seq1 = pF1KB9498.tfa, 1833 bp
seq2 = pF1KB9498/gi568815586f_52916470.tfa (gi568815586f:52916470_53140220), 223751 bp

>pF1KB9498 1833
>gi568815586f:52916470_53140220 (Chr12)

11-151  (100001-100141)   100% ->
152-360  (102329-102537)   100% ->
361-477  (103441-103557)   100% ->
478-532  (105337-105391)   100% ->
533-667  (106024-106158)   100% ->
668-805  (111313-111450)   100% ->
806-979  (111546-111719)   100% ->
980-1208  (117337-117565)   100% ->
1209-1306  (118143-118240)   100% ->
1307-1520  (120940-121153)   100% ->
1521-1576  (121887-121942)   100% ->
1577-1682  (122769-122874)   99% ->
1683-1755  (123161-123233)   100% ->
1756-1833  (123674-123751)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 CAGCAAAAAAGAAGAATAAGAAGGGGAAGACTATCTCCCTAACAGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CAGCAAAAAAGAAGAATAAGAAGGGGAAGACTATCTCCCTAACAGACTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 CTGGCTGAGGATGGGGGTACTGGTGGAGGAAGCACCTATGTTTCCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGCTGAGGATGGGGGTACTGGTGGAGGAAGCACCTATGTTTCCAAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 AGTCAGCTGGGCTGATGAAACGGATGACCTGGAAGGAGATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 AGTCAGCTGGGCTGATGAAACGGATGACCTGGAAGGAGATGGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    152 TTTCGACCACTTGGCACAGTAACGATGACGATGTGTATAGGGCGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102329 TTTCGACCACTTGGCACAGTAACGATGACGATGTGTATAGGGCGCCTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    202 ATTGACCGTTCCATCCTTCCCACTGCTCCACGGGCTGCTCGGGAACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102379 ATTGACCGTTCCATCCTTCCCACTGCTCCACGGGCTGCTCGGGAACCCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    252 TATCGACCGGAGCCGTCTTCCCAAATCGCCACCCTACACTGCTTTTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102429 TATCGACCGGAGCCGTCTTCCCAAATCGCCACCCTACACTGCTTTTCTAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    302 GAAACCTACCCTATGATGTTACAGAAGAGTCAATTAAGGAATTCTTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102479 GAAACCTACCCTATGATGTTACAGAAGAGTCAATTAAGGAATTCTTTCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    352 GGATTAAAT         ATCAGTGCAGTGCGTTTACCACGTGAACCCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102529 GGATTAAATGTA...CAGATCAGTGCAGTGCGTTTACCACGTGAACCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    393 CAATCCAGAGAGGTTGAAAGGTTTTGGTTATGCTGAATTTGAGGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103473 CAATCCAGAGAGGTTGAAAGGTTTTGGTTATGCTGAATTTGAGGACCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    443 ATTCCCTGCTCAGTGCCCTGAGTCTCAATGAAGAG         TCTCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103523 ATTCCCTGCTCAGTGCCCTGAGTCTCAATGAAGAGGTA...CAGTCTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    484 GGTAACAGGAGAATTCGAGTGGACGTTGCTGATCAAGCACAGGATAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105343 GGTAACAGGAGAATTCGAGTGGACGTTGCTGATCAAGCACAGGATAAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533         ACAGGGATGATCGTTCTTTTGGCCGTGATAGAAATCGGGATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105393 TA...TAGACAGGGATGATCGTTCTTTTGGCCGTGATAGAAATCGGGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575 CTGACAAAACAGATACAGACTGGAGGGCTCGTCCTGCTACAGACAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106066 CTGACAAAACAGATACAGACTGGAGGGCTCGTCCTGCTACAGACAGCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    625 GATGACTACCCACCTAGAAGAGGTGATGATAGCTTTGGAGACA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106116 GATGACTACCCACCTAGAAGAGGTGATGATAGCTTTGGAGACAGTA...T

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    668   AGTATCGAGATCGTTATGATTCAGACCGGTATCGGGATGGGTATCGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111311 AGAGTATCGAGATCGTTATGATTCAGACCGGTATCGGGATGGGTATCGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    716 ATGGGTATCGGGATGGCCCACGCCGGGATATGGATCGATATGGTGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111361 ATGGGTATCGGGATGGCCCACGCCGGGATATGGATCGATATGGTGGCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    766 GATCGCTATGATGACCGAGGCAGCAGAGACTATGATAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111411 GATCGCTATGATGACCGAGGCAGCAGAGACTATGATAGAGGTA...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    807 CTATGATTCCCGGATAGGCAGTGGCAGAAGAGCATTTGGCAGTGGGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111547 CTATGATTCCCGGATAGGCAGTGGCAGAAGAGCATTTGGCAGTGGGTATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    857 GCAGGGATGATGACTACAGAGGAGGCGGGGACCGCTATGAAGACCGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111597 GCAGGGATGATGACTACAGAGGAGGCGGGGACCGCTATGAAGACCGATAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    907 GACAGACGGGATGATCGGTCGTGGAGCTCCAGAGATGATTACTCTCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111647 GACAGACGGGATGATCGGTCGTGGAGCTCCAGAGATGATTACTCTCGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    957 TGATTATAGGCGTGATGATAGAG         GTCCCCCCCAAAGACCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111697 TGATTATAGGCGTGATGATAGAGGTA...TAGGTCCCCCCCAAAGACCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    998 AACTGAATCTAAAGCCTCGGAGTACTCCTAAGGAAGATGATTCCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117355 AACTGAATCTAAAGCCTCGGAGTACTCCTAAGGAAGATGATTCCTCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1048 AGTACCTCCCAGTCCACTCGAGCTGCTTCTATCTTTGGAGGGGCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117405 AGTACCTCCCAGTCCACTCGAGCTGCTTCTATCTTTGGAGGGGCAAAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1098 TGTTGACACAGCTGCTAGAGAAAGAGAAGTAGAAGAACGGCTACAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117455 TGTTGACACAGCTGCTAGAGAAAGAGAAGTAGAAGAACGGCTACAGAAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1148 AACAAGAGAAGTTGCAGCGTCAGCTGGATGAGCCAAAACTAGAACGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117505 AACAAGAGAAGTTGCAGCGTCAGCTGGATGAGCCAAAACTAGAACGACGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1198 CCTCGGGAGAG         ACACCCAAGCTGGCGAAGTGAAGAAACTCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117555 CCTCGGGAGAGGTG...CAGACACCCAAGCTGGCGAAGTGAAGAAACTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1239 GGAACGGGAACGGTCGAGGACAGGAAGTGAGTCATCACAAACTGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118173 GGAACGGGAACGGTCGAGGACAGGAAGTGAGTCATCACAAACTGGGACCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1289 CCACCACATCTAGCAGAA         ATGCACGAAGGAGAGAGAGTGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 118223 CCACCACATCTAGCAGAAGTA...CAGATGCACGAAGGAGAGAGAGTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1330 AAGTCTCTAGAAAATGAAACACTCAATAAGGAGGAAGATTGCCACTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120963 AAGTCTCTAGAAAATGAAACACTCAATAAGGAGGAAGATTGCCACTCTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1380 AACTTCTAAACCTCCCAAACCTGATCAGCCCCTAAAGGTAATGCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121013 AACTTCTAAACCTCCCAAACCTGATCAGCCCCTAAAGGTAATGCCAGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1430 CTCCACCAAAGGAGAATGCTTGGGTGAAGCGAAGTTCTAACCCTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121063 CTCCACCAAAGGAGAATGCTTGGGTGAAGCGAAGTTCTAACCCTCCTGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1480 CGATCTCAGAGCTCAGACACAGAGCAGCAGTCCCCTACAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 121113 CGATCTCAGAGCTCAGACACAGAGCAGCAGTCCCCTACAAGGTG...TAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1521 TGGTGGGGGAAAAGTAGCTCCAGCTCAACCATCTGAGGAAGGACCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121887 TGGTGGGGGAAAAGTAGCTCCAGCTCAACCATCTGAGGAAGGACCAGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1571 GGAAAG         ATGAAAATAAAGTAGATGGGATGAATGCCCCAAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121937 GGAAAGGTG...CAGATGAAAATAAAGTAGATGGGATGAATGCCCCAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1612 GGCCAAACTGGGAACTCTAGCCGTGGTCCAGGAGACGGAGGGAACAGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 122804 GGCCAAACTGGGAACTCTAGCCGTGGTCCAGGCGACGGAGGGAACAGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1662 CCACTGGAAGGAGTCAGATAG         GAAAGATGGCAAAAAGGATC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 122854 CCACTGGAAGGAGTCAGATAGGTA...CAGGAAAGATGGCAAAAAGGATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1703 AAGACTCCAGATCTGCACCTGAGCCAAAGAAACCTGAGGAAAATCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123181 AAGACTCCAGATCTGCACCTGAGCCAAAGAAACCTGAGGAAAATCCAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1753 TCC         AAGTTCAGTTCTGCAAGCAAGTATGCTGCTCTCTCTGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123231 TCCGTA...CAGAAGTTCAGTTCTGCAAGCAAGTATGCTGCTCTCTCTGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1794 TGATGGTGAAGATGAAAATGAGGGAGAAGATTATGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123712 TGATGGTGAAGATGAAAATGAGGGAGAAGATTATGCCGAA