seq1 = pF1KB9509.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KB9509/gi568815596f_241050496.tfa (gi568815596f:241050496_241282820), 232325 bp

>pF1KB9509 1080
>gi568815596f:241050496_241282820 (Chr2)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-181  (102981-103109)   100% ->
182-237  (107312-107367)   100% ->
238-303  (107989-108054)   100% ->
304-434  (108718-108848)   100% ->
435-597  (109837-109999)   100% ->
598-714  (112790-112906)   100% ->
715-819  (115842-115946)   100% ->
820-906  (119286-119372)   100% ->
907-1080  (132152-132325)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGAACGCGGCGCGGGGCAGCAACAGTCGCAGGAGATGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGAACGCGGCGCGGGGCAGCAACAGTCGCAGGAGATGATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GG         TTGACAGGCGGGTCGAGTCTGAAGAATCCGGCGATGAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTG...CAGTTGACAGGCGGGTCGAGTCTGAAGAATCCGGCGATGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGGGAAGAAACACAGCAGTGGCATCGTGGCCGACCTCAGTGAACAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103020 AAGGGAAGAAACACAGCAGTGGCATCGTGGCCGACCTCAGTGAACAGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGAAGGATGGGGAGGAGCGGGGGGAGGAGGACCCAGAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103070 CTGAAGGATGGGGAGGAGCGGGGGGAGGAGGACCCAGAAGGTA...CAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAACATGAGCTGCCTGTGGACATGGAAACCATCAACCTGGACAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107313 AGAACATGAGCTGCCTGTGGACATGGAAACCATCAACCTGGACAGAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGAG         GATGTTGATTTGAATCACTATCGCATAGGGAAGATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107363 CAGAGGTA...CAGGATGTTGATTTGAATCACTATCGCATAGGGAAGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAGGATTTGAGGTACTGAAGAAAGTGAAG         ACTCTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108025 GAAGGATTTGAGGTACTGAAGAAAGTGAAGGTG...CAGACTCTCTGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCGCCAAAATTTAATTAAATGCATTGAGAATCTGGAGGAGCTACAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108729 CCGCCAAAATTTAATTAAATGCATTGAGAATCTGGAGGAGCTACAGAGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTCGAGAGCTGGATCTTTACGACAACCAGATCAAGAAGATTGAGAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108779 TTCGAGAGCTGGATCTTTACGACAACCAGATCAAGAAGATTGAGAATCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGGCGCTAACAGAGCTGGA         GATTCTAGATATTTCTTTTAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108829 GAGGCGCTAACAGAGCTGGAGTG...CAGGATTCTAGATATTTCTTTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTGCTGAGAAACATCGAAGGGGTTGACAAGTTGACACGACTGAAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109858 TCTGCTGAGAAACATCGAAGGGGTTGACAAGTTGACACGACTGAAAAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCTTCTTGGTCAACAATAAAATCAGTAAAATTGAGAACTTAAGCAACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109908 TCTTCTTGGTCAACAATAAAATCAGTAAAATTGAGAACTTAAGCAACTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CATCAACTACAGATGCTAGAGCTGGGATCTAACCGCATCCGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109958 CATCAACTACAGATGCTAGAGCTGGGATCTAACCGCATCCGGGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598  GCAATCGAAAATATCGACACCTTAACCAACCTGGAGAGTTTGTTTTTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112789 GGCAATCGAAAATATCGACACCTTAACCAACCTGGAGAGTTTGTTTTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGAAAAACAAAATTACTAAACTTCAGAACCTGGATGCGCTCACCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112839 GGAAAAACAAAATTACTAAACTTCAGAACCTGGATGCGCTCACCAACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACAGTCCTCAGTATGCAG         AGCAACCGGCTGACCAAGATCGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112889 ACAGTCCTCAGTATGCAGGTA...CAGAGCAACCGGCTGACCAAGATCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGGTCTGCAGAACCTGGTGAACCTGCGGGAGCTGTACCTTAGCCACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115865 GGGTCTGCAGAACCTGGTGAACCTGCGGGAGCTGTACCTTAGCCACAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCATCGAGGTCATCGAGGGCCTGGAGAACAAT         AACAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115915 GCATCGAGGTCATCGAGGGCCTGGAGAACAATGTA...TAGAACAAACTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACGATGTTGGACATTGCATCAAATAGAATCAAAAAGATTGAAAATATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119295 ACGATGTTGGACATTGCATCAAATAGAATCAAAAAGATTGAAAATATCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCATCTAACAGAGCTGCAAGAGTTCTGG         ATGAACGACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119345 CCATCTAACAGAGCTGCAAGAGTTCTGGGTA...CAGATGAACGACAATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCCTTGAGAGCTGGAGCGACCTCGACGAGCTGAAGGGAGCCAGGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132165 TCCTTGAGAGCTGGAGCGACCTCGACGAGCTGAAGGGAGCCAGGAGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGACAGTGTACCTGGAGCGGAACCCCTTGCAGAAGGACCCCCAGTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132215 GAGACAGTGTACCTGGAGCGGAACCCCTTGCAGAAGGACCCCCAGTACCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCGGAAGGTCATGCTCGCCCTCCCCTCCGTGCGGCAGATCGATGCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132265 GCGGAAGGTCATGCTCGCCCTCCCCTCCGTGCGGCAGATCGATGCCACGT

   1150     .    :
   1070 TCGTCAGGTTC
        |||||||||||
 132315 TCGTCAGGTTC