seq1 = pF1KB9521.tfa, 1764 bp
seq2 = pF1KB9521/gi568815586f_6723899.tfa (gi568815586f:6723899_6927201), 203303 bp

>pF1KB9521 1764
>gi568815586f:6723899_6927201 (Chr12)

1-867  (100001-100867)   100% ->
868-1057  (101586-101775)   100% ->
1058-1215  (102298-102455)   100% ->
1216-1764  (102755-103303)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCGGGGCGGGGCGGGGGCAGAGGAGGCCTCCCTGCGCTCCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCGGGGCGGGGCGGGGGCAGAGGAGGCCTCCCTGCGCTCCAACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTGTCCTGGCTGGCCTGTGGGCTCCTGGCGCTGCTGGCCAATGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTGTCCTGGCTGGCCTGTGGGCTCCTGGCGCTGCTGGCCAATGCCTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATCCTCAGCATCTCGGCCAAGCAGCAGAAGCACAAGCCACTGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATCCTCAGCATCTCGGCCAAGCAGCAGAAGCACAAGCCACTGGAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCTCTGCTTCCTAGCGGGCACACACATACTCATGGCAGCTGTGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCTCTGCTTCCTAGCGGGCACACACATACTCATGGCAGCTGTGCCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCACCTTTGCCGTGGTGCAGCTGCGTCGTCAGGCTTCCTCCGACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCACCTTTGCCGTGGTGCAGCTGCGTCGTCAGGCTTCCTCCGACTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTGGAACGAGAGTATCTGCAAGGTCTTCGTGTCCACCTACTACACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTGGAACGAGAGTATCTGCAAGGTCTTCGTGTCCACCTACTACACCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGCTGGCCACCTGCTTCACGGTCGCCTCCCTCTCCTACCATCGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGCTGGCCACCTGCTTCACGGTCGCCTCCCTCTCCTACCATCGCATGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGTGCGCTGGCCCGTCAACTACCGCCTCAGCAACGCCAAGAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGTGCGCTGGCCCGTCAACTACCGCCTCAGCAACGCCAAGAAGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACTGCATGCCGTCATGGGCATCTGGATGGTCAGCTTCATCCTCTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CACTGCATGCCGTCATGGGCATCTGGATGGTCAGCTTCATCCTCTCCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCCCTCCATTGGCTGGCACAACAACGGCGAGCGCTACTATGCCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGCCCTCCATTGGCTGGCACAACAACGGCGAGCGCTACTATGCCCGCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGCCAGTTCATAGTCTCCAAGATCGGCCTCGGCTTTGGCGTTTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGCCAGTTCATAGTCTCCAAGATCGGCCTCGGCTTTGGCGTTTGCTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCTCTTGCTACTTGGGGGAATTGTCATGGGTCTGGTCTGTGTGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCTCTTGCTACTTGGGGGAATTGTCATGGGTCTGGTCTGTGTGGCCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCTTCTACCAGACACTGTGGGCCCGGCCCCGGAGGGCTCGGCAGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCTTCTACCAGACACTGTGGGCCCGGCCCCGGAGGGCTCGGCAGGCCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAGAGTGGGGGGTGGTGGGGGGACCAAAGCGGGTGGGCCAGGGGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAGAGTGGGGGGTGGTGGGGGGACCAAAGCGGGTGGGCCAGGGGCCTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTACCCGGCCAGCTTTTGAGGTACCAGCCATTGTGGTGGAGGATGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTACCCGGCCAGCTTTTGAGGTACCAGCCATTGTGGTGGAGGATGCCCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGGAAGCGGCGGTCCTCGCTGGATGGCTCGGAGTCTGCCAAGACATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGGAAGCGGCGGTCCTCGCTGGATGGCTCGGAGTCTGCCAAGACATCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCAGGTCACCAACTTGGTCAGCGCCATCGTCTTTCTCTATGACTCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCAGGTCACCAACTTGGTCAGCGCCATCGTCTTTCTCTATGACTCACTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAGGGGTGCCCATCTTG         GTGGTGAGCTTCTTCTCCCTCAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100851 CAGGGGTGCCCATCTTGGTG...CAGGTGGTGAGCTTCTTCTCCCTCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TCGGACTCGGCGCCCCCCTGGATGGTGCTGGCTGTGCTGTGGTGCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101610 TCGGACTCGGCGCCCCCCTGGATGGTGCTGGCTGTGCTGTGGTGCTCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGCACAGACGCTGCTGCTGCCCTCCTTCATCTGGTCCTGCGAGCGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101660 GGCACAGACGCTGCTGCTGCCCTCCTTCATCTGGTCCTGCGAGCGCTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCGCCGACGTGCGCACAGTGTGGGAGCAATGCGTGGCCATCATGTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101710 GCGCCGACGTGCGCACAGTGTGGGAGCAATGCGTGGCCATCATGTCTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAGGATGGAGATGACG         ATGGGGGCTGTGACGACTATGCAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101760 GAGGATGGAGATGACGGTC...TAGATGGGGGCTGTGACGACTATGCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GGGCCGAGTTTGCAAAGTTCGCTTTGATGCTAACGGAGCCACAGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102323 GGGCCGAGTTTGCAAAGTTCGCTTTGATGCTAACGGAGCCACAGGACCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GGAGCCGGGACCCCGCCCAGGTGAAGCTGCTGCCTGGAAGGCACATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102373 GGAGCCGGGACCCCGCCCAGGTGAAGCTGCTGCCTGGAAGGCACATGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TTCCCTCCTCTTGAGAGAGTCCACTACTTACAG         GTCCCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102423 TTCCCTCCTCTTGAGAGAGTCCACTACTTACAGGTA...CAGGTCCCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 ATCCCGGCGTCTGTCCCATGATGAGACAAACATCTTCTCTACCCCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102763 ATCCCGGCGTCTGTCCCATGATGAGACAAACATCTTCTCTACCCCTCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AACCAGGCTCCTTCCTGCACAAGTGGTCATCCTCTGATGACATCCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102813 AACCAGGCTCCTTCCTGCACAAGTGGTCATCCTCTGATGACATCCGGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CTCCCAGCCCAGAGCCGGGCCCTCGGGGGTCCTCCTGAGTACCTGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102863 CTCCCAGCCCAGAGCCGGGCCCTCGGGGGTCCTCCTGAGTACCTGGGACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 AGGACACAGGTTGGAGGACGAGGAGGACGAGGAAGAGGCTGAAGGTGGGG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102913 AAGACACAGGTTGGAGGACGAGGAGGACGAGGAAGAGGCTGAAGGTGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GGCTGGCCAGCCTTCGCCAATTCTTGGAGAGTGGGGTTCTGGGGTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102963 GGCTGGCCAGCCTTCGCCAATTCTTGGAGAGTGGGGTTCTGGGGTCAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GGGGGACCCCCACGGGGTCCTGGCTTCTTCCGGGAGGAGATCACCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103013 GGGGGACCCCCACGGGGTCCTGGCTTCTTCCGGGAGGAGATCACCACCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CATCGATGAGACACCTCTGCCTTCTCCGACTGCCTCACCAGGGCACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103063 CATCGATGAGACACCTCTGCCTTCTCCGACTGCCTCACCAGGGCACTCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CTCGTCGGCCCCGGCCACTGGGCCTCTCACCCCGCCGACTCTCCCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103113 CTCGTCGGCCCCGGCCACTGGGCCTCTCACCCCGCCGACTCTCCCTTGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 TCCCCTGAGAGCAGAGCCGTTGGACTTCCTTTGGGACTAAGCGCAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103163 TCCCCTGAGAGCAGAGCCGTTGGACTTCCTTTGGGACTAAGCGCAGGGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 ACGCTGCTCCCTGACGGGGGGTGAAGAAAGTGCAAGGGCTTGGGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103213 ACGCTGCTCCCTGACGGGGGGTGAAGAAAGTGCAAGGGCTTGGGGAGGAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 CCTGGGGCCCAGGCAACCCCATCTTTCCCCAGCTGACCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103263 CCTGGGGCCCAGGCAACCCCATCTTTCCCCAGCTGACCCTG