seq1 = pF1KB9498.tfa, 1833 bp
seq2 = pF1KB9498/gi568815575r_111519680.tfa (gi568815575r:111519680_111721489), 201810 bp

>pF1KB9498 1833
>gi568815575r:111519680_111721489 (ChrX)

(complement)

1-1833  (100001-101810)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCTCAGCAAAAAAGAAGAATAAGAAGGGGAAGACTATCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCTCAGCAAAAAAGAAGAATAAGAAGGGGAAGACTATCTCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACAGACTTTCTGGCTGAGGATGGGGGTACTGGTGGAGGAAGCACCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACAGACTTTCTGGCTGAGGATGGGGGTACTGGTGGAGGAAGCACCTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTCCAAACCAGTCAGCTGGGCTGATGAAACGGATGACCTGGAAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||
 100101 TTTCCAAACCAGTCAGCTGGGCTGATGAAACG ATGACCTGGAAGGAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTTCGACCACTTGGCACAGTAACGATGACGATGTGTATAGGGCGCCTCC
        |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
 100150 GTTTCGACAACTTGGCACAGTAACAATGACGATGTGTATAGGGTGCCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATTGACCGTTCCATCCTTCCCACTGCTCCACGGGCTGCTCGGGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100200 AATTGACCGTTCCATCCTTCCCACTGCTCCACGGGCTGCTCGGGAACCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATATCGACCGGAGCCGTCTTCCCAAATCGCCACCCTACACTGCTTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100250 ATATCGACCGGAGCCGTCTTCCCAAATCGCCACCCTACACTGCTTTTCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAAACCTACCCTATGATGTTACAGAAGAGTCAATTAAGGAATTCTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 GGAAACCTACCCTATGATGTTACAGAAGAGTCAATTAAGGAATTCTTTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGATTAAATATCAGTGCAGTGCGTTTACCACGTGAACCCAGCAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100350 AGGATTAAATATCAGTGCAGTGCGTTTACCACGTGAACCCAGCAATCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAGGTTGAAAGGTTTTGGTTATGCTGAATTTGAGGACCTGGATTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 AGAGGTTGAAAGGTTTTGGTTATGCTGAATTTGAGGACCTGGATTCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCAGTGCCCTGAGTCTCAATGAAGAGTCTCTAGGTAACAGGAGAATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 CTCAGTGCCCTGAGTCTCAATGAAGAGTCTCTAGGTAACAGGAGAATTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGTGGACGTTGCTGATCAAGCACAGGATAAAGACAGGGATGATCGTTCTT
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 AGTGGATGTTGCTGATCAAGCACAGGATAAAGACAGGGATGATCGTTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGGCCGTGATAGAAATCGGGATTCTGACAAAACAGATACAGACTGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100550 TTGGCCGTGATAGAAATCGGGATTCTGACAAAACAGATACGGACTGGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTCGTCCTGCTACAGACAGCTTTGATGACTACCCACCTAGAAGAGGTGA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||--------||||||||||
 100600 GCTTGTCCTGCTACAGACAGCTTTGATGACTA        GAAGAGGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGATAGCTTTGGAGACAAGTATCGAGATCGTTATGATTCAGACCGGTATC
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||------
 100642 TGATAGCTTTGGAGACAAGTATCGGGATCGTTATGATTCAGACC      

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGATGGGTATCGGGATGGGTATCGGGATGGCCCACGCCGGGATATGGAT
        ------||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100686       GGTATCGGGATGGGTATCGGGATGGCCCACGCCGGGATATGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGATATGGTGGCCGGGATCGCTATGATGACCGAGGCAGCAGAGACTATGA
         |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100730 GGATATGGTGGCCGGGATCGCTATGATGACCAAGGCAGCAGAGACTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TAGAGGCTATGATTCCCGGATAGGCAGTGGCAGAAGAGCATTTGGCAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100780 TAGAGGCTATGATTCCCGGATAGGCAGTGGCAGAAGAGCATTTGGCAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGTATCGCAGGGATGATGACTACAGAGGAGGCGGGGACCGCTATGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100830 GGTATCGCAGGGATGATGACTACAGAGGAGGCGGGGACCGCTATGAAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGATATGACAGACGGGATGATCGGTCGTGGAGCTCCAGAGATGATTACTC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100880 TGATATGACAGACGGGATGATCGGTCGTGGAGCTCCAGAGATGATTACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TCGGGATGATTATAGGCGTGATGATAGAGGTCCCCCCCAAAGACCCAAAC
        |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100930 TCGGGATGATTATAGGTGTGATGATAGACGTCCCCCCCAAAGACCCAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGAATCTAAAGCCTCGGAGTACTCCTAAGGAAGATGATTCCTCTGCTAGT
        |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
 100980 TGAATCTAAAGCCTTGGAGTACTCTTAAGCAAGATGATTCCTCTGCTAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACCTCCCAGTCCACTCGAGCTGCTTCTATCTTTGGAGGGGCAAAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101030 ACCTCCCAGTCCACTCGAGCTGCTTCTATCTTTGGAGGGGCAAAGCCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TGACACAGCTGCTAGAGAAAGAGAAGTAGAAGAACGGCTACAGAAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101080 TGACACAGCTGCTAGAGAAAGAGAAGTAGAAGAACGGCTACAGAAGGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AAGAGAAGTTGCAGCGTCAGCTG GATGAGCCAAAACTAGAACGACGGCC
        |||||||||||||||||||||||-|-||||||||||||||||||||||||
 101130 AAGAGAAGTTGCAGCGTCAGCTGAG TGAGCCAAAACTAGAACGACGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1200 TCGGGAGAGACACCCAAGCTGGCGAAGTGAAGAAACTCAGGAACGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101179 TCGGGAGAGACACCCAAGCTGGCGAAGTGAAGAAACTCAGGAACGGGAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1250 GGTCGAGGACAGGAAGTGAGTCATCACAAACTGGGACCTCCACCACATCT
        |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
 101229 GGTCAAGGACAGGAAGTGAGTCATCGCAGACTGGGACCTCCACCACATCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1300 AGCAGAAATGCACGAAGGAGAGAGAGTGAGAAGTCTCTAGAAAATGAAAC
         |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 101279 GGCAGAAATGCACGAAGGAGAGAGAGTAAGAAGTCTCTAGAAAATGAAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1350 ACTCAATAAGGAGGAAGATTGCCACTCTCCAACTTCTAAACCTCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101329 ACTCAATAAGGAGGAAGATTGCCACTCTCCAACTTCTAAACCTCCCAAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1400 CTGATCAGCCCCTAAAGGTAATGCCAGCCCCTCCACCAAAGGAGAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101379 CTGATCAGCCCCTAAAGGTAATGCCAGCCCCTCCACCAAAGGAGAATGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450 TGGGTGAAGCGAAGTTCTAACCCTCCTGCTCGATCTCAGAGCTCAGACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 101429 TGGGTGAAGCGAAGTTCTAACCCTCCTGCTCGATCTCAGAGCTCAGACGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1500 AGAGCAGCAGTCCCCTACAAGTGGTGGGGGAAAAGTAGCTCCAGCTCAAC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101479 AGAGCAGCAATCCCCTACAAGTGGTGGGGGAAAAGTAGCTCCAGCTCAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1550 CATCTGAGGAAGGACCAGGAAGGAAAGATGAAAATAAAGTAGATGGGATG
        |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
 101529 CATCTGAGGAAGGACCAGCAAGGCAAGATGAAAATAAAGTAGATGGGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600 AATGCCCCAAAAGGCCAAACTGGGAACTCTAGCCGTGGTCCAGGAGACGG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101579 AATGTCCCAAAAGGCCAAACTGGGAACTCTAGCCGTGGTCCAGGAGACGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1650 AGGGAACAGAGACCACTGGAAGGAGTCAGATAGGAAAGATGGCAAAAAGG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101629 AGGGAACAAAGACCACTGGAAGGAGTCAGATAGGAAAGATGGCAAAAAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1700 ATCAAGACTCCAGATCTGCACCTGAGCCAAAGAAACCTGAGGAAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101679 ATCAAGACTCCAGATCTGCACCTGAGCCAAAGAAACCTGAGGAAAATCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1750 GCTTCCAAGTTCAGTTCTGCAAGCAAGTATGCTGCTCTCTCTGTTGATGG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||-|-|||||
 101729 GCTTCCAAGTTCAGTTCTGCAAGCAACTATGCTGCTCTCTCT T GATGG

   1800     .    :    .    :    .    :
   1800 TGAAGATGAAAATGAGGGAGAAGATTATGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101777 TGAAGATGAAAATGAGGGAGAAGATTATGCCGAA