seq1 = pF1KB9517.tfa, 1695 bp
seq2 = pF1KB9517/gi568815587r_18628937.tfa (gi568815587r:18628937_18865886), 236950 bp

>pF1KB9517 1695
>gi568815587r:18628937_18865886 (Chr11)

(complement)

18-97  (100001-100080)   100% ->
98-291  (121688-121881)   100% ->
292-399  (122458-122565)   100% ->
400-483  (122812-122895)   100% ->
484-725  (123384-123625)   100% ->
726-915  (125095-125284)   100% ->
916-1000  (127923-128007)   100% ->
1001-1080  (132252-132331)   100% ->
1081-1218  (132515-132652)   100% ->
1219-1329  (133185-133295)   100% ->
1330-1490  (136069-136229)   100% ->
1491-1604  (136321-136434)   99% ->
1605-1695  (136860-136950)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     18 CAGGAGTGAGAGAGAGAACCACGCTGCTGATGACTCCGAGGGAGGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CAGGAGTGAGAGAGAGAACCACGCTGCTGATGACTCCGAGGGAGGGGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     68 TGGACATGTGCTGCAGTGAGAGGCTACCGG         GTCTCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 TGGACATGTGCTGCAGTGAGAGGCTACCGGGTG...CAGGTCTCCCCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 CCGATAGTGATGGAGGCACTGGACGAGGCTGAAGGGCTCCAGGACTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121699 CCGATAGTGATGGAGGCACTGGACGAGGCTGAAGGGCTCCAGGACTCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    159 GAGAGAGATGCCGCCACCCCCTCCTCCCTCGCCGCCCTCAGATCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121749 GAGAGAGATGCCGCCACCCCCTCCTCCCTCGCCGCCCTCAGATCCAGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    209 AGAAGCCACCACCTCGAGGCGCTGGGAGCCACTCCCTCACTGTCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121799 AGAAGCCACCACCTCGAGGCGCTGGGAGCCACTCCCTCACTGTCAGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    259 AGCCTGTGCCTGTTCGCTGCCTCACAGTTCCTG         CTTGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121849 AGCCTGTGCCTGTTCGCTGCCTCACAGTTCCTGGTA...CAGCTTGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 TGGGGTGCTCTGGTTCAGCGGTTATGGCCACATCTGGTCACAGAACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122466 TGGGGTGCTCTGGTTCAGCGGTTATGGCCACATCTGGTCACAGAACGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 CAAACCTCGTCTCCTCTTTGCTGACGCTCCTGAAACAGCTGGAACCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122516 CAAACCTCGTCTCCTCTTTGCTGACGCTCCTGAAACAGCTGGAACCCACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400          GCCTGGCTTGACTCTGGGACGTGGGGAGTCCCCAGTCTGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122566 GTA...CAGGCCTGGCTTGACTCTGGGACGTGGGGAGTCCCCAGTCTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 GCTGGTCTTTCTGTCCGTGGGCCTGGTCCTCGTTACCACCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122853 GCTGGTCTTTCTGTCCGTGGGCCTGGTCCTCGTTACCACCCTGGTA...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    484   GTGTGGCACCTCCTGAGGACACCCCCAGAGCCACCCACCCCACTGCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123382 AGGTGTGGCACCTCCTGAGGACACCCCCAGAGCCACCCACCCCACTGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 CCTGAGGACAGGCGCCAGTCAGTGAGCCGCCAGCCCTCCTTCACCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123432 CCTGAGGACAGGCGCCAGTCAGTGAGCCGCCAGCCCTCCTTCACCTACTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582 AGAGTGGATGGAGGAGAAGATCGAGGATGACTTCCTGGACCTCGACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123482 AGAGTGGATGGAGGAGAAGATCGAGGATGACTTCCTGGACCTCGACCCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    632 TGCCCGAGACTCCTGTGTTTGATTGTGTGATGGACATCAAGCCTGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123532 TGCCCGAGACTCCTGTGTTTGATTGTGTGATGGACATCAAGCCTGAGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    682 GACCCCACCTCACTCACCGTCAAGTCCATGGGTCTGCAGGAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123582 GACCCCACCTCACTCACCGTCAAGTCCATGGGTCTGCAGGAGAGGTG...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    726    GAGGGGTTCCAATGTCTCCCTGACCCTGGACATGTGCACTCCGGGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125092 CAGGAGGGGTTCCAATGTCTCCCTGACCCTGGACATGTGCACTCCGGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773 GCAACGAGGAGGGCTTTGGCTATCTCATGTCCCCACGTGAGGAGTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125142 GCAACGAGGAGGGCTTTGGCTATCTCATGTCCCCACGTGAGGAGTCCGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823 CGCGAGTACCTGCTCAGCGCCTCCCGTGTCCTCCAAGCAGAAGAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125192 CGCGAGTACCTGCTCAGCGCCTCCCGTGTCCTCCAAGCAGAAGAGCTTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    873 TGAAAAGGCCCTGGACCCTTTCCTGCTGCAGGCGGAATTCTTT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 125242 TGAAAAGGCCCTGGACCCTTTCCTGCTGCAGGCGGAATTCTTTGTG...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    916   GAAATCCCCATGAACTTTGTGGATCCGAAAGAGTACGACATCCCTGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127921 AGGAAATCCCCATGAACTTTGTGGATCCGAAAGAGTACGACATCCCTGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    964 CTGGTGCGGAAGAACCGGTACAAAACCATACTTCCCA         ACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127971 CTGGTGCGGAAGAACCGGTACAAAACCATACTTCCCAGTG...CAGACCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1005 TCACAGCAGAGTGTGTCTGACCTCACCAGACCCTGACGACCCTCTGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132256 TCACAGCAGAGTGTGTCTGACCTCACCAGACCCTGACGACCCTCTGAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1055 CCTACATCAATGCCAACTACATCCGG         GGCTATGGTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 132306 CCTACATCAATGCCAACTACATCCGGGTA...CAGGGCTATGGTGGGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096 GAGAAGGTGTACATCGCCACTCAGGGACCCATCGTCAGCACGGTCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132530 GAGAAGGTGTACATCGCCACTCAGGGACCCATCGTCAGCACGGTCGCCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1146 CTTCTGGCGCATGGTGTGGCAGGAGCACACGCCCATCATTGTCATGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132580 CTTCTGGCGCATGGTGTGGCAGGAGCACACGCCCATCATTGTCATGATCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1196 CCAACATCGAGGAGATGAACGAG         AAATGCACCGAGTATTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 132630 CCAACATCGAGGAGATGAACGAGGTA...CAGAAATGCACCGAGTATTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237 CCGGAGGAGCAGGTGGCGTACGACGGTGTTGAGATCACTGTGCAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133203 CCGGAGGAGCAGGTGGCGTACGACGGTGTTGAGATCACTGTGCAGAAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1287 CATTCACACGGAGGATTACCGGCTGCGACTCATCTCCCTCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 133253 CATTCACACGGAGGATTACCGGCTGCGACTCATCTCCCTCAAGGTG...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1330   AGTGGGACTGAGGAGCGAGGCCTGAAGCATTACTGGTTCACATCCTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136067 AGAGTGGGACTGAGGAGCGAGGCCTGAAGCATTACTGGTTCACATCCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1378 CCCGACCAGAAGACCCCAGACCGGGCCCCCCCACTCCTGCACCTGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136117 CCCGACCAGAAGACCCCAGACCGGGCCCCCCCACTCCTGCACCTGGTGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1428 GGAGGTGGAGGAGGCAGCCCAGCAGGAGGGGCCCCACTGTGCCCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136167 GGAGGTGGAGGAGGCAGCCCAGCAGGAGGGGCCCCACTGTGCCCCCATCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1478 TCGTCCACTGCAG         TGCAGGGATTGGGAGGACCGGCTGCTTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 136217 TCGTCCACTGCAGGTG...CAGTGCAGGGATTGGGAGGACCGGCTGCTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1519 ATTGCCACCAGCATCTGCTGCCAGCAGCTGCGGCAGGAGGGTGTAGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 136349 ATTGCCACCAGCATCTGCTGCCAGCAGCTGCGGCAGGAGGGTGTGGTGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1569 CATCCTGAAGACCACGTGCCAGCTCCGTCAGGACAG         GGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 136399 CATCCTGAAGACCACGTGCCAGCTCCGTCAGGACAGGTC...CAGGGGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1610 GCATGATCCAGACATGCGAGCAGTACCAGTTTGTGCACCACGTCATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136865 GCATGATCCAGACATGCGAGCAGTACCAGTTTGTGCACCACGTCATGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1660 CTCTACGAAAAGCAGCTGTCCCACCAGTCCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136915 CTCTACGAAAAGCAGCTGTCCCACCAGTCCCCAGAA