTCCAGCATCAGTTCACCATGGGGAAAGCATGTGTTCAAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTCTGATGGTCCTAGTGGCCCTTATCCTCCTCCACTCAGCATTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTCTGATGGTCCTAGTGGCCCTTATCCTCCTCCACTCAGCATTGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTCCCGTCGAGACTTTGCACCACCAGGCCAACAGAAGAGAGAAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTCCCGTCGAGACTTTGCACCACCAGGCCAACAGAAGAGAGAAGCCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTGATGTCTTGACCCAGATAGGTCGATCTGTGCGAGGGACACTGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTTGATGTCTTGACCCAGATAGGTCGATCTGTGCGAGGGACACTGGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGATTGGGCCAGAGACCATGCACCTGGTGTCAGAG         TCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100201 CTGGATTGGGCCAGAGACCATGCACCTGGTGTCAGAGGTA...CAGTCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGTCCCAAGTGTTGTGGGCCATCTCATCAGCCATTTCTGTGGCCTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101197 CGTCCCAAGTGTTGTGGGCCATCTCATCAGCCATTTCTGTGGCCTTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTCTGTCTGGGATCGCCGCACAGCTGCTGAATGCCTTGGGACTAGCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101247 GCTCTGTCTGGGATCGCCGCACAGCTGCTGAATGCCTTGGGACTAGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341         GTGATTACCTCGCCCAGGGCCTGAAGCTCAGCCCTGGCCAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101297 TG...CAGGTGATTACCTCGCCCAGGGCCTGAAGCTCAGCCCTGGCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCAGACCTTCCTGCTGTGGGGAGCAGGGGCCCTGGTCGTCTACTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102123 TCCAGACCTTCCTGCTGTGGGGAGCAGGGGCCCTGGTCGTCTACTGGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGTCTCTGCTCCTCGGCTTGGTCTTGGCCTTGCTGGGGCGGATCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102173 CTGTCTCTGCTCCTCGGCTTGGTCTTGGCCTTGCTGGGGCGGATCCTGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGCCTGAAGCTTGTCATCTTCCTGGCCGGCTTCGTGGCCCTGATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102223 GGGCCTGAAGCTTGTCATCTTCCTGGCCGGCTTCGTGGCCCTGATGAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGGTGCCTGACCCTTCCACCCGGGCCCTGCTACTCCTGGCCTTGCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102273 CGGTGCCTGACCCTTCCACCCGGGCCCTGCTACTCCTGGCCTTGCTGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTCTACGCCCTGCTGAGCCGGCTCACTGGCTCCCGAGCCTCTGGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102323 CTCTACGCCCTGCTGAGCCGGCTCACTGGCTCCCGAGCCTCTGGGGCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACTCGAGGCCAAGGTGCGAGGGCTGGAACGCCAGGTGGAGGAGCTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102373 ACTCGAGGCCAAGGTGCGAGGGCTGGAACGCCAGGTGGAGGAGCTGCGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    683 GGCGCCAGAGGCGAGCGGCCAAGGGGGCCCGCAGTGTGGAGGAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102423 GGCGCCAGAGGCGAGCGGCCAAGGGGGCCCGCAGTGTGGAGGAGGAG