seq1 = pF1KB9549.tfa, 1404 bp
seq2 = pF1KB9549/gi568815576f_46098384.tfa (gi568815576f:46098384_46335377), 236994 bp

>pF1KB9549 1404
>gi568815576f:46098384_46335377 (Chr22)

1-208  (100001-100208)   100% ->
209-369  (116790-116950)   100% ->
370-508  (119880-120018)   100% ->
509-711  (121429-121631)   100% ->
712-1159  (133409-133856)   100% ->
1160-1404  (136750-136994)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGACACGGAAAGCCCACTCTGCCCCCTCTCCCCACTCGAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGACACGGAAAGCCCACTCTGCCCCCTCTCCCCACTCGAGGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGATCTAGAGAGCCCGTTATCTGAAGAGTTCCTGCAAGAAATGGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGATCTAGAGAGCCCGTTATCTGAAGAGTTCCTGCAAGAAATGGGAAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAAGAGATTTCGCAATCCATCGGCGAGGATAGTTCTGGAAGCTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCAAGAGATTTCGCAATCCATCGGCGAGGATAGTTCTGGAAGCTTTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTACGGAATACCAGTATTTAGGAAGCTGTCCTGGCTCAGATGGCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTACGGAATACCAGTATTTAGGAAGCTGTCCTGGCTCAGATGGCTCGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCACGG         ACACGCTTTCACCAGCTTCGAGCCCCTCCTCGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCACGGGTA...CAGACACGCTTTCACCAGCTTCGAGCCCCTCCTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGACTTATCCTGTGGTCCCCGGCAGCGTGGACGAGTCTCCCAGTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116823 TGACTTATCCTGTGGTCCCCGGCAGCGTGGACGAGTCTCCCAGTGGAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGAACATCGAATGTAGAATCTGCGGGGACAAGGCCTCAGGCTATCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116873 TTGAACATCGAATGTAGAATCTGCGGGGACAAGGCCTCAGGCTATCATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGGAGTCCACGCGTGTGAAGGCTGCAAG         GGCTTCTTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116923 CGGAGTCCACGCGTGTGAAGGCTGCAAGGTA...CAGGGCTTCTTTCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAACGATTCGACTCAAGCTGGTGTATGACAAGTGCGACCGCAGCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119893 GAACGATTCGACTCAAGCTGGTGTATGACAAGTGCGACCGCAGCTGCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCCAGAAAAAGAACAGAAACAAATGCCAGTATTGTCGATTTCACAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119943 ATCCAGAAAAAGAACAGAAACAAATGCCAGTATTGTCGATTTCACAAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTTTCTGTCGGGATGTCACACAACG         CGATTCGTTTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119993 CCTTTCTGTCGGGATGTCACACAACGGTA...TAGCGATTCGTTTTGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAATGCCAAGATCTGAGAAAGCAAAACTGAAAGCAGAAATTCTTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121444 GAATGCCAAGATCTGAGAAAGCAAAACTGAAAGCAGAAATTCTTACCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAACATGACATAGAAGATTCTGAAACTGCAGATCTCAAATCTCTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121494 GAACATGACATAGAAGATTCTGAAACTGCAGATCTCAAATCTCTGGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAGAATCTACGAGGCCTACTTGAAGAACTTCAACATGAACAAGGTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121544 GAGAATCTACGAGGCCTACTTGAAGAACTTCAACATGAACAAGGTCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCGGGTCATCCTCTCAGGAAAGGCCAGTAACAATCCA         CCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121594 CCCGGGTCATCCTCTCAGGAAAGGCCAGTAACAATCCAGTA...TAGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTGTCATACATGATATGGAGACACTGTGTATGGCTGAGAAGACGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133412 TTTGTCATACATGATATGGAGACACTGTGTATGGCTGAGAAGACGCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGCCAAGCTGGTGGCCAATGGCATCCAGAACAAGGAGGCGGAGGTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133462 GGCCAAGCTGGTGGCCAATGGCATCCAGAACAAGGAGGCGGAGGTCCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCTTTCACTGCTGCCAGTGCACGTCAGTGGAGACCGTCACGGAGCTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133512 TCTTTCACTGCTGCCAGTGCACGTCAGTGGAGACCGTCACGGAGCTCACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAATTCGCCAAGGCCATCCCAGGCTTCGCAAACTTGGACCTGAACGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133562 GAATTCGCCAAGGCCATCCCAGGCTTCGCAAACTTGGACCTGAACGATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGTGACATTGCTAAAATACGGAGTTTATGAGGCCATATTCGCCATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133612 AGTGACATTGCTAAAATACGGAGTTTATGAGGCCATATTCGCCATGCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTTCTGTGATGAACAAAGACGGGATGCTGGTAGCGTATGGAAATGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133662 CTTCTGTGATGAACAAAGACGGGATGCTGGTAGCGTATGGAAATGGGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATAACTCGTGAATTCCTAAAAAGCCTAAGGAAACCGTTCTGTGATATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133712 ATAACTCGTGAATTCCTAAAAAGCCTAAGGAAACCGTTCTGTGATATCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGAACCCAAGTTTGATTTTGCCATGAAGTTCAATGCACTGGAACTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133762 GGAACCCAAGTTTGATTTTGCCATGAAGTTCAATGCACTGGAACTGGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACAGTGATATCTCCCTTTTTGTGGCTGCTATCATTTGCTGTGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 133812 ACAGTGATATCTCCCTTTTTGTGGCTGCTATCATTTGCTGTGGAGGTG..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1160     ATCGTCCTGGCCTTCTAAACGTAGGACACATTGAAAAAATGCAGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133862 .TAGATCGTCCTGGCCTTCTAAACGTAGGACACATTGAAAAAATGCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGGTATTGTACATGTGCTCAGACTCCACCTGCAGAGCAACCACCCGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136796 GGGTATTGTACATGTGCTCAGACTCCACCTGCAGAGCAACCACCCGGACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 ATATCTTTCTCTTCCCAAAACTTCTTCAAAAAATGGCAGACCTCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136846 ATATCTTTCTCTTCCCAAAACTTCTTCAAAAAATGGCAGACCTCCGGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CTGGTGACGGAGCATGCGCAGCTGGTGCAGATCATCAAGAAGACGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136896 CTGGTGACGGAGCATGCGCAGCTGGTGCAGATCATCAAGAAGACGGAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1356 GGATGCTGCGCTGCACCCGCTACTGCAGGAGATCTACAGGGACATGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136946 GGATGCTGCGCTGCACCCGCTACTGCAGGAGATCTACAGGGACATGTAC