seq1 = pF1KB9483.tfa, 2571 bp
seq2 = pF1KB9483/gi568815596r_196664566.tfa (gi568815596r:196664566_196899611), 235046 bp

>pF1KB9483 2571
>gi568815596r:196664566_196899611 (Chr2)

(complement)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-214  (101704-101815)   100% ->
215-411  (106460-106656)   100% ->
412-535  (108152-108275)   100% ->
536-727  (109542-109733)   100% ->
728-893  (110243-110408)   100% ->
894-1041  (114024-114171)   100% ->
1042-1114  (114683-114755)   100% ->
1115-1218  (118950-119053)   100% ->
1219-1303  (120545-120629)   100% ->
1304-1506  (122983-123185)   100% ->
1507-1608  (123501-123602)   100% ->
1609-1744  (124361-124496)   100% ->
1745-1982  (126459-126696)   100% ->
1983-2173  (127674-127864)   100% ->
2174-2298  (129573-129697)   100% ->
2299-2451  (132895-133047)   100% ->
2452-2571  (134927-135046)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGGGTTCAGTCCGGAACTCATCGACTACTTGGAAGGGAAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGGGTTCAGTCCGGAACTCATCGACTACTTGGAAGGGAAAATCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTGAGGAGTTCGAACGGCGGAGAGAAGAGAGAAAAACCCGCGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTGAGGAGTTCGAACGGCGGAGAGAAGAGAGAAAAACCCGCGAGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AA         AGTCTTCAGGAAAAAGGCAAGTTATCAGCTGAAGAAAAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGTG...CAGAGTCTTCAGGAAAAAGGCAAGTTATCAGCTGAAGAAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCGATGACTCTGAAGTTCCATCATCATCAGGAATTAACTCTACCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101743 CCCGATGACTCTGAAGTTCCATCATCATCAGGAATTAACTCTACCAAATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAAGACAAAGATGTCAATGAAG         GAGAAACATCAGATGGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101793 CCAAGACAAAGATGTCAATGAAGGTA...CAGGAGAAACATCAGATGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAGGAAGTCAGTTCACAAGGTCTTTGCTTCCATGCTTGGAGAGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106478 TGAGGAAGTCAGTTCACAAGGTCTTTGCTTCCATGCTTGGAGAGAATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGATGAGGAGGAAGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106528 GATGATGAGGAGGAAGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACACCTGAGCAACCCACTGCGGGCGATGTATTTGTATTGGAGATGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106578 AACACCTGAGCAACCCACTGCGGGCGATGTATTTGTATTGGAGATGGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAATCGTGAAACCAAGAAAATGATGAAA         GAGAAAAGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106628 TCAATCGTGAAACCAAGAAAATGATGAAAGTA...CAGGAGAAAAGGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGGAGTAAACTTCCCAGAGCTCTGAGAGGTCTCATGGGTGAAGCCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108164 CGGAGTAAACTTCCCAGAGCTCTGAGAGGTCTCATGGGTGAAGCCAACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCGTTTTGCTCGAGGAGAACGTGAAGAGGCGATATTGATGTGCATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108214 TCGTTTTGCTCGAGGAGAACGTGAAGAGGCGATATTGATGTGCATGGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCATAAGACAAG         CTCCTCTGGCTTATGAGCCATTCTCTACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108264 TCATAAGACAAGGTG...TAGCTCCTCTGGCTTATGAGCCATTCTCTACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTAGCCATGATATATGAGGACCAAGGTGACATGGAAAAATCATTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109571 CTAGCCATGATATATGAGGACCAAGGTGACATGGAAAAATCATTGCAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAGTTGATTGCTGCGCATTTAAATCCCAGTGACACAGAAGAATGGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109621 TGAGTTGATTGCTGCGCATTTAAATCCCAGTGACACAGAAGAATGGGTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GACTGGCAGAAATGTCTCTGGAACAAGACAATATTAAGCAGGCTATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109671 GACTGGCAGAAATGTCTCTGGAACAAGACAATATTAAGCAGGCTATTTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCTATACAAAAG         CTCTTAAATATGAACCTACTAATGTCCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109721 TGCTATACAAAAGGTA...TAGCTCTTAAATATGAACCTACTAATGTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTATCTGTGGGAGCGATCAAGCCTTTATGAACAGATGGGTGATCATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110271 TTATCTGTGGGAGCGATCAAGCCTTTATGAACAGATGGGTGATCATAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGCCATGGATGGTTATAGGCGTATTTTAAACCTTTTGTCTCCATCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110321 TGGCCATGGATGGTTATAGGCGTATTTTAAACCTTTTGTCTCCATCTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCGAACGTTTTATGCAGCTGGCTAGAGATATGGCAAA         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110371 GGCGAACGTTTTATGCAGCTGGCTAGAGATATGGCAAAGTA...TAGGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTACTATGAAGCCAATGATGTTACTTCTGCTATTAACATAATTGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114027 TTACTATGAAGCCAATGATGTTACTTCTGCTATTAACATAATTGATGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTTTCTCAAAACACCAGGGCCTAGTCTCCATGGAAGATGTTAACATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114077 CTTTCTCAAAACACCAGGGCCTAGTCTCCATGGAAGATGTTAACATAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCTGAACTATATATTTCTAACAAACAGTATGACAAAGCTTTGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114127 GCTGAACTATATATTTCTAACAAACAGTATGACAAAGCTTTGGAGGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042     ATAATTACAGATTTTTCTGGAATTGTGCTGGAAAAAAAAACTTCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114177 .TAGATAATTACAGATTTTTCTGGAATTGTGCTGGAAAAAAAAACTTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAGAAGGCACCTCAGAAGAGAATAAAG         CTCCTGAGAATGTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114729 AAGAAGGCACCTCAGAAGAGAATAAAGGTT...CAGCTCCTGAGAATGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACCTGCACTATACCTGATGGCGTGCCAATAGATATCACAGTGAAGTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118964 ACCTGCACTATACCTGATGGCGTGCCAATAGATATCACAGTGAAGTTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGTCTGCCTTGTACATCTCAACATTCTTGAACCACTTAAT         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 119014 GGTCTGCCTTGTACATCTCAACATTCTTGAACCACTTAATGTA...TAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTCTCTTGACAACACTAGTAGAACAGAATCCTGAAGATATGGGAGACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120546 CTCTCTTGACAACACTAGTAGAACAGAATCCTGAAGATATGGGAGACCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TACCTAGATGTTGCTGAAGCTTTTCTGGATGTTG         AATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 120596 TACCTAGATGTTGCTGAAGCTTTTCTGGATGTTGGTG...TAGAATGTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AAAGGCCTTAGGCTATATGGAGCGAGCTGCTGAAAGCTATGGCAAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122990 AAAGGCCTTAGGCTATATGGAGCGAGCTGCTGAAAGCTATGGCAAGGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTGATCTGGCCCCACTCCATTTGGATGCAAGGATTTCACTTTCTACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123040 TTGATCTGGCCCCACTCCATTTGGATGCAAGGATTTCACTTTCTACCCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGCAGCAGCTGGGCCAGCCTGAGAAAGCTCTGGAAGCTCTGGAACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123090 CAGCAGCAGCTGGGCCAGCCTGAGAAAGCTCTGGAAGCTCTGGAACCAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GTATGATCCAGATACTTTAGCACAGGATGCAAATGCTGCACAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 123140 GTATGATCCAGATACTTTAGCACAGGATGCAAATGCTGCACAGCAGGTG.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507      GAACTGAAGTTATTGCTTCATCGTTCTACTCTGTTGTTTTCACAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123190 ..TAGGAACTGAAGTTATTGCTTCATCGTTCTACTCTGTTGTTTTCACAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGCAAAATGTATGGTTATGTGGATACCTTACTTACTATGTTAGCCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123546 GGCAAAATGTATGGTTATGTGGATACCTTACTTACTATGTTAGCCATGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TTTAAAG         GTAGCAATGAATCGAGCCCAAGTTTGTTTGATAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123596 TTTAAAGGTG...CAGGTAGCAATGAATCGAGCCCAAGTTTGTTTGATAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCAGTTCCAAGTCTGGAGAGAGGCATCTTTATCTTATTAAAGTATCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124395 CCAGTTCCAAGTCTGGAGAGAGGCATCTTTATCTTATTAAAGTATCGAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GACAAAATATCAGACAGCAATGACCAAGAGTCAGCAAATTGTGATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124445 GACAAAATATCAGACAGCAATGACCAAGAGTCAGCAAATTGTGATGCAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AG         CAATATTTGCTGTGCTCACAAGCGTCTTGACAAAGGATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124495 AGGTA...TAGCAATATTTGCTGTGCTCACAAGCGTCTTGACAAAGGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ACTGGTGGAATCTTCTGTTGAAGGCCATATACTCCTTATGTGACCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126498 ACTGGTGGAATCTTCTGTTGAAGGCCATATACTCCTTATGTGACCTATCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CGATTTCAAGAGGCTGAGTTGCTTGTAGATTCCTCATTGGAATATTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126548 CGATTTCAAGAGGCTGAGTTGCTTGTAGATTCCTCATTGGAATATTACTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 ATTTTATGATGACAGGCAAAAACGCAAAGAACTAGAATACTTTGGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126598 ATTTTATGATGACAGGCAAAAACGCAAAGAACTAGAATACTTTGGTCTGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CTGCTGCAATTCTGGACAAAAATTTCAGAAAGGCATACAACTATATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 126648 CTGCTGCAATTCTGGACAAAAATTTCAGAAAGGCATACAACTATATCAGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983         GATAATGGTAATGGAAAATGTCAATAAACCCCAGCTCTGGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126698 TG...TAGGATAATGGTAATGGAAAATGTCAATAAACCCCAGCTCTGGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CATTTTCAATCAAGTTACCATGCACTCCCAAGATGTACGACATCATCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127716 CATTTTCAATCAAGTTACCATGCACTCCCAAGATGTACGACATCATCGCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TCTGTCTCCGTTTGATGCTGAAAAACCCAGAAAATCATGCCCTATGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127766 TCTGTCTCCGTTTGATGCTGAAAAACCCAGAAAATCATGCCCTATGTGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 TTAAATGGACACAATGCATTTGTATCTGGTAGTTTTAAGCATGCGCTTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 127816 TTAAATGGACACAATGCATTTGTATCTGGTAGTTTTAAGCATGCGCTTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174         GACAGTATGTGCAAGCCTTTCGCACTCACCCTGACGAACCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127866 TA...CAGGACAGTATGTGCAAGCCTTTCGCACTCACCCTGACGAACCTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 TCTATAGCTTCTGTATAGGCCTAACCTTTATTCATATGGCATCTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129615 TCTATAGCTTCTGTATAGGCCTAACCTTTATTCATATGGCATCTCAGAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 TATGTGTTACGGAGACATGCTCTTATTGTACAG         GGCTTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 129665 TATGTGTTACGGAGACATGCTCTTATTGTACAGGTA...TAGGGCTTTTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 CTTTCTTAATCGATACCTCAGTTTACGTGGGCCCTGCCAGGAATCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132903 CTTTCTTAATCGATACCTCAGTTTACGTGGGCCCTGCCAGGAATCATTCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 ACAATTTGGGCCGTGGCCTTCATCAGTTGGGGCTGATTCATCTTGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132953 ACAATTTGGGCCGTGGCCTTCATCAGTTGGGGCTGATTCATCTTGCAATC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 CACTATTATCAGAAGGCCCTGGAGCTCCCTCCACTTGTGGTAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 133003 CACTATTATCAGAAGGCCCTGGAGCTCCCTCCACTTGTGGTAGAGGTA..

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2452     GGTATAGAACTTGACCAGTTAGACTTACGAAGAGATATTGCCTACA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133053 .TAGGGTATAGAACTTGACCAGTTAGACTTACGAAGAGATATTGCCTACA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 ACTTGTCTCTCATCTATCAGAGCAGTGGGAATACCGGAATGGCTCAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134973 ACTTGTCTCTCATCTATCAGAGCAGTGGGAATACCGGAATGGCTCAAACG

   2700     .    :    .    :
   2548 CTTTTGTATACCTATTGTTCTATA
        ||||||||||||||||||||||||
 135023 CTTTTGTATACCTATTGTTCTATA