seq1 = pF1KB9540.tfa, 1053 bp
seq2 = pF1KB9540/gi568815581r_76125754.tfa (gi568815581r:76125754_76326806), 201053 bp

>pF1KB9540 1053
>gi568815581r:76125754_76326806 (Chr17)

(complement)

1-1053  (100001-101053)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGAAATGAGCTTCCTGAGCAGCGAGGTGTTGGTGGGGGACTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGAAATGAGCTTCCTGAGCAACGAGGTGTTGGTGGGGGACTTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCCCCTTCGACCAGTCGGGTTTGGGGGCTGAAGAAAGCCTAGGTCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100051 GTCCCCCTTCGACCAGTCGGGTTTGGGGGCTGAAGAAAGCATAGGTCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGATGATTACCTGGAGGTGGCCAAGCACTTCAAACCTCATGGGTTCTCC
        ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGATGACTACGTGGAGGTGGCCAAGCACTTCAAACCTCATGGGTTCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGACAAGGCTAAGGCGGGCTCCTCCGAATGGCTGGCTGTGGATGGGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100151 AGCGACAAGGCTAAGGCGGGCTCCTCCGAATGGCTGACTGTGGATGGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTCAGTCCCTCCAACAACAGCAAGGAGGATGCCTTCTCCGGGACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
 100201 GGTCAGTCCCTCCAACAACAGCAAGGAGGATGCCTTCTCTGGGACACATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGATGTTGGAGAAAATGGATTTGAAGGAGTTCGACTT GGATGCCCTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||-|||||||||
 100251 GGATGTTGGAGAAAATGGATTTGAAGGAGTTCGACTTTGG TGCCCTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 GGGTATAGATGACCTGGAAACCATGCCAGATGACCTTCTGACCACGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100300 GGGTATAGATGACCTGGAAACCATGCCAGATGACCTTTTGACCACGTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 ATGACACTTGTGATCTCTTTGCCCCCCTAGTCCAGGAGACTAATAAGCAG
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
 100350 ATGACACTTGTAATCTCTTTGCCCCCCTAGTCCAGGAGACTAATAAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 CCCCCCCAGACGGTGAACCCAATTGGCCATCTCCCAGAAAGTTTAACAAA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 CCCCCCCAGATGGTGAACCCAATTGGCCATCTCCCAGAAAGTTTAACAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 ACCCGACCAGGTTGCCCCCTTCACCTTCTTACAACCTCTTCCCCTTTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
 100450 ACCCGACCAGGTTGCCCCCTTCACCTTCTTGCAACTTCTTCCCCTTTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 CAGGGGTCCTGTCCTCCACTCCAGATCATTCCTTTAGTTTAGAGCTGGGC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 CAGGGGTCCAGTCCTCCACTCCAGATCATTCCTTTAGTTTAGAGCTGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 AGTGAAGTGGATATCACTGAAGGAGATAGGAAGCCAGACTACACTGCTTA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||
 100550 AGTGAAGTGGATATCACTGAAGAAGATAGGAAGCCGGACTCCACTGCTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 CGTTGCCATGATCCCTCAGTGCATAAAGGAGGAAGACACCCCTTCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 CGTTGCCATGATCCCTCAGTGCATAAAGGAGGAAGACACCCCTTCAGATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 ATGATAGTGGCATCTGTATGAGCCCAGAGTCCTATCTGGGGTCTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100650 ATGATAGTGGCATCTGTATGAGCCCAGAGTCCTATCTGGGGTCTCCTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 CACAGCCCCTCTACCAGGGGCTCTCCAAATAGGAGCCTCCCATCTCCAGG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100700 CATAGCCCCTCTACCAGGGGCTCTCCAAATAGGAGCCTCCCATCTCCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 TGTTCTCTGTGGGTCTGCCCGTCCCAAACCTTACGATCCTCCTGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
 100750 TGTTCTCTGTGGGTCTGCCCACCCCAAACCTTACGATCCTCCTGGAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 AGATGGTAGCAGCAAAAGTAAAGGGTGAGAAACTGGATAAGAAGCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100800 AGATGGTAGCAGCAAAAGTAAAGGGTGAGAAACTGGATAAGAAGCTGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 AAAATGGAGCAAAACAAGACAGCAGCCACTAGGTACCGCCAGAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100850 AAAATGGAGCAAAACAAGACAGCAGCCACTAGGTACCGCCAGAAGAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 GGCGGAGCAGGAGGCTCTTACTGGTGAGTGCAAAGAGCTGGAAAAGAAGA
        |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
 100900 GGCGGAGCAGGAGGCTCTCACTGGCGAGTGCAAAGAGCTGGAAAAGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 ACGAGGCTCTAAAAGAGAGGGCGGATTCCCTGGCCAAGGAGATCCAGTAC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100950 ACGAGGCTCTAAAAGAGAGGGCAGATTCCCTGGCCAAGGAGATCCAGTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 CTGAAAGATTTGATAGAAGAGGTCCGCAAGGCAAGGGGGAAGAAAAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101000 CTGAAAGATTTGATAGAAGAGGTCCGCAAGGCAAGGGGGAAGAAAAGGGT

   1050 
   1050 CCCC
        ||||
 101050 CCCC