seq1 = pF1KB9480.tfa, 2496 bp
seq2 = pF1KB9480/gi568815592f_44034585.tfa (gi568815592f:44034585_44254880), 220296 bp

>pF1KB9480 2496
>gi568815592f:44034585_44254880 (Chr6)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-239  (100433-100512)   100% ->
240-278  (100744-100782)   100% ->
279-369  (101765-101855)   100% ->
370-407  (103896-103933)   100% ->
408-550  (104883-105025)   100% ->
551-602  (105124-105175)   100% ->
603-711  (105668-105776)   100% ->
712-782  (106444-106514)   100% ->
783-863  (112263-112343)   100% ->
864-987  (112793-112916)   100% ->
988-1121  (113668-113801)   100% ->
1122-1259  (113929-114066)   100% ->
1260-1413  (114208-114361)   100% ->
1414-1520  (115275-115381)   100% ->
1521-1607  (115640-115726)   100% ->
1608-1673  (115980-116045)   100% ->
1674-1836  (117262-117424)   100% ->
1837-1942  (118009-118114)   100% ->
1943-2110  (119092-119259)   100% ->
2111-2226  (119489-119604)   100% ->
2227-2307  (119781-119861)   100% ->
2308-2496  (120108-120296)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCCCTTTCTGCTGGCCACACTGGGCACCACAGCCCTCAACAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCCCTTTCTGCTGGCCACACTGGGCACCACAGCCCTCAACAACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACCCCAAGGACTACTGCTACAGCGCCCGCATCCGCAGCACTGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACCCCAAGGACTACTGCTACAGCGCCCGCATCCGCAGCACTGTCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGCCTGCCCTTTGGGGGCGTCCCCACCGTGCTGGCTCTCGACTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGCCTGCCCTTTGGGGGCGTCCCCACCGTGCTGGCTCTCGACTTCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCTTCCTT         GCACTGCTGTTCTTATTCTCTATCCTCCGGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCTTCCTTGTA...CAGGCACTGCTGTTCTTATTCTCTATCCTCCGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGGCCTGGGACTATGGGCGGCTGGCCTTGGTGACAGATGCAGACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100465 GGTGGCCTGGGACTATGGGCGGCTGGCCTTGGTGACAGATGCAGACAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240        GCTTCGGCGGCAGGAGAGGGACCGAGTGGAACAGGAATA    
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100515 A...CAGGCTTCGGCGGCAGGAGAGGGACCGAGTGGAACAGGAATAGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279      TGTGGCTTCAGCTATGCACGGGGACAGCCATGACCGGTATGAGCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100787 ..CAGTGTGGCTTCAGCTATGCACGGGGACAGCCATGACCGGTATGAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTCACCTCTGTCTCCAGCTCCGTTGACTTTGACCAAAGGGACAAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101810 TCTCACCTCTGTCTCCAGCTCCGTTGACTTTGACCAAAGGGACAATGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370      GGTTTCTGTTCCTGGCTGACAGCCATCTTCAGGATAAA       
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101860 ..CAGGGTTTCTGTTCCTGGCTGACAGCCATCTTCAGGATAAAGTA...C

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    408   GGATGATGAGATCCGGGACAAATGTGGGGGCGATGCCGTGCACTACCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104881 AGGGATGATGAGATCCGGGACAAATGTGGGGGCGATGCCGTGCACTACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTCCTTTCAGCGGCACATCATCGGGCTGCTGGTGGTTGTGGGCGTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104931 GTCCTTTCAGCGGCACATCATCGGGCTGCTGGTGGTTGTGGGCGTCCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCGTAGGCATCGTGCTGCCTGTCAACTTCTCAGGGGACCTGCTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104981 CCGTAGGCATCGTGCTGCCTGTCAACTTCTCAGGGGACCTGCTGGGTC..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551     AGAACAATGCCTACAGCTTTGGGAGAACCACCATTGCCAACTTGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105031 .CAGAGAACAATGCCTACAGCTTTGGGAGAACCACCATTGCCAACTTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATCAGG         GAACAACCTGCTATGGCTGCACACCTCCTTCGCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105170 ATCAGGGTA...CAGGAACAACCTGCTATGGCTGCACACCTCCTTCGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TCCTGTATCTGCTGCTCACCGTCTACAGCATGCGTAGACACACCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105703 TCCTGTATCTGCTGCTCACCGTCTACAGCATGCGTAGACACACCTCCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATGCGCTACAAGGAGGATGATCTG         GTGAAGCGGACCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105753 ATGCGCTACAAGGAGGATGATCTGGTG...CAGGTGAAGCGGACCCTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CATCAATGGAATCTCCAAATATGCAGAGTCAGAAAAGATCAAGAAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106461 CATCAATGGAATCTCCAAATATGCAGAGTCAGAAAAGATCAAGAAGCATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTGA         GGAAGCCTACCCCAACTGCACAGTTCTCGAAGCCCGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106511 TTGAGTG...CAGGGAAGCCTACCCCAACTGCACAGTTCTCGAAGCCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CCGTGTTACAACGTGGCTCGCCTAATGTTCCTCGATGCAGAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112300 CCGTGTTACAACGTGGCTCGCCTAATGTTCCTCGATGCAGAGAGGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    864    GAAGAAGGCCGAGCGGGGAAAGCTGTACTTCACAAACCTCCAGAGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112790 CAGGAAGAAGGCCGAGCGGGGAAAGCTGTACTTCACAAACCTCCAGAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AGGAGAACGTGCCTACCATGATCAACCCCAAGCCCTGTGGCCACCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112840 AGGAGAACGTGCCTACCATGATCAACCCCAAGCCCTGTGGCCACCTCTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TGCTGTGTGGTGCGAGGCTGTGAGCAG         GTGGAGGCCATTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112890 TGCTGTGTGGTGCGAGGCTGTGAGCAGGTA...AAGGTGGAGGCCATTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GTACTACACAAAGCTGGAGCAGAAGCTGAAGGAAGACTACAAGCGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113682 GTACTACACAAAGCTGGAGCAGAAGCTGAAGGAAGACTACAAGCGGGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AGGAGAAGGTGAATGAGAAGCCTCTTGGCATGGCCTTTGTCACCTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113732 AGGAGAAGGTGAATGAGAAGCCTCTTGGCATGGCCTTTGTCACCTTCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AATGAGACTATCACCGCCAT         CATCCTGAAGGACTTCAACGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113782 AATGAGACTATCACCGCCATGTG...TAGCATCCTGAAGGACTTCAACGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GTGTAAATGCCAGGGCTGCACCTGCCGTGGGGAGCCACGCCCCTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113950 GTGTAAATGCCAGGGCTGCACCTGCCGTGGGGAGCCACGCCCCTCATCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GCAGCGAGTCCCTGCACATCTCCAACTGGACCGTGTCCTATGCCCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114000 GCAGCGAGTCCCTGCACATCTCCAACTGGACCGTGTCCTATGCCCCTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CCTCAGAACATCTACTG         GGAGCACCTCTCCATCCGAGGCTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 114050 CCTCAGAACATCTACTGGTG...CAGGGAGCACCTCTCCATCCGAGGCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CATCTGGTGGCTGCGCTGCCTGGTCATCAATGTCGTCCTCTTCATCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114232 CATCTGGTGGCTGCGCTGCCTGGTCATCAATGTCGTCCTCTTCATCCTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TCTTCTTCCTCACCACTCCAGCCATCATCATCACCACCATGGACAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114282 TCTTCTTCCTCACCACTCCAGCCATCATCATCACCACCATGGACAAGTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AACGTCACCAAGCCTGTGGAGTACCTCAAC         AACCCCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114332 AACGTCACCAAGCCTGTGGAGTACCTCAACGTG...CAGAACCCCATCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CACCCAGTTCTTCCCCACCCTGCTGCTGTGGTGCTTCTCGGCCCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115286 CACCCAGTTCTTCCCCACCCTGCTGCTGTGGTGCTTCTCGGCCCTCCTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CCACCATCGTCTACTACTCAGCCTTCTTTGAAGCCCACTGGACACG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115336 CCACCATCGTCTACTACTCAGCCTTCTTTGAAGCCCACTGGACACGGTA.

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1521      CTCTGGGGAGAACAGGACAACCATGCACAAGTGCTACACTTTCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115386 ..CAGCTCTGGGGAGAACAGGACAACCATGCACAAGTGCTACACTTTCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CATCTTCATGGTGCTGCTCCTACCCTCGCTGGGACTGAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 115685 CATCTTCATGGTGCTGCTCCTACCCTCGCTGGGACTGAGCAGGTG...CA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1608  CCTGGACCTCTTCTTCCGCTGGCTCTTTGATAAGAAATTCTTGGCTGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115979 GCCTGGACCTCTTCTTCCGCTGGCTCTTTGATAAGAAATTCTTGGCTGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 GCAGCTATTCGGTTTGA         GTGTGTGTTCCTGCCCGACAACGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116029 GCAGCTATTCGGTTTGAGTG...CAGGTGTGTGTTCCTGCCCGACAACGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 CGCCTTCTTCGTGAACTACGTCATTGCCTCAGCCTTTATCGGCAACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117286 CGCCTTCTTCGTGAACTACGTCATTGCCTCAGCCTTTATCGGCAACGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 TGGACCTGCTGCGCATCCCAGGCCTGCTCATGTACATGATCCGGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117336 TGGACCTGCTGCGCATCCCAGGCCTGCTCATGTACATGATCCGGCTCTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 CTGGCGCGCTCGGCCGCCGAGAGGCGCAACGTGAAGCGG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 117386 CTGGCGCGCTCGGCCGCCGAGAGGCGCAACGTGAAGCGGGTA...CAGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 TCAGGCCTACGAGTTCCAGTTTGGCGCAGCCTACGCCTGGATGATGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118011 TCAGGCCTACGAGTTCCAGTTTGGCGCAGCCTACGCCTGGATGATGTGCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 TCTTCACGGTGGTCATGACCTACAGTATCACCTGCCCCATCATCGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118061 TCTTCACGGTGGTCATGACCTACAGTATCACCTGCCCCATCATCGTGCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 TTCG         GGCTCATGTACATGCTGCTGAAGCACCTGGTAGACAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118111 TTCGGTA...TAGGGCTCATGTACATGCTGCTGAAGCACCTGGTAGACAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 GTACAATCTCTACTACGCCTACCTGCCGGCCAAGCTGGACAAGAAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119129 GTACAATCTCTACTACGCCTACCTGCCGGCCAAGCTGGACAAGAAGATCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 ACTCGGGGGCTGTGAACCAGGTGGTGGCCGCGCCCATCCTCTGCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119179 ACTCGGGGGCTGTGAACCAGGTGGTGGCCGCGCCCATCCTCTGCCTCTTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 TGGCTGCTCTTCTTTTCCACCATGCGCACGG         GGTTCCTAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 119229 TGGCTGCTCTTCTTTTCCACCATGCGCACGGGTG...CAGGGTTCCTAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 TCCCACGTCTATGTTCACATTTGTGGTCCTGGTCATCACCATCGTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119499 TCCCACGTCTATGTTCACATTTGTGGTCCTGGTCATCACCATCGTCATCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 GTCTCTGCCACGTCTGCTTTGGACACTTCAAATACCTCAGTGCCCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119549 GTCTCTGCCACGTCTGCTTTGGACACTTCAAATACCTCAGTGCCCACAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 TACAAG         ATTGAGCACACGGAGACAGATACTGTGGACCCCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119599 TACAAGGTG...AAGATTGAGCACACGGAGACAGATACTGTGGACCCCAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 AAGCAATGGACGGCCCCCCACTGCTGCTGCTGTCCCCAAATCTGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 119816 AAGCAATGGACGGCCCCCCACTGCTGCTGCTGTCCCCAAATCTGCGGTG.

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2308      AAATACATCGCTCAGGTGCTGCAGGACTCAGAGGTGGACGGGGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119866 ..CAGAAATACATCGCTCAGGTGCTGCAGGACTCAGAGGTGGACGGGGAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2353 GGGGATGGGGCTCCTGGGAGCTCAGGGGATGAGCCCCCATCATCCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120153 GGGGATGGGGCTCCTGGGAGCTCAGGGGATGAGCCCCCATCATCCTCATC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 CCAAGATGAGGAGTTGCTGATGCCACCCGACGCCCTCACGGACACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120203 CCAAGATGAGGAGTTGCTGATGCCACCCGACGCCCTCACGGACACAGACT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 TCCAGTCTTGCGAGGACAGCCTCATAGAGAATGAGATTCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120253 TCCAGTCTTGCGAGGACAGCCTCATAGAGAATGAGATTCACCAG