seq1 = pF1KB9479.tfa, 2193 bp
seq2 = pF1KB9479/gi568815597r_154845049.tfa (gi568815597r:154845049_155053721), 208673 bp

>pF1KB9479 2193
>gi568815597r:154845049_155053721 (Chr1)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-178  (101801-101927)   100% ->
179-243  (102187-102251)   100% ->
244-409  (102325-102490)   100% ->
410-643  (105356-105589)   100% ->
644-667  (105717-105740)   100% ->
668-738  (106010-106080)   100% ->
739-870  (106174-106305)   100% ->
871-2102  (106919-108150)   100% ->
2103-2193  (108605-108695)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCTGCCCAGACTCTGATAATAGCTGGGTGCTTGCTGGCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCCTGCCCAGACTCTGATAATAGCTGGGTGCTTGCTGGCTCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         AGCCTGCCAGTGGAGACACTGGGCCCGGCATCCAGGATGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGAGCCTGCCAGTGGAGACACTGGGCCCGGCATCCAGGATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCCAGAATCTGAGAGAGCCCTGCAGGCCCCTCACAGCCCCTCCAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101841 ACCCAGAATCTGAGAGAGCCCTGCAGGCCCCTCACAGCCCCTCCAAGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGGGAAAGAATTAGCTGGGACCATGGATGGAGAAG         GGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101891 GATGGGAAAGAATTAGCTGGGACCATGGATGGAGAAGGTA...CAGGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTCTTCCAGACTGAAAGCCCTCAGTCTGGCAGCATTCTAACAGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102191 GCTCTTCCAGACTGAAAGCCCTCAGTCTGGCAGCATTCTAACAGAGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAGGTCAAG         GGCACCCTGGAAGGTGATGTTTGTGGTGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102241 CTGAGGTCAAGGTG...TAGGGCACCCTGGAAGGTGATGTTTGTGGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGCCTCCTGGCCCAGGAGACACAGTAGTCCAGGGAGACCTGCAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102355 GAGCCTCCTGGCCCAGGAGACACAGTAGTCCAGGGAGACCTGCAGGAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACCGTGGTGACAGGCCTGGGACCAGACACACAGGACCTGGAAGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102405 CACCGTGGTGACAGGCCTGGGACCAGACACACAGGACCTGGAAGGCCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCCTCCACAGAGCCTGCCTTCAACCCCCAAAGCAG         CTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102455 GCCCTCCACAGAGCCTGCCTTCAACCCCCAAAGCAGGTG...TAGCTTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCAGGGAGGAGGGCCGCTGCTCCAGCAGTGACGATGACACCGACGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105361 ATCAGGGAGGAGGGCCGCTGCTCCAGCAGTGACGATGACACCGACGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATGGAGGGTCTGCGGAGACGGCGGGGCCGGGAGGCCGGCCCACCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105411 CATGGAGGGTCTGCGGAGACGGCGGGGCCGGGAGGCCGGCCCACCTCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCATGGTGCCCCTGGCTGTGGAGAACCAGGCTGGGGGTGAGGGTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105461 CCATGGTGCCCCTGGCTGTGGAGAACCAGGCTGGGGGTGAGGGTGCAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGGAGCTGGGCATCTCCCTCAACATGTGCCTCCTTGGGGCCCTGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105511 GGGGAGCTGGGCATCTCCCTCAACATGTGCCTCCTTGGGGCCCTGGTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTTGGCCTGGGGGTCCTCCTCTTCTCAG         GTGGCCTCTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105561 GCTTGGCCTGGGGGTCCTCCTCTTCTCAGGTG...TAGGTGGCCTCTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTCTGAGACTG         GGCCCATGGAGGAAGTGGAGCGGCAGGTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105729 AGTCTGAGACTGGTG...CAGGGCCCATGGAGGAAGTGGAGCGGCAGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTCCCAGACCCCGAGGTGCTGGAAGCTGTGGGGGACAGGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106039 CTCCCAGACCCCGAGGTGCTGGAAGCTGTGGGGGACAGGCAGGTA...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739  GATGGGCTAAGGGAACAGCTGCAGGCCCCAGTGCCTCCTGACAGTGTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106173 GGATGGGCTAAGGGAACAGCTGCAGGCCCCAGTGCCTCCTGACAGTGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCAGCCTGCAAAACATGGGTCTTCTGCTGGACAAGCTGGCCAAGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106223 CCAGCCTGCAAAACATGGGTCTTCTGCTGGACAAGCTGGCCAAGGAGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGGACATCCGGCTGCTGCAGGCCCAGCTGCAG         GCCCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106273 CAGGACATCCGGCTGCTGCAGGCCCAGCTGCAGGTG...TAGGCCCAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGAAGAGCTTCAGAGCCTGATGCACCAGCCCAAAGGGCTAGAGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106927 GGAAGAGCTTCAGAGCCTGATGCACCAGCCCAAAGGGCTAGAGGAGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATGCCCAGCTCCGGGGGGCTCTGCAGCAGGGCGAAGCCTTCCAGCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106977 ATGCCCAGCTCCGGGGGGCTCTGCAGCAGGGCGAAGCCTTCCAGCGGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGGAGTCAGAGCTGCAGCAGCTGCGGGCCCGGCTCCAGGGGCTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107027 CTGGAGTCAGAGCTGCAGCAGCTGCGGGCCCGGCTCCAGGGGCTGGAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGACTGTGTCCGGGGCCCAGATGGGGTGTGCCTCAGTGGGGGTAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107077 CGACTGTGTCCGGGGCCCAGATGGGGTGTGCCTCAGTGGGGGTAGAGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CACAGGGTGACAAGGCCATCAGGGAGCAAGGCCCCAGGGAGCAGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107127 CACAGGGTGACAAGGCCATCAGGGAGCAAGGCCCCAGGGAGCAGGAGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAACTCAGCTTCCTGAAGCAGAAGGAACAGCTGGAGGCTGAGGCACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107177 GAACTCAGCTTCCTGAAGCAGAAGGAACAGCTGGAGGCTGAGGCACAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ATTAAGGCAAGAGTTAGAGAGGCAGCGACGGCTGCTGGGGTCTGTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107227 ATTAAGGCAAGAGTTAGAGAGGCAGCGACGGCTGCTGGGGTCTGTACAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGATCTGGAGAGGAGCTTGCAGGATGCCAGCCGCGGGGACCCAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107277 AGGATCTGGAGAGGAGCTTGCAGGATGCCAGCCGCGGGGACCCAGCTCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCTGGCTTGGCTGAGCTGGGCCACAGATTGGCCCAGAAACTGCAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107327 GCTGGCTTGGCTGAGCTGGGCCACAGATTGGCCCAGAAACTGCAGGGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGAGAACTGGGGCCAGGACCCTGGGGTCTCTGCCAATGCCTCAAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107377 GGAGAACTGGGGCCAGGACCCTGGGGTCTCTGCCAATGCCTCAAAGGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGCACCAGAAGTCCCACTTCCAGAATTCTAGGGAGTGGAGTGGAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107427 GGCACCAGAAGTCCCACTTCCAGAATTCTAGGGAGTGGAGTGGAAAGGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAGTGGTGGGATGGGCAGAGAGACCGGAAGGCTGAGCACTGGAAACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107477 AAGTGGTGGGATGGGCAGAGAGACCGGAAGGCTGAGCACTGGAAACATAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GAAGGAAGAATCTGGCCGGGAAAGGAAGAAGAACTGGGGAGGTCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107527 GAAGGAAGAATCTGGCCGGGAAAGGAAGAAGAACTGGGGAGGTCAGGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ACAGGGAGCCAGCAGGAAGGTGGAAGGAGGGCAGGCCAAGGGTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107577 ACAGGGAGCCAGCAGGAAGGTGGAAGGAGGGCAGGCCAAGGGTGGAGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TCGGGGAGCAAGAAGGAGGGCAAGCGACAGGGCCCGAAGGAACCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107627 TCGGGGAGCAAGAAGGAGGGCAAGCGACAGGGCCCGAAGGAACCCCCAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GAAAAGTGGTAGCTTCCACTCCTCTGGAGAAAAGCAGAAGCAACCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107677 GAAAAGTGGTAGCTTCCACTCCTCTGGAGAAAAGCAGAAGCAACCTCGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 GGAGGGAAGGGACTAAGGACAGCCATGACCCCCTGCCATCCTGGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107727 GGAGGGAAGGGACTAAGGACAGCCATGACCCCCTGCCATCCTGGGCAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CTGTTGAGGCCCAAGTACCGGGCACCCCAGGGCTGCTCAGGTGTGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107777 CTGTTGAGGCCCAAGTACCGGGCACCCCAGGGCTGCTCAGGTGTGGACGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GTGTGCCCGGCAGGAGGGCCTGACTTTCTTTGGCACAGAGCTAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107827 GTGTGCCCGGCAGGAGGGCCTGACTTTCTTTGGCACAGAGCTAGCCCCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 TGCGGCAACAGGAGCTGGCCTCTCTGCTAAGAACATACTTGGCACGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107877 TGCGGCAACAGGAGCTGGCCTCTCTGCTAAGAACATACTTGGCACGGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 CCCTGGGCTGGGCAGCTGACCAAGGAGCTACCCCTCTCACCTGCTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107927 CCCTGGGCTGGGCAGCTGACCAAGGAGCTACCCCTCTCACCTGCTTTCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 TGGTGAGGATGGCATCTTCCGTCATGACCGCCTCCGCTTCCGGGATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107977 TGGTGAGGATGGCATCTTCCGTCATGACCGCCTCCGCTTCCGGGATTTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 TGGATGCCCTGGAGGACAGCTTGGAGGAGGTGGCTGTGCAACAGACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108027 TGGATGCCCTGGAGGACAGCTTGGAGGAGGTGGCTGTGCAACAGACAGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 GATGATGATGAAGTAGATGACTTTGAGGACTTCATCTTCAGCCACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108077 GATGATGATGAAGTAGATGACTTTGAGGACTTCATCTTCAGCCACTTCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 TGGAGACAAAGCACTGAAGAAGAG         GTCAGGGAAGAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108127 TGGAGACAAAGCACTGAAGAAGAGGTG...CAGGTCAGGGAAGAAGGACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 AGCACTCACAGAGCCCAAGAGCTGCGGGGCCCAGGGAGGGGCACAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108622 AGCACTCACAGAGCCCAAGAGCTGCGGGGCCCAGGGAGGGGCACAGCCAT

   2250     .    :    .    :
   2170 AGCCACCACCACCACCACCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||
 108672 AGCCACCACCACCACCACCGGGGC