seq1 = pF1KB9478.tfa, 3633 bp
seq2 = pF1KB9478/gi568815594f_86946164.tfa (gi568815594f:86946164_87235698), 289535 bp

>pF1KB9478 3633
>gi568815594f:86946164_87235698 (Chr4)

1-17  (61245-61261)   100% ->
18-138  (100003-100123)   100% ->
139-1038  (100532-101431)   100% ->
1039-1083  (137957-138001)   100% ->
1084-1170  (143821-143907)   100% ->
1171-1207  (145630-145666)   100% ->
1208-1262  (148752-148806)   100% ->
1263-1317  (159465-159519)   100% ->
1318-1355  (159645-159682)   100% ->
1356-1512  (161996-162152)   100% ->
1513-2445  (168204-169136)   100% ->
2446-2552  (178874-178980)   100% ->
2553-2790  (179936-180173)   100% ->
2791-2882  (180863-180954)   100% ->
2883-2943  (181480-181540)   100% ->
2944-3080  (184920-185056)   100% ->
3081-3152  (185630-185701)   100% ->
3153-3290  (186108-186245)   100% ->
3291-3514  (188308-188531)   100% ->
3515-3633  (189417-189535)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCCAGTCAAG         TTTGTACAATGACGACAGAAACCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  61245 ATGGCAGCCCAGTCAAGGTA...CAGTTTGTACAATGACGACAGAAACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTTCGAATTAGAGAGAAGGAAAGACGCAACCAGGAAGCCCACCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 GCTTCGAATTAGAGAGAAGGAAAGACGCAACCAGGAAGCCCACCAAGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAGGCATTTCCTGAAAAGATTCCCCTTTTTGGAGAGCCCTACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100077 AAGAGGCATTTCCTGAAAAGATTCCCCTTTTTGGAGAGCCCTACAAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       ACAGCAAAAGGTGATGAGCTGTCTAGTCGAATACAGAACATGTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100127 ...CAGACAGCAAAAGGTGATGAGCTGTCTAGTCGAATACAGAACATGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGGAAACTACGAAGAAGTGAAGGAGTTCCTTAGTACTAAGTCTCACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100576 GGGAAACTACGAAGAAGTGAAGGAGTTCCTTAGTACTAAGTCTCACACTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCGCCTGGATGCTTCTGAAAATAGGTTGGGAAAGCCGAAATATCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100626 ATCGCCTGGATGCTTCTGAAAATAGGTTGGGAAAGCCGAAATATCCTTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTCCTGACAAAGGGAGCAGCATTCCATCCAGCTCCTTCCACACTAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100676 ATTCCTGACAAAGGGAGCAGCATTCCATCCAGCTCCTTCCACACTAGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCACCACCAGTCCATTCACACTCCTGCGTCTGGACCACTTTCTGTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100726 CCACCACCAGTCCATTCACACTCCTGCGTCTGGACCACTTTCTGTTGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACATTAGCCACAATCCAAAGATGGCGCAGCCAAGAACTGAACCAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100776 ACATTAGCCACAATCCAAAGATGGCGCAGCCAAGAACTGAACCAATGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGTCTCCATGCCAAAAGCTGCGGCCCACCGGACAGCCAGCACCTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100826 AGTCTCCATGCCAAAAGCTGCGGCCCACCGGACAGCCAGCACCTGACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGATCGCCTTGGTCAGGAGGGGTTCGGCTCTAGTCATCACAAGAAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100876 GGATCGCCTTGGTCAGGAGGGGTTCGGCTCTAGTCATCACAAGAAAGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCGAAGAGCTGACGGAGACCACTGTGCTTCGGTGACAGATTCGGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100926 ACCGAAGAGCTGACGGAGACCACTGTGCTTCGGTGACAGATTCGGCTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGAGGGAGCTTTCTCCCTTAATCTCTTTGCCTTCCCCAGTTCCCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100976 GAGAGGGAGCTTTCTCCCTTAATCTCTTTGCCTTCCCCAGTTCCCCCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTCACCTATACATTCCAACCAGCAAACTCTTCCCCGGACGCAAGGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101026 GTCACCTATACATTCCAACCAGCAAACTCTTCCCCGGACGCAAGGAAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCAAGGTTCATGGCAGCAGCAATAACAGTAAAGGCTATTGCCCAGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101076 GCAAGGTTCATGGCAGCAGCAATAACAGTAAAGGCTATTGCCCAGCCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCTCCCAAGGACCTAGCAGTGAAAGTCCATGATAAAGAGACCCCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101126 TCTCCCAAGGACCTAGCAGTGAAAGTCCATGATAAAGAGACCCCTCAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CAGTTTGGTGGCCCCTGCCCAGCCGCCTTCTCAGACATTTCCACCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101176 CAGTTTGGTGGCCCCTGCCCAGCCGCCTTCTCAGACATTTCCACCTCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCCTCCCCTCAAAAAGTGTTGCAATGCAGCAGAAGCCCACGGCTTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101226 CCCTCCCCTCAAAAAGTGTTGCAATGCAGCAGAAGCCCACGGCTTATGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CGGCCCATGGATGGTCAAGATCAGGCCCCTAGTGAATCCCCTGAACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101276 CGGCCCATGGATGGTCAAGATCAGGCCCCTAGTGAATCCCCTGAACTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ACCACTGCCGGAGGACTATCGACAGCAGACCTTTGAAAAAACAGACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101326 ACCACTGCCGGAGGACTATCGACAGCAGACCTTTGAAAAAACAGACTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AAGTGCCTGCCAAAGCCAAGCTCACCAAACTGAAGATGCCTTCTCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101376 AAGTGCCTGCCAAAGCCAAGCTCACCAAACTGAAGATGCCTTCTCAGTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GTTGAG         CAGACCTACTCCAATGAAGTCCATTGTGTTGAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101426 GTTGAGGTG...CAGCAGACCTACTCCAATGAAGTCCATTGTGTTGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GATTCTGAAG         GAAATGACCCATTCATGGCCGCCTCCTTTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 137992 GATTCTGAAGGTG...CAGGAAATGACCCATTCATGGCCGCCTCCTTTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CAGCAATACATACGCCTAGTACAGCTGAGCCATCCAAGTTTCCTTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143852 CAGCAATACATACGCCTAGTACAGCTGAGCCATCCAAGTTTCCTTTCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACAAAG         GACTCTCAGCATGTCAGTTCTGTAACCCAAAACCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143902 ACAAAGGTA...TAGGACTCTCAGCATGTCAGTTCTGTAACCCAAAACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 AA         AACAATATGATACATCTTCAAAAACTCACTCAAATTCTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145665 AAGTA...CAGAACAATATGATACATCTTCAAAAACTCACTCAAATTCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGCAAGGAACGTCATC         CATGCTCGAAGACGACCTTCAGCTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 148791 AGCAAGGAACGTCATCGTA...CAGCATGCTCGAAGACGACCTTCAGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AGTGACAGTGAGGACAGTGACAGTGAACAA         ACCCCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 159490 AGTGACAGTGAGGACAGTGACAGTGAACAAGTA...TAGACCCCAGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCCTCCCTCCTCATCTGCACCTCCAAG         TGCTCCACAGTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 159656 GCCTCCCTCCTCATCTGCACCTCCAAGGTA...CAGTGCTCCACAGTCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTCCAGAACCAGTGGCATCAGCACATTCCAGCAGTGCAGAGTCAGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162010 TTCCAGAACCAGTGGCATCAGCACATTCCAGCAGTGCAGAGTCAGAAAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACCAGTGACTCAGACAGTTCCTCAGACTCAGAGAGCGAGAGCAGTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162060 ACCAGTGACTCAGACAGTTCCTCAGACTCAGAGAGCGAGAGCAGTTCAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGACAGCGAAGAAAATGAGCCCCTAGAAACCCCAGCTCCGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 162110 TGACAGCGAAGAAAATGAGCCCCTAGAAACCCCAGCTCCGGAGGTA...T

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1513   CCTGAGCCTCCAACAACAAACAAATGGCAGCTGGACAACTGGCTGACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168202 AGCCTGAGCCTCCAACAACAAACAAATGGCAGCTGGACAACTGGCTGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AAAGTCAGCCAGCCAGCTGCGCCACCAGAGGGCCCCAGGAGCACAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168252 AAAGTCAGCCAGCCAGCTGCGCCACCAGAGGGCCCCAGGAGCACAGAGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCCACGGCGGCACCCAGAGAGTAAGGGCAGCAGCGACAGTGCCACGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168302 CCCACGGCGGCACCCAGAGAGTAAGGGCAGCAGCGACAGTGCCACGAGTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGGAGCATTCTGAATCCAAAGATCCTCCCCCTAAAAGCTCCAGCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168352 AGGAGCATTCTGAATCCAAAGATCCTCCCCCTAAAAGCTCCAGCAAAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CCCCGGGCCCCACCCGAAGCCCCCCACCCCGGAAAGAGGAGCTGTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168402 CCCCGGGCCCCACCCGAAGCCCCCCACCCCGGAAAGAGGAGCTGTCAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GTCTCCGGCACAGCAGGAGCCCCCACAAAGGCAAACCGTTGGAACCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168452 GTCTCCGGCACAGCAGGAGCCCCCACAAAGGCAAACCGTTGGAACCAAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AACCCAAAAAACCTGTCAAGGCCTCTGCCCGGGCAGGTTCACGGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168502 AACCCAAAAAACCTGTCAAGGCCTCTGCCCGGGCAGGTTCACGGACCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CTGCAGGGGGAAAGGGAGCCAGGGCTTCTTCCCTATGGCTCCCGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168552 CTGCAGGGGGAAAGGGAGCCAGGGCTTCTTCCCTATGGCTCCCGAGACCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GACTTCCAAAGACAAGCCCAAGGTGAAGACGAAAGGACGGCCCCGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168602 GACTTCCAAAGACAAGCCCAAGGTGAAGACGAAAGGACGGCCCCGGGCCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CAGCAAGCAACGAACCCAAGCCAGCAGTGCCCCCCTCCAGTGAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168652 CAGCAAGCAACGAACCCAAGCCAGCAGTGCCCCCCTCCAGTGAGAAGAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 AAGCACAAGAGCTCCCTCCCTGCCCCCTCTAAGGCTCTCTCAGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168702 AAGCACAAGAGCTCCCTCCCTGCCCCCTCTAAGGCTCTCTCAGGCCCAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 ACCCGCGAAGGACAATGTGGAGGACAGGACCCCTGAGCACTTTGCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168752 ACCCGCGAAGGACAATGTGGAGGACAGGACCCCTGAGCACTTTGCTCTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 TTCCCCTGACTGAGAGCCAGGGCCCACCCCACAGTGGCAGCGGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168802 TTCCCCTGACTGAGAGCCAGGGCCCACCCCACAGTGGCAGCGGCAGCAGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 ACTAGTGGCTGCCGCCAAGCCGTGGTGGTCCAGGAGGACAGCCGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168852 ACTAGTGGCTGCCGCCAAGCCGTGGTGGTCCAGGAGGACAGCCGCAAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 CAGACTCCCATTGCCTTTGAGAGACACCAAGCTGCTCTCACCGCTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168902 CAGACTCCCATTGCCTTTGAGAGACACCAAGCTGCTCTCACCGCTCAGGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 ACACTCCTCCCCCACAAAGCTTGATGGTGAAGATCACCCTAGACCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168952 ACACTCCTCCCCCACAAAGCTTGATGGTGAAGATCACCCTAGACCTGCTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 TCTCGGATACCCCAGCCTCCCGGGAAGGGGAGCCGCCAGAGGAAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169002 TCTCGGATACCCCAGCCTCCCGGGAAGGGGAGCCGCCAGAGGAAAGCAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2361 AGATAAACAGCCGCCCGCAGGGAAGAAGCACAGCTCTGAGAAGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169052 AGATAAACAGCCGCCCGCAGGGAAGAAGCACAGCTCTGAGAAGAGGAGCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2411 CAGACAGCTCAAGCAAGTTGGCCAAAAAGAGAAAG         GGTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 169102 CAGACAGCTCAAGCAAGTTGGCCAAAAAGAGAAAGGTG...TAGGGTGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2452 GCAGAAAGAGACTGTGATAACAAGAAAATCAGACTGGAGAAGGAAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178880 GCAGAAAGAGACTGTGATAACAAGAAAATCAGACTGGAGAAGGAAATCAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2502 ATCACAGTCATCTTCATCTTCATCCTCCCACAAAGAATCTTCTAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178930 ATCACAGTCATCTTCATCTTCATCCTCCCACAAAGAATCTTCTAAAACAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2552 A         GCCCTCCAGGCCCTCCTCACAGTCCTCAAAGAAGGAAATG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178980 AGTG...CAGGCCCTCCAGGCCCTCCTCACAGTCCTCAAAGAAGGAAATG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2593 CTCCCCCCGCCACCCGTGTCCTCGTCCTCCCAGAAGCCAGCCAAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179976 CTCCCCCCGCCACCCGTGTCCTCGTCCTCCCAGAAGCCAGCCAAGCCTGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2643 ACTTAAGAGGTCAAGGCGGGAAGCAGACACCTGTGGCCAGGACCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180026 ACTTAAGAGGTCAAGGCGGGAAGCAGACACCTGTGGCCAGGACCCTCCCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2693 AAAGTGCCAGCAGTACCAAGAGCAACCACAAAGACTCTTCCATTCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180076 AAAGTGCCAGCAGTACCAAGAGCAACCACAAAGACTCTTCCATTCCCAAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2743 CAGAGAAGAGTAGAGGGGAAGGGCTCCAGAAGCTCCTCGGAGCACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 180126 CAGAGAAGAGTAGAGGGGAAGGGCTCCAGAAGCTCCTCGGAGCACAAGGT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2791        GGTTCTTCCGGAGATACTGCAAATCCTTTTCCAGTGCCTTCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180176 G...AAGGGTTCTTCCGGAGATACTGCAAATCCTTTTCCAGTGCCTTCTT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2834 TGCCAAATGGTAACTCTAAACCAGGGAAGCCTCAAGTGAAGTTTGACAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 180906 TGCCAAATGGTAACTCTAAACCAGGGAAGCCTCAAGTGAAGTTTGACAAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2883         ACAACAAGCAGACCTTCACATGAGGGAGGCAAAAAAGATGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180956 TA...CAGACAACAAGCAGACCTTCACATGAGGGAGGCAAAAAAGATGAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2925 GCAGAAAGCAGAGTTAATG         ACGGACAGGGTTGGAAAGGCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 181522 GCAGAAAGCAGAGTTAATGGTT...CAGACGGACAGGGTTGGAAAGGCTT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2966 TTAAGTACCTGGAAGCCGTCTTGTCCTTCATTGAGTGCGGAATTGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184942 TTAAGTACCTGGAAGCCGTCTTGTCCTTCATTGAGTGCGGAATTGCCACA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3016 GAGTCTGAAAGCCAGTCATCCAAGTCAGCTTACTCTGTCTACTCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184992 GAGTCTGAAAGCCAGTCATCCAAGTCAGCTTACTCTGTCTACTCAGAAAC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3066 TGTAGATCTCATTAA         ATTCATAATGTCATTAAAATCCTTCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 185042 TGTAGATCTCATTAAGTA...TAGATTCATAATGTCATTAAAATCCTTCT

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3107 CAGATGCCACAGCGCCAACACAAGAGAAAATATTTGCTGTTTTATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 185656 CAGATGCCACAGCGCCAACACAAGAGAAAATATTTGCTGTTTTATGGTG.

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3153      CATGCGTTGCCAGTCCATTTTGAACATGGCGATGTTTCGTTGTAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185706 ..TAGCATGCGTTGCCAGTCCATTTTGAACATGGCGATGTTTCGTTGTAA

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3198 AAAAGACATAGCAATAAAGTATTCTCGTACTCTTAATAAACACTTCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186153 AAAAGACATAGCAATAAAGTATTCTCGTACTCTTAATAAACACTTCGAGA

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3248 GTTCTTCCAAAGTCGCCCAGGCACCTTCTCCATGCATTGCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 186203 GTTCTTCCAAAGTCGCCCAGGCACCTTCTCCATGCATTGCAAGGTA...C

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3291   AAGCACAGGCACACCATCCCCTCTTTCCCCAATGCCTTCTCCTGCCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188306 AGAAGCACAGGCACACCATCCCCTCTTTCCCCAATGCCTTCTCCTGCCAG

   3500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3339 CTCCGTAGGGTCCCAGTCAAGTGCTGGCAGTGTGGGGAGCAGTGGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188356 CTCCGTAGGGTCCCAGTCAAGTGCTGGCAGTGTGGGGAGCAGTGGGGTGG

   3550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3389 CTGCCACTATCAGCACCCCAGTCACCATCCAGAATATGACATCTTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188406 CTGCCACTATCAGCACCCCAGTCACCATCCAGAATATGACATCTTCCTAT

   3600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3439 GTCACCATCACATCCCATGTTCTTACCGCCTTTGACCTTTGGGAACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188456 GTCACCATCACATCCCATGTTCTTACCGCCTTTGACCTTTGGGAACAGGC

   3650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3489 CGAGGCCCTCACGAGGAAGAATAAAG         AATTCTTTGCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 188506 CGAGGCCCTCACGAGGAAGAATAAAGGTA...CAGAATTCTTTGCTCGGC

   3700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3530 TCAGCACAAATGTGTGCACCTTGGCCCTCAACAGCAGTTTGGTGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189432 TCAGCACAAATGTGTGCACCTTGGCCCTCAACAGCAGTTTGGTGGACCTG

   3750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3580 GTGCACTATACACGACAGGGTTTTCAGCAGCTACAAGAATTAACCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189482 GTGCACTATACACGACAGGGTTTTCAGCAGCTACAAGAATTAACCAAAAC

   3800 
   3630 ACCT
        ||||
 189532 ACCT