seq1 = pF1KB9518.tfa, 1791 bp
seq2 = pF1KB9518/gi568815592r_88512722.tfa (gi568815592r:88512722_89063409), 550688 bp

>pF1KB9518 1791
>gi568815592r:88512722_89063409 (Chr6)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-174  (122230-122339)   100% ->
175-278  (134143-134246)   100% ->
279-367  (134337-134425)   100% ->
368-443  (156970-157045)   100% ->
444-684  (158455-158695)   100% ->
685-794  (171495-171604)   100% ->
795-896  (172814-172915)   100% ->
897-1032  (209646-209781)   100% ->
1033-1104  (213584-213655)   100% ->
1105-1269  (218889-219053)   100% ->
1270-1338  (261778-261846)   100% ->
1339-1439  (293536-293636)   100% ->
1440-1506  (384991-385057)   100% ->
1507-1630  (449015-449138)   100% ->
1631-1791  (450528-450688)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCACAACAAGATCCCGCCGCGGTGGCTGAACTGTCCCCGGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCACAACAAGATCCCGCCGCGGTGGCTGAACTGTCCCCGGCGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCCGGTGGCAG         GAAGATTCTTACCTCTGAAGACAATGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCCGGTGGCAGGTA...TAGGAAGATTCTTACCTCTGAAGACAATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGGACCAAGATATGATAGTCAAGTTGCTGAAGAAAATCGGTTCCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122257 TAGGACCAAGATATGATAGTCAAGTTGCTGAAGAAAATCGGTTCCATCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCATGCTCTCAAATTACCTAAAGAGCCTAAAG         GTTAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 122307 AGCATGCTCTCAAATTACCTAAAGAGCCTAAAGGTA...TAGGTTAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGGCTTGTTGGTGGACCTGACAAATACTTCAAGGTTCTATGACCGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134151 GGGCTTGTTGGTGGACCTGACAAATACTTCAAGGTTCTATGACCGAAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACATAGAAAAAGAAGGAATCAAATATATAAAACTTCAGTGTAAAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 134201 ACATAGAAAAAGAAGGAATCAAATATATAAAACTTCAGTGTAAAGGGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279      ACATGGTGAGTGCCCTACCACTGAGAATACTGAGACCTTTATTCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134251 ..TAGACATGGTGAGTGCCCTACCACTGAGAATACTGAGACCTTTATTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTGTGTGAGCGGTTTAATGAAAGAAATCCACCTGAACTTATAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 134382 TCTGTGTGAGCGGTTTAATGAAAGAAATCCACCTGAACTTATAGGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    368    GTGTTCATTGTACTCATGGCTTCAATCGCACTGGTTTCCTCATATGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156967 TAGGTGTTCATTGTACTCATGGCTTCAATCGCACTGGTTTCCTCATATGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCTTTTTGGTGGAGAAAATGGATTGGAG         TATCGAAGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 157017 GCCTTTTTGGTGGAGAAAATGGATTGGAGGTA...TAGTATCGAAGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGTTGCTACTTTTGCCCAAGCCAGACCACCAGGAATCTACAAGGGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158467 AGTTGCTACTTTTGCCCAAGCCAGACCACCAGGAATCTACAAGGGTGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATTTGAAGGAACTTTTTCGTCGGTATGGTGACATAGAGGAAGCACCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158517 ATTTGAAGGAACTTTTTCGTCGGTATGGTGACATAGAGGAAGCACCACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCACCTCTATTGCCAGATTGGTGTTTTGAGGATGATGAAGACGAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158567 CCACCTCTATTGCCAGATTGGTGTTTTGAGGATGATGAAGACGAAGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGATGAGGATGGAAAGAAGGAATCAGAACCCGGGTCAAGTGCTTCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158617 GGATGAGGATGGAAAGAAGGAATCAGAACCCGGGTCAAGTGCTTCTTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCAAAAGGAGAAAAGAACGGTTAAAACTG         GGCGCTATTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 158667 GCAAAAGGAGAAAAGAACGGTTAAAACTGGTA...AAGGGCGCTATTTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTGGAAGGTGTTACTGTTAAAGGTGTAACTCAAGTAACAACACAACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171507 TTGGAAGGTGTTACTGTTAAAGGTGTAACTCAAGTAACAACACAACCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTAGGAGAGGTACAGCAGAAGTGTCATCAATTCTGTGGCTGGGAAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 171557 GTTAGGAGAGGTACAGCAGAAGTGTCATCAATTCTGTGGCTGGGAAGGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    795        GTCTGGATTCCCTGGAGCACAGCCTGTTTCCATGGACAAGCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171607 A...AAGGTCTGGATTCCCTGGAGCACAGCCTGTTTCCATGGACAAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AATATTAAACTTTTAGACCTGAAGCCATACAAAGTAAGCTGGAAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172857 AATATTAAACTTTTAGACCTGAAGCCATACAAAGTAAGCTGGAAAGCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGGTACTCG         GTACATGATGTTGATTGATGGCACAAATGAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 172907 TGGTACTCGGTA...CAGGTACATGATGTTGATTGATGGCACAAATGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTTTTATGATTGATAGAGACAATTCAGTATTTCATGTTTCAAATCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209678 TTTTTATGATTGATAGAGACAATTCAGTATTTCATGTTTCAAATCTGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTTCCATTTCGTAAAGATCTTCGTATGCATTTATCAAATACTCTCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209728 TTTCCATTTCGTAAAGATCTTCGTATGCATTTATCAAATACTCTCTTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGGC         GAGATGATTATTGACAGAGTAAATGGACAGGCTGTTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209778 TGGCGTA...AAGGAGATGATTATTGACAGAGTAAATGGACAGGCTGTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTAGATATTTGATATATGACATAATTAAATTCAAT         TCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 213621 CTAGATATTTGATATATGACATAATTAAATTCAATGTA...CAGTCACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCCGTTGGAGATTGTGATTTTAATGTTCGTCTGCAGTGTATAGAACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218895 CCCGTTGGAGATTGTGATTTTAATGTTCGTCTGCAGTGTATAGAACGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AATTATAAGTCCTCGACACGAAAAAATGAAGACTGGGCTCATTGACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218945 AATTATAAGTCCTCGACACGAAAAAATGAAGACTGGGCTCATTGACAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACAGGAACCATTTAGCGTCAGAAATAAGCCGTTTTTTGACATCTGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218995 CACAGGAACCATTTAGCGTCAGAAATAAGCCGTTTTTTGACATCTGTACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCAAGAAAG         CTACTTGAAGGAAATTTTGCCAAAGAAGTGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 219045 TCAAGAAAGGTA...TAGCTACTTGAAGGAAATTTTGCCAAAGAAGTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCATGAAATGGATGGACTTATTTTTCAGCCTACTGGA         AAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 261810 CCATGAAATGGATGGACTTATTTTTCAGCCTACTGGAGTA...TAGAAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ACAAACCTGGTCGATGTGATGATATTTTGAAATGGAAGCCTCCCAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293540 ACAAACCTGGTCGATGTGATGATATTTTGAAATGGAAGCCTCCCAGTCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AATTCTGTGGATTTTCGTCTAAAAATAACAAGAATGGGAGGAGAAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 293590 AATTCTGTGGATTTTCGTCTAAAAATAACAAGAATGGGAGGAGAAGGGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1440       GTTACTTCCTCAGAATGTTGGCCTCCTGTATGTTGGAGGTTATG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293640 ...TAGGTTACTTCCTCAGAATGTTGGCCTCCTGTATGTTGGAGGTTATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AAAGACCCTTTGCACAAATCAAG         GTGACAAAAGAGCTGAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 385035 AAAGACCCTTTGCACAAATCAAGGTA...CAGGTGACAAAAGAGCTGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CAGTATGACAACAAAATTATAGAATGCAAATTTGAGAACAACAGCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 449033 CAGTATGACAACAAAATTATAGAATGCAAATTTGAGAACAACAGCTGGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CTTCATGAGACAGAGAACAGACAAAAGTTTTCCTAATGCCTACAACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 449083 CTTCATGAGACAGAGAACAGACAAAAGTTTTCCTAATGCCTACAACACTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CCATGG         CTGTGTGTAACAGCATCTCAAACCCTGTCACCAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 449133 CCATGGGTG...CAGCTGTGTGTAACAGCATCTCAAACCCTGTCACCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GAGATGCTGTTTGAGTTCATCGACAGATGTACTGCAGCTTCTCAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450563 GAGATGCTGTTTGAGTTCATCGACAGATGTACTGCAGCTTCTCAAGGACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GAAGCGAAAACATCATCTGGACCCTGACACGGAGCTCATGCCACCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450613 GAAGCGAAAACATCATCTGGACCCTGACACGGAGCTCATGCCACCACCAC

   1900     .    :    .    :    .
   1766 CTCCCAAAAGACCACGCCCTTTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||
 450663 CTCCCAAAAGACCACGCCCTTTAACC