seq1 = pF1KB9510.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KB9510/gi568815594r_88162598.tfa (gi568815594r:88162598_88378583), 215986 bp

>pF1KB9510 1116
>gi568815594r:88162598_88378583 (Chr4)

(complement)

1-440  (100001-100440)   100% ->
441-541  (101341-101441)   100% ->
542-707  (109678-109843)   100% ->
708-852  (110250-110394)   100% ->
853-987  (113449-113583)   100% ->
988-1116  (115858-115986)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAACAGCTGCCTTAATTACTTTGGTCAGAAGTGGTGGGAACCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAACAGCTGCCTTAATTACTTTGGTCAGAAGTGGTGGGAACCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGAAGGAGAGTGCTGCTAAGCTCCCGCCTGCTGCAGGACGACAGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGAAGGAGAGTGCTGCTAAGCTCCCGCCTGCTGCAGGACGACAGGCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGACACCCACGTGCCACAGCTCCACTTCAGAGCCTAGGTGTTCTCGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGACACCCACGTGCCACAGCTCCACTTCAGAGCCTAGGTGTTCTCGGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCCAGATGGTAGTGGGAGTCCAGCTACCTGGGACAATTTTGGGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACCCAGATGGTAGTGGGAGTCCAGCTACCTGGGACAATTTTGGGATCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATAACCGCATTGATGAGCCAATTCTGCTGCCACCCAGCATTAAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGATAACCGCATTGATGAGCCAATTCTGCTGCCACCCAGCATTAAGTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAAGCCAATTCCCAAAATCAGCTTGGAAAATGTGGGGTGCGCCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAAGCCAATTCCCAAAATCAGCTTGGAAAATGTGGGGTGCGCCTCACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTGGCAAACGGAAAGAGAATGAAGATCGGTTTGACTTCGCTCAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTGGCAAACGGAAAGAGAATGAAGATCGGTTTGACTTCGCTCAGCTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGATGAGGTCCTGTACTTTGCAGTGTATGATGGACACGGTGGACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGATGAGGTCCTGTACTTTGCAGTGTATGATGGACACGGTGGACCTGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGCTGATTTCTGTCATACCCACATGGAGAAATGTATTAT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100401 CAGCTGATTTCTGTCATACCCACATGGAGAAATGTATTATGTA...AAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATTTGCTTCCTAAGGAGAAGAACTTGGAAACTCTGTTGACCTTGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101342 GATTTGCTTCCTAAGGAGAAGAACTTGGAAACTCTGTTGACCTTGGCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCTAGAAATAGATAAAGCCTTTTCGAGTCATGCCCGCCTGTCTGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101392 TCTAGAAATAGATAAAGCCTTTTCGAGTCATGCCCGCCTGTCTGCTGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542          CAACTCTTCTGACCTCTGGGACTACTGCAACAGTAGCCCTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101442 GTA...TAGCAACTCTTCTGACCTCTGGGACTACTGCAACAGTAGCCCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTGCGAGATGGTATTGAACTGGTTGTAGCCAGTGTTGGGGACAGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109719 TTGCGAGATGGTATTGAACTGGTTGTAGCCAGTGTTGGGGACAGCCGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TATTTTGTGTAGAAAAGGAAAACCCATGAAGCTGACCATTGACCATACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109769 TATTTTGTGTAGAAAAGGAAAACCCATGAAGCTGACCATTGACCATACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CAGAAAGAAAAGATGAAAAAGAAAG         GATCAAGAAATGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 109819 CAGAAAGAAAAGATGAAAAAGAAAGGTA...CAGGATCAAGAAATGTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGTTTTGTAGCTTGGAATAGTTTGGGGCAGCCTCACGTAAATGGCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110266 GGTTTTGTAGCTTGGAATAGTTTGGGGCAGCCTCACGTAAATGGCAGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGCAATGACAAGAAGTATTGGAGATTTGGACCTTAAGACCAGTGGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110316 TGCAATGACAAGAAGTATTGGAGATTTGGACCTTAAGACCAGTGGTGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TAGCAGAACCTGAAACTAAGAGGATTAAG         TTACATCATGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110366 TAGCAGAACCTGAAACTAAGAGGATTAAGGTA...CAGTTACATCATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GATGACAGCTTCCTGGTCCTCACCACAGATGGAATTAACTTCATGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113461 GATGACAGCTTCCTGGTCCTCACCACAGATGGAATTAACTTCATGGTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TAGTCAAGAGATTTGTGACTTTGTCAATCAGTGCCATGATCCCAACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113511 TAGTCAAGAGATTTGTGACTTTGTCAATCAGTGCCATGATCCCAACGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CAGCCCATGCGGTGACTGAACAG         GCAATACAGTACGGTACT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 113561 CAGCCCATGCGGTGACTGAACAGGTG...CAGGCAATACAGTACGGTACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGGATAACAGTACTGCAGTAGTAGTGCCTTTTGGTGCCTGGGGAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115876 GAGGATAACAGTACTGCAGTAGTAGTGCCTTTTGGTGCCTGGGGAAAATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TAAGAACTCTGAAATCAACTTCTCATTCAGCAGAAGCTTTGCCTCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115926 TAAGAACTCTGAAATCAACTTCTCATTCAGCAGAAGCTTTGCCTCCAGTG

   1150     .    :
   1106 GACGATGGGCC
        |||||||||||
 115976 GACGATGGGCC