seq1 = pF1KB9544.tfa, 1803 bp
seq2 = pF1KB9544/gi568815576f_35163076.tfa (gi568815576f:35163076_35393648), 230573 bp

>pF1KB9544 1803
>gi568815576f:35163076_35393648 (Chr22)

1-31  (99316-99346)   100% ->
32-180  (100003-100151)   100% ->
181-259  (100721-100799)   100% ->
260-1215  (101573-102528)   100% ->
1216-1297  (120887-120968)   100% ->
1298-1362  (122922-122986)   100% ->
1363-1468  (124272-124377)   100% ->
1469-1638  (125163-125332)   100% ->
1639-1761  (129917-130039)   100% ->
1762-1803  (130532-130573)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTATGATGACTCCGTGAAGAAAGAAG         ATTGTTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  99316 ATGGCTTATGATGACTCCGTGAAGAAAGAAGGTA...CAGATTGTTTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGTGATCATACCTTTGAGGACATAGGACTTGCAGCTGGCCGAAGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 TGGTGATCATACCTTTGAGGACATAGGACTTGCAGCTGGCCGAAGCCAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGAGAAAAAACGTTCTTACAAAGATTTTTTAAGGGAAGAGGAAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 GAGAGAAAAAACGTTCTTACAAAGATTTTTTAAGGGAAGAGGAAGAAATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGCTCAGGTCAGGAATTCTTCCAAGAAGAAGTTGAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100113 GCTGCTCAGGTCAGGAATTCTTCCAAGAAGAAGTTGAAGGTA...TAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAGTGAACTTTACTTCTTGGGGACGGACACACACAAGAAGAAGAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100723 TAGTGAACTTTACTTCTTGGGGACGGACACACACAAGAAGAAGAGGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTCCTCTGATGATTACTACTATGGAG         ATATTTCGTCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100773 ACTCCTCTGATGATTACTACTATGGAGGTG...TAGATATTTCGTCTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAATCGTCACAGAAGAAAAAGAAAAAGTCCAGCCCACAGTCTACTGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101587 GAATCGTCACAGAAGAAAAAGAAAAAGTCCAGCCCACAGTCTACTGATAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCTATGGACCTGTTGAAAGCTATCACTTCCCCACTGGCAGCAGGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101637 AGCTATGGACCTGTTGAAAGCTATCACTTCCCCACTGGCAGCAGGCTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCCCTCCAAAAAGACTGGGGAGAAATCCTCTGGCTCTTCAAGCCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101687 AGCCCTCCAAAAAGACTGGGGAGAAATCCTCTGGCTCTTCAAGCCATTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGAGTAAAAAGGAGCACCACAGGAAGAAAGTCAGTGGAAGCAGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101737 GAGAGTAAAAAGGAGCACCACAGGAAGAAAGTCAGTGGAAGCAGTGGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTACCCCTAGAGGATGGTGGCTCCCACAAATCGAAAAAAATGAAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101787 ACTACCCCTAGAGGATGGTGGCTCCCACAAATCGAAAAAAATGAAACCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTATGTGAACACAGAGACACTGACCCTTCGGGAGCCTGATGGTTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101837 TCTATGTGAACACAGAGACACTGACCCTTCGGGAGCCTGATGGTTTAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGAAACTTATTCTGTCACCAAAGGAGAAGGGAAGCAGCTCTGTTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101887 ATGAAACTTATTCTGTCACCAAAGGAGAAGGGAAGCAGCTCTGTTGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAGTCTTTTCAATATCCCTCCCAACAAGCGACTGTGAAAAAATCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101937 GGAGTCTTTTCAATATCCCTCCCAACAAGCGACTGTGAAAAAATCCTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGAAATCAGCTCGGGATGAGCAGGGTGCTTTACTCCTAGGACATGAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101987 AGAAATCAGCTCGGGATGAGCAGGGTGCTTTACTCCTAGGACATGAGTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGAGCTTTCTGAAAACAGCCCGGAAAAAGCACAAGTCATCCTCAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102037 CAGAGCTTTCTGAAAACAGCCCGGAAAAAGCACAAGTCATCCTCAGACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ACATTCATCTCCTGGCCCTGAAGGCTGTGGGTCTGACGCCTCCCAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102087 ACATTCATCTCCTGGCCCTGAAGGCTGTGGGTCTGACGCCTCCCAGTTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGAGTCCCACAGTGCTAACCTTGATCTTTCAGGGCTTGAACCTATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102137 CAGAGTCCCACAGTGCTAACCTTGATCTTTCAGGGCTTGAACCTATTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTAGAATCAGACTCATCCTCTGGTGGGGAACTAGAGGCTGGGGAGTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102187 GTAGAATCAGACTCATCCTCTGGTGGGGAACTAGAGGCTGGGGAGTTAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GATAGATGATTCTTACCGAGAAATCAAGAAGAAAAAGAAGTCAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102237 GATAGATGATTCTTACCGAGAAATCAAGAAGAAAAAGAAGTCAAAGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCAAAAAGAAGAAAGACAAGGAGAAGCATAAAGAGAAGCGACACTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102287 GCAAAAAGAAGAAAGACAAGGAGAAGCATAAAGAGAAGCGACACTCCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TCCAAGAGAAGTTTAGGACTTTCTGCCGTGCCAGTGGGAGAGGTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102337 TCCAAGAGAAGTTTAGGACTTTCTGCCGTGCCAGTGGGAGAGGTCACAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GACATCTGGCCCTCCTCCCAGCATCCCATACGCTGGAGCAGCAGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102387 GACATCTGGCCCTCCTCCCAGCATCCCATACGCTGGAGCAGCAGCACCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCCTGCCACTTCCTGGCCTCCACACAGATGGGCATAGTGAAAAAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102437 CCCTGCCACTTCCTGGCCTCCACACAGATGGGCATAGTGAAAAAAAAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAAAAAGAAGAGAAGGACAAAGAGAGAGAGAGAGGAGAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102487 AAAAAAGAAGAGAAGGACAAAGAGAGAGAGAGAGGAGAAAAGGTA...TA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216  CCAAAAAAGAAGAACATGTCGGCCTACCAGGTGTTCTGTAAAGAGTATC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120886 GCCAAAAAAGAAGAACATGTCGGCCTACCAGGTGTTCTGTAAAGAGTATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GCGTGACCATTGTGGCTGACCATCCAGGTATAG         ATTTTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120936 GCGTGACCATTGTGGCTGACCATCCAGGTATAGGTA...CAGATTTTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GAACTTAGTAAAAAACTGGCTGAGGTGTGGAAGCAATTACCAGAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122930 GAACTTAGTAAAAAACTGGCTGAGGTGTGGAAGCAATTACCAGAAAAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CAAACTG         ATTTGGAAGCAAAAAGCTCAGTATCTGCAGCACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122980 CAAACTGGTA...CAGATTTGGAAGCAAAAAGCTCAGTATCTGCAGCACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AACAGAACAAAGCAGAAGCCACAACTGTGAAAAGGAAAGCATCCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124306 AACAGAACAAAGCAGAAGCCACAACTGTGAAAAGGAAAGCATCCAGCTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GAAGGTTCCATGAAAGTCAAAG         CCTCTTCTGTAGGAGTACT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124356 GAAGGTTCCATGAAAGTCAAAGGTA...CAGCCTCTTCTGTAGGAGTACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GTCACCCCAGAAGAAGTCCCCACCCACCACCATGCTGTTACCAGCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125182 GTCACCCCAGAAGAAGTCCCCACCCACCACCATGCTGTTACCAGCCTCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CAGCCAAAGCCCCTGAGACAGAGCCCATTGATGTTGCTGCTCATCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125232 CAGCCAAAGCCCCTGAGACAGAGCCCATTGATGTTGCTGCTCATCTTCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CTGTTGGGAGAGTCCCTAAGCCTCATTGGACACCGTCTGCAGGAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125282 CTGTTGGGAGAGTCCCTAAGCCTCATTGGACACCGTCTGCAGGAAACTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 G         GGTATGGTGGCTGTGTCTGGCAGTTTGTCAGTGCTTCTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125332 GGTG...CAGGGTATGGTGGCTGTGTCTGGCAGTTTGTCAGTGCTTCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 ATTCCATTATCTGTGCCCTTGGCCCCTTGGCATGTCTCACCACACAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129957 ATTCCATTATCTGTGCCCTTGGCCCCTTGGCATGTCTCACCACACAACTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CCTGAATTGAATGGCTGTCCCAAACAGGTCTTG         TCAAACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 130007 CCTGAATTGAATGGCTGTCCCAAACAGGTCTTGGTG...CAGTCAAACAC

   1850     .    :    .    :    .    :
   1770 ATTAGACAACATTGCTTACATCATGCCGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130540 ATTAGACAACATTGCTTACATCATGCCGGGACTG