seq1 = pF1KB9540.tfa, 1053 bp
seq2 = pF1KB9540/gi568815576f_39421446.tfa (gi568815576f:39421446_39622599), 201154 bp

>pF1KB9540 1053
>gi568815576f:39421446_39622599 (Chr22)

1-226  (100001-100226)   100% ->
227-1053  (100328-101154)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGAAATGAGCTTCCTGAGCAGCGAGGTGTTGGTGGGGGACTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGAAATGAGCTTCCTGAGCAGCGAGGTGTTGGTGGGGGACTTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCCCCTTCGACCAGTCGGGTTTGGGGGCTGAAGAAAGCCTAGGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCCCCTTCGACCAGTCGGGTTTGGGGGCTGAAGAAAGCCTAGGTCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGATGATTACCTGGAGGTGGCCAAGCACTTCAAACCTCATGGGTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGATGATTACCTGGAGGTGGCCAAGCACTTCAAACCTCATGGGTTCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGACAAGGCTAAGGCGGGCTCCTCCGAATGGCTGGCTGTGGATGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCGACAAGGCTAAGGCGGGCTCCTCCGAATGGCTGGCTGTGGATGGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTCAGTCCCTCCAACAACAGCAAGG         AGGATGCCTTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100201 GGTCAGTCCCTCCAACAACAGCAAGGGTG...CAGAGGATGCCTTCTCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGACAGATTGGATGTTGGAGAAAATGGATTTGAAGGAGTTCGACTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100343 GGACAGATTGGATGTTGGAGAAAATGGATTTGAAGGAGTTCGACTTGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCCTGTTGGGTATAGATGACCTGGAAACCATGCCAGATGACCTTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100393 GCCCTGTTGGGTATAGATGACCTGGAAACCATGCCAGATGACCTTCTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACGTTGGATGACACTTGTGATCTCTTTGCCCCCCTAGTCCAGGAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100443 CACGTTGGATGACACTTGTGATCTCTTTGCCCCCCTAGTCCAGGAGACTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATAAGCAGCCCCCCCAGACGGTGAACCCAATTGGCCATCTCCCAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100493 ATAAGCAGCCCCCCCAGACGGTGAACCCAATTGGCCATCTCCCAGAAAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTAACAAAACCCGACCAGGTTGCCCCCTTCACCTTCTTACAACCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100543 TTAACAAAACCCGACCAGGTTGCCCCCTTCACCTTCTTACAACCTCTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTTTCCCCAGGGGTCCTGTCCTCCACTCCAGATCATTCCTTTAGTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100593 CCTTTCCCCAGGGGTCCTGTCCTCCACTCCAGATCATTCCTTTAGTTTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGCTGGGCAGTGAAGTGGATATCACTGAAGGAGATAGGAAGCCAGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100643 AGCTGGGCAGTGAAGTGGATATCACTGAAGGAGATAGGAAGCCAGACTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACTGCTTACGTTGCCATGATCCCTCAGTGCATAAAGGAGGAAGACACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100693 ACTGCTTACGTTGCCATGATCCCTCAGTGCATAAAGGAGGAAGACACCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTCAGATAATGATAGTGGCATCTGTATGAGCCCAGAGTCCTATCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100743 TTCAGATAATGATAGTGGCATCTGTATGAGCCCAGAGTCCTATCTGGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTCCTCAGCACAGCCCCTCTACCAGGGGCTCTCCAAATAGGAGCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100793 CTCCTCAGCACAGCCCCTCTACCAGGGGCTCTCCAAATAGGAGCCTCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCTCCAGGTGTTCTCTGTGGGTCTGCCCGTCCCAAACCTTACGATCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100843 TCTCCAGGTGTTCTCTGTGGGTCTGCCCGTCCCAAACCTTACGATCCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGGAGAGAAGATGGTAGCAGCAAAAGTAAAGGGTGAGAAACTGGATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100893 TGGAGAGAAGATGGTAGCAGCAAAAGTAAAGGGTGAGAAACTGGATAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGCTGAAAAAAATGGAGCAAAACAAGACAGCAGCCACTAGGTACCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100943 AGCTGAAAAAAATGGAGCAAAACAAGACAGCAGCCACTAGGTACCGCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAGAAGAGGGCGGAGCAGGAGGCTCTTACTGGTGAGTGCAAAGAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100993 AAGAAGAGGGCGGAGCAGGAGGCTCTTACTGGTGAGTGCAAAGAGCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AAAGAAGAACGAGGCTCTAAAAGAGAGGGCGGATTCCCTGGCCAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101043 AAAGAAGAACGAGGCTCTAAAAGAGAGGGCGGATTCCCTGGCCAAGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCCAGTACCTGAAAGATTTGATAGAAGAGGTCCGCAAGGCAAGGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101093 TCCAGTACCTGAAAGATTTGATAGAAGAGGTCCGCAAGGCAAGGGGGAAG

   1050     .    :
   1042 AAAAGGGTCCCC
        ||||||||||||
 101143 AAAAGGGTCCCC