seq1 = pF1KB9542.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KB9542/gi568815576r_28958745.tfa (gi568815576r:28958745_29160844), 202100 bp

>pF1KB9542 870
>gi568815576r:28958745_29160844 (Chr22)

(complement)

1-432  (100000-100430)   99% ->
433-870  (101663-102100)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACCCAATCAATGTGAGACGAGACCCCAGCATCCCTATCTATGGACT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GCACCCAATCAATGTGAGACGAGACCCCAGCATCCCTATCTATGGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGACAGTCCATCTTATTAAATACCAGGCTTCAGGACTGCTATGTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CCGACAGTCCATCTTATTAAATACCAGGCTTCAGGACTGCTATGTGGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCGGCTCTCACCAACATCTGGATGGCTAGAACATGTGCAAAGCAGAAC
        | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100099 CACCGGCTCTCACCAACATCTGGATGGCCAGAACATGTGCAAAGCAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTAATGCCCCAGCACCAGCTACCACTTCCTCTTGGGAAGTTGTAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 ATTAATGCCCCAGCACCAGCTACCACTTCCTCTTGGGAAGTTGTAAGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCATTAATTGCCAGTTCCTTCTCCCTGGTTAAGCTTGTACTCAGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 CCCATTAATTGCCAGTTCCTTCTCCCTGGTTAAGCTTGTACTCAGGCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AACTGAAGAATAAGTGCTGCCCACCACCATGCAAGTTTGGAGAAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 AACTGAAGAATAAGTGCTGCCCACCACCATGCAAGTTTGGAGAAGGAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTCGAAGAGATTAAAGCACAAGGACGATTCAGTGATGAAAGCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 CTCTCGAAGAGATTAAAGCACAAGGACGATTCAGTGATGAAAGCCACCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGGCCAGGAAAAGAAACTTCATCAGTTCCAAGAGCAAGCAGCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 GCAGGCCAGGAAAAGAAACTTCATCAGTTCCAAGAGCAAGCAGCCAGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGCATAGGAGGCCTGCAGGAGGCATCAGAGAG         AGTAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100399 GGCATAGGAGGCCTGCAGGAGGCATCAGAGAGGTA...TAGAGTAAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGTTCAAAGGAGAAAAAACTAACAGTCCGCCAAGATCTTGAGGACAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101672 AGTTCAAAGGAGAAAAAACTAACAGTCCGCCAAGATCTTGAGGACAGATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGCTGAACATGTGGCTGCCACCCAAGCGCTACCCCAGGACAGTGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101722 TGCTGAACATGTGGCTGCCACCCAAGCGCTACCCCAGGACAGTGGGACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGCCTGGAAGGGCCGAGTGTTGCTTCCTGAAACCCAAAAGAGACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101772 CAGCCTGGAAGGGCCGAGTGTTGCTTCCTGAAACCCAAAAGAGACAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTGTCGGAGGACACGCTAACCATCCATGGTCTCCCCACAGAGGGTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101822 TTGTCGGAGGACACGCTAACCATCCATGGTCTCCCCACAGAGGGTTACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGCTCTGTACCACGCTGTGGTGGAGCCAATGCTGTGGAATCCTTCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101872 GGCTCTGTACCACGCTGTGGTGGAGCCAATGCTGTGGAATCCTTCAGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCCCCAAGAGGTACAGCCTGGAGCTGGGCAAGGCCATTAAACAAAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101922 CCCCCAAGAGGTACAGCCTGGAGCTGGGCAAGGCCATTAAACAAAAGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGGGAGGCTCTTTGCAGTCAGGGTGCCATCTCTGAAGGTGCTCAGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101972 TGGGAGGCTCTTTGCAGTCAGGGTGCCATCTCTGAAGGTGCTCAGAGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCGGTTCCCTGGCAGGAAGCAGCCAGGTGTCCACGAGGAGCCTGTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102022 CCGGTTCCCTGGCAGGAAGCAGCCAGGTGTCCACGAGGAGCCTGTACTCA

    850     .    :    .    :    .
    842 AGAAATGGCCCAAGTTAAAGAGCAAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 102072 AGAAATGGCCCAAGTTAAAGAGCAAAAAA