seq1 = pF1KB9515.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KB9515/gi568815594r_100925868.tfa (gi568815594r:100925868_101446796), 520929 bp

>pF1KB9515 1533
>gi568815594r:100925868_101446796 (Chr4)

(complement)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-259  (250681-250881)   100% ->
260-384  (337719-337843)   100% ->
385-496  (347075-347186)   100% ->
497-642  (348285-348430)   100% ->
643-782  (352882-353021)   100% ->
783-860  (363534-363611)   100% ->
861-955  (366171-366265)   100% ->
956-1081  (383440-383565)   100% ->
1082-1156  (385636-385710)   98% ->
1157-1241  (406231-406315)   100% ->
1242-1339  (414433-414530)   100% ->
1340-1533  (420736-420929)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGAGCCCAAGGCAATTGATCCCAAGTTGTCGACGACCGACAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGAGCCCAAGGCAATTGATCCCAAGTTGTCGACGACCGACAGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGAAAG         CTGTTCCATTTCCTCCAAGTCACCGGCTTACAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGAAAGGTA...CAGCTGTTCCATTTCCTCCAAGTCACCGGCTTACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAAAAGAAGTGTTTGATAATGATGGAAAACCTCGTGTGGATATCTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250714 CAAAAGAAGTGTTTGATAATGATGGAAAACCTCGTGTGGATATCTTAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGCATCTTATGAAGGAGGGAAGGCTGGAAGAGAGTGTTGCATTGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250764 GCGCATCTTATGAAGGAGGGAAGGCTGGAAGAGAGTGTTGCATTGAGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATAACAGAGGGTGCATCAATTCTTCGACAGGAAAAAAATTTGCTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250814 AATAACAGAGGGTGCATCAATTCTTCGACAGGAAAAAAATTTGCTGGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGATGCGCCAGTCACTG         TTTGTGGGGACATTCATGGACAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 250864 TTGATGCGCCAGTCACTGGTA...CAGTTTGTGGGGACATTCATGGACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCTTTGATTTGATGAAGCTCTTTGAAGTCGGGGGATCTCCTGCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337742 TTCTTTGATTTGATGAAGCTCTTTGAAGTCGGGGGATCTCCTGCCAACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGCTACCTCTTCTTAGGGGACTATGTTGACAGAGGGTACTTCAGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337792 TCGCTACCTCTTCTTAGGGGACTATGTTGACAGAGGGTACTTCAGTATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AA         TGTGTGCTGTATTTGTGGGCCTTGAAAATTCTCTACCCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337842 AAGTA...CAGTGTGTGCTGTATTTGTGGGCCTTGAAAATTCTCTACCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAACACTGTTTTTACTTCGTGGAAATCATGAATGTAGACATCTAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347114 AAAACACTGTTTTTACTTCGTGGAAATCATGAATGTAGACATCTAACAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTATTTCACATTTAAACAAGAAT         GTAAAATAAAGTATTCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 347164 GTATTTCACATTTAAACAAGAATGTA...AAGGTAAAATAAAGTATTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AACGCGTATATGATGCCTGTATGGATGCCTTTGACTGCCTTCCCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348303 AACGCGTATATGATGCCTGTATGGATGCCTTTGACTGCCTTCCCCTGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCCTGATGAACCAACAGTTCCTGTGTGTGCATGGTGGTTTGTCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348353 GCCCTGATGAACCAACAGTTCCTGTGTGTGCATGGTGGTTTGTCTCCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATTAACACTTTAGATGATATCAGAAAA         TTAGACCGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 348403 GATTAACACTTTAGATGATATCAGAAAAGTA...TAGTTAGACCGATTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGAACCACCTGCATATGGACCTATGTGTGATATCCTGTGGTCAGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352895 AAGAACCACCTGCATATGGACCTATGTGTGATATCCTGTGGTCAGACCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGAAGATTTTGGAAATGAGAAGACTCAGGAACATTTCACTCACAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352945 CTGGAAGATTTTGGAAATGAGAAGACTCAGGAACATTTCACTCACAACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGTCAGGGGGTGTTCATACTTCTACAG         TTACCCGGCTGTAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 352995 AGTCAGGGGGTGTTCATACTTCTACAGGTA...CAGTTACCCGGCTGTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTGAATTCTTACAGCACAATAACTTGTTATCTATACTCCGAGCCCACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 363548 GTGAATTCTTACAGCACAATAACTTGTTATCTATACTCCGAGCCCACGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCCAAGATGCAGG         GTACCGCATGTACAGGAAAAGCCAAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 363598 GCCCAAGATGCAGGGTG...TAGGTACCGCATGTACAGGAAAAGCCAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AACAGGCTTCCCTTCTCTAATTACAATTTTTTCAGCACCAAATTACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 366198 AACAGGCTTCCCTTCTCTAATTACAATTTTTTCAGCACCAAATTACTTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGTATACAATAACAAAG         CTGCAGTATTGAAGTATGAGAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 366248 ATGTATACAATAACAAAGGTA...TAGCTGCAGTATTGAAGTATGAGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATGTTATGAATATCAGGCAATTCAACTGTTCTCCTCATCCATACTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 383463 AATGTTATGAATATCAGGCAATTCAACTGTTCTCCTCATCCATACTGGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCCAAATTTCATGGATGTTTTTACTTGGTCCCTTCCATTTGTTGGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 383513 TCCAAATTTCATGGATGTTTTTACTTGGTCCCTTCCATTTGTTGGGGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAG         TGACTGAGATGCTCGTAAATGTCCTCAACATCTGCTCA
        |||>>>...>>>||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 383563 AAGGTA...TAGTGACTGAGATGCTGGTAAATGTCCTCAACATCTGCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GATGATGAACTAGGGTCAGAAGAAGATGGATTTGATG         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 385674 GATGATGAACTAGGGTCAGAAGAAGATGGATTTGATGGTA...CAGGTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AACAGCTGCAGCCCGGAAAGAGGTGATAAGGAACAAGATCCGAGCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 406235 AACAGCTGCAGCCCGGAAAGAGGTGATAAGGAACAAGATCCGAGCAATAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCAAAATGGCCAGAGTGTTCTCAGTGCTCAG         AGAAGAGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 406285 GCAAAATGGCCAGAGTGTTCTCAGTGCTCAGGTG...CAGAGAAGAGAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GAGAGTGTGCTGACGCTGAAAGGCTTGACCCCAACTGGCATGCTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 414443 GAGAGTGTGCTGACGCTGAAAGGCTTGACCCCAACTGGCATGCTCCCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CGGAGTACTTTCTGGAGGGAAGCAAACCCTGCAAAGCG         CTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 414493 CGGAGTACTTTCTGGAGGGAAGCAAACCCTGCAAAGCGGTA...TAGCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TCAAAGGATTTTCACCACAACATAAGATCACTAGCTTCGAGGAAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420739 TCAAAGGATTTTCACCACAACATAAGATCACTAGCTTCGAGGAAGCCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GGCTTAGACCGAATTAATGAGAGGATGCCGCCTCGCAGAGATGCCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420789 GGCTTAGACCGAATTAATGAGAGGATGCCGCCTCGCAGAGATGCCATGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTCTGACGCCAACCTTAACTCCATCAACAAGGCTCTCACCTCAGAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420839 CTCTGACGCCAACCTTAACTCCATCAACAAGGCTCTCACCTCAGAGACTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACGGCACGGACAGCAATGGCAGTAATAGCAGCAATATTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420889 ACGGCACGGACAGCAATGGCAGTAATAGCAGCAATATTCAG