seq1 = pF1KB9522.tfa, 2061 bp
seq2 = pF1KB9522/gi568815582f_57550288.tfa (gi568815582f:57550288_57763579), 213292 bp

>pF1KB9522 2061
>gi568815582f:57550288_57763579 (Chr16)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-487  (100913-101335)   100% ->
488-620  (102916-103048)   100% ->
621-768  (103699-103846)   100% ->
769-900  (105112-105243)   99% ->
901-1017  (105589-105705)   99% ->
1018-1063  (105939-105984)   100% ->
1064-1167  (106227-106330)   100% ->
1168-1286  (107086-107204)   100% ->
1287-1555  (109126-109394)   99% ->
1556-1664  (110481-110589)   100% ->
1665-1933  (111410-111678)   100% ->
1934-2061  (113165-113292)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTCCCCAGTCGCTGCTGCAGACGACACTGTTCCTGCTGAGTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTCCCCAGTCGCTGCTGCAGACGACACTGTTCCTGCTGAGTCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCTGGTCCAAG         GTGCCCACGGCAGGGGCCACAGGGAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCCTGGTCCAAGGCA...CAGGTGCCCACGGCAGGGGCCACAGGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTTTCGCTTCTGCAGCCAGCGGAACCAGACACACAGGAGCAGCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100940 ACTTTCGCTTCTGCAGCCAGCGGAACCAGACACACAGGAGCAGCCTCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACAAACCCACACCAGACCTGCGCATCTCCATCGAGAACTCCGAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100990 TACAAACCCACACCAGACCTGCGCATCTCCATCGAGAACTCCGAAGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCACAGTCCATGCCCCTTTCCCTGCAGCCCACCCTGCTTCCCGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101040 CCTCACAGTCCATGCCCCTTTCCCTGCAGCCCACCCTGCTTCCCGATCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCCTGACCCCAGGGGCCTCTACCACTTCTGCCTCTACTGGAACCGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101090 TCCCTGACCCCAGGGGCCTCTACCACTTCTGCCTCTACTGGAACCGACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGGGAGATTACATCTTCTCTATGGCAAGCGTGACTTCTTGCTGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101140 GCTGGGAGATTACATCTTCTCTATGGCAAGCGTGACTTCTTGCTGAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAAGCCTCTAGCCTCCTCTGCTTCCAGCACCAGGAGGAGAGCCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101190 CAAAGCCTCTAGCCTCCTCTGCTTCCAGCACCAGGAGGAGAGCCTGGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGGCCCCCCGCTGTTAGCCACTTCTGTCACCTCCTGGTGGAGCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101240 AGGGCCCCCCGCTGTTAGCCACTTCTGTCACCTCCTGGTGGAGCCCTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AACATCAGCCTGCCCAGTGCCGCCAGCTTCACCTTCTCCTTCCACA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101290 AACATCAGCCTGCCCAGTGCCGCCAGCTTCACCTTCTCCTTCCACAGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488      GTCCTCCCCACACGGCCGCTCACAATGCCTCGGTGGACATGTGCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101340 ..CAGGTCCTCCCCACACGGCCGCTCACAATGCCTCGGTGGACATGTGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCTCAAAAGGGACCTCCAGCTGCTCAGCCAGTTCCTGAAGCATCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102961 AGCTCAAAAGGGACCTCCAGCTGCTCAGCCAGTTCCTGAAGCATCCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGGCCTCAAGGAGGCCCTCGGCTGCCCCCGCCAGCCA         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103011 AAGGCCTCAAGGAGGCCCTCGGCTGCCCCCGCCAGCCAGTA...CAGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTGCAGAGCCTGGAGTCGAAACTGACCTCTGTGAGATTCATGGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103702 GTTGCAGAGCCTGGAGTCGAAACTGACCTCTGTGAGATTCATGGGGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGTGTCCTTCGAGGAGGACCGGATCAACGCCACGGTGTGGAAGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103752 TGGTGTCCTTCGAGGAGGACCGGATCAACGCCACGGTGTGGAAGCTCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCCACAGCCGGCCTCCAGGACCTGCACATCCACTCCCGGCAGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103802 CCCACAGCCGGCCTCCAGGACCTGCACATCCACTCCCGGCAGGAGGTC..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    769     GAGGAGCAGAGCGAGATCATGGAGTACTCGGTGCTGCTGCCTCGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103852 .CAGGAGGAGCAGAGCGAGATCATGGAGTACTCGGTGCTGCTGCCTCGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CACTCTTCCAGAGGACGAAAGGCCGGAGGGGGGAGGCTGAGAAGAGACTC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 105158 CACTCTTCCAGAGGACGAAAGGCCGGAGCGGGGAGGCTGAGAAGAGACTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTCCTGGTGGACTTCAGCAGCCAAGCCCTGTTCCAG         GACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105208 CTCCTGGTGGACTTCAGCAGCCAAGCCCTGTTCCAGGTA...TAGGACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAATTCCAGCCAAGTCCTGGGTGAGAAGGTCTTGGGGATTGTGGTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105594 GAATTCCAGCCAAGTCCTGGGTGAGAAGGTCTTGGGGATTGTGGTACAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACACCAAAGTAGCCAACCTCACGGAGCCCGTGGTGCTCACCTTCCAGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 105644 ACACCAAAGTAGCCAACCTCACGGAGCCCGTGGTGCTCACTTTCCAGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGCTACAGCCG         AAGAATGTGACTCTGCAATGTGTGTTCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105694 CAGCTACAGCCGGTG...CAGAAGAATGTGACTCTGCAATGTGTGTTCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGTTGAAGACCCCACAT         TGAGCAGCCCGGGGCATTGGAGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105968 GGTTGAAGACCCCACATGTG...CAGTGAGCAGCCCGGGGCATTGGAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTGCTGGGTGTGAGACCGTCAGGAGAGAAACCCAAACATCCTGCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106251 GTGCTGGGTGTGAGACCGTCAGGAGAGAAACCCAAACATCCTGCTTCTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AACCACTTGACCTACTTTGCAGTGCTGATG         GTCTCCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106301 AACCACTTGACCTACTTTGCAGTGCTGATGGTG...CAGGTCTCCTCGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAGGTGGACGCCGTGCACAAGCACTACCTGAGCCTCCTCTCCTACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107097 GGAGGTGGACGCCGTGCACAAGCACTACCTGAGCCTCCTCTCCTACGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCTGTGTCGTCTCTGCCCTGGCCTGCCTTGTCACCATTGCCGCCTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107147 GCTGTGTCGTCTCTGCCCTGGCCTGCCTTGTCACCATTGCCGCCTACCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TGCTCCAG         GAGGAAACCTCGGGACTACACCATCAAGGTGCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107197 TGCTCCAGGTG...CAGGAGGAAACCTCGGGACTACACCATCAAGGTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CATGAACCTGCTGCTGGCCGTCTTCCTGCTGGACACGAGCTTCCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109159 CATGAACCTGCTGCTGGCCGTCTTCCTGCTGGACACGAGCTTCCTGCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCGAGCCGGTGGCCCTGACAGGCTCTGAGGCTGGCTGCCGAGCCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109209 GCGAGCCGGTGGCCCTGACAGGCTCTGAGGCTGGCTGCCGAGCCAGTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATCTTCCTGCACTTCTCCCTGCTCACCTGCCTTTCCTGGACGGGCCTCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 109259 ATCTTCCTGCACTTCTCCCTGCTCACCTGCCTTTCCTGGATGGGCCTCGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGGGTACAACCTCTACCGACTCGTGGTGGAGGTCTTTGGCACCTATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109309 GGGGTACAACCTCTACCGACTCGTGGTGGAGGTCTTTGGCACCTATGTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CTGGCTACCTACTCAAGCTGAGCGCCATGGGCTGGG         GCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109359 CTGGCTACCTACTCAAGCTGAGCGCCATGGGCTGGGGTA...CAGGCTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CCCATCTTTCTGGTGACGCTGGTGGCCCTGGTGGATGTGGACAACTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110486 CCCATCTTTCTGGTGACGCTGGTGGCCCTGGTGGATGTGGACAACTATGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCCCATCATCTTGGCTGTGCATAGGACTCCAGAGGGCGTCATCTACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110536 CCCCATCATCTTGGCTGTGCATAGGACTCCAGAGGGCGTCATCTACCCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CCAT         GTGCTGGATCCGGGACTCCCTGGTCAGCTACATCACC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110586 CCATGTG...CAGGTGCTGGATCCGGGACTCCCTGGTCAGCTACATCACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AACCTGGGCCTCTTCAGCCTGGTGTTTCTGTTCAACATGGCCATGCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111447 AACCTGGGCCTCTTCAGCCTGGTGTTTCTGTTCAACATGGCCATGCTAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CACCATGGTGGTGCAGATCCTGCGGCTGCGCCCCCACACCCAAAAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111497 CACCATGGTGGTGCAGATCCTGCGGCTGCGCCCCCACACCCAAAAGTGGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CACATGTGCTGACACTGCTGGGCCTCAGCCTGGTCCTTGGCCTGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111547 CACATGTGCTGACACTGCTGGGCCTCAGCCTGGTCCTTGGCCTGCCCTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GCCTTGATCTTCTTCTCCTTTGCTTCTGGCACCTTCCAGCTTGTCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111597 GCCTTGATCTTCTTCTCCTTTGCTTCTGGCACCTTCCAGCTTGTCGTCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CTACCTTTTCAGCATCATCACCTCCTTCCAAG         GCTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111647 CTACCTTTTCAGCATCATCACCTCCTTCCAAGGTA...CAGGCTTCCTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TCTTCATCTGGTACTGGTCCATGCGGCTGCAGGCCCGGGGTGGCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113174 TCTTCATCTGGTACTGGTCCATGCGGCTGCAGGCCCGGGGTGGCCCCTCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CCTCTGAAGAGCAACTCAGACAGCGCCAGGCTCCCCATCAGCTCGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113224 CCTCTGAAGAGCAACTCAGACAGCGCCAGGCTCCCCATCAGCTCGGGCAG

   2150     .    :    .
   2043 CACCTCGTCCAGCCGCATC
        |||||||||||||||||||
 113274 CACCTCGTCCAGCCGCATC