seq1 = pF1KB9475.tfa, 1029 bp
seq2 = pF1KB9475/gi568815593r_176805285.tfa (gi568815593r:176805285_177069690), 264406 bp

>pF1KB9475 1029
>gi568815593r:176805285_177069690 (Chr5)

(complement)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-152  (111537-111598)   100% ->
153-229  (113656-113732)   100% ->
230-333  (118114-118217)   100% ->
334-487  (126203-126356)   100% ->
488-566  (158302-158380)   100% ->
567-658  (160997-161091)   96% ->
659-720  (161107-161168)   100% ->
721-784  (162514-162577)   100% ->
785-821  (163644-163680)   100% ->
822-1029  (164199-164406)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCCGCTACCAGATCTCGACCTCTGGCCACTGGACCGTCTTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTCCGCTACCAGATCTCGACCTCTGGCCACTGGACCGTCTTCCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCCATCAAGAGAAAACCACAGACTCTGGGCTCACTGAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 TCCCATCAAGAGAAAACCACAGACTCTGGGCTCACTGAAGGCA...CAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTCCCAAGGGATTGTTGAAGAAACTTCTGAAGAGGGAAACTCTGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111538 CTTCCCAAGGGATTGTTGAAGAAACTTCTGAAGAGGGAAACTCTGTACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTTCACAAAG         TGTTGCTGCTTTGACCAGTAAGAGAAGCTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111588 GCTTCACAAAGGTG...CAGTGTTGCTGCTTTGACCAGTAAGAGAAGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGTCCTTATGCCAGAGAGTTCTGCAGAAGAAATCACTGTTTGTCCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113686 AGTCCTTATGCCAGAGAGTTCTGCAGAAGAAATCACTGTTTGTCCTGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    230       AGACCCAGCTAAGTTCCTCTGAAACTTTTGACCTTGAAAGAGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113736 ...CAGAGACCCAGCTAAGTTCCTCTGAAACTTTTGACCTTGAAAGAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTCTCTCCAGGTAGCAGAGATATCTTGGATGGAGTCAGAATAATAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118158 GTCTCTCCAGGTAGCAGAGATATCTTGGATGGAGTCAGAATAATAATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGATAAGGAG         GTTGGTAACAAGGAAGATGCTGAGAAGGAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118208 AGATAAGGAGGTG...CAGGTTGGTAACAAGGAAGATGCTGAGAAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TAGCTATTTCTACCTTCTCATCCAGTAACCAGGTATCCTGCCCGCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126234 TAGCTATTTCTACCTTCTCATCCAGTAACCAGGTATCCTGCCCGCTATGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACCAATGCTTTCCACCCACAAAGATTGAACGACATGCCATGTACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126284 GACCAATGCTTTCCACCCACAAAGATTGAACGACATGCCATGTACTGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGTCTGATGGAGGAAGATACAG         TATTGACTCGGAGACAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 126334 TGGTCTGATGGAGGAAGATACAGGTA...AAGTATTGACTCGGAGACAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGAGGCCAAGACCAAGAGTGACAGTGGGACAGCTGCCCAGACTTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158320 AAGAGGCCAAGACCAAGAGTGACAGTGGGACAGCTGCCCAGACTTCTCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACATTGACAA         GAATGAGAAGTGTTACCTCTGTAAATCCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 158370 GACATTGACAAGTA...TAGGAATGAGAAGTGTTACCTCTGTAAATCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGTCCCATTTAGAGAGTATCAGTGTCATGTGGACTCCTGTCTCCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161027 GGTCCCATTTAGAGAGTATCAGTGTCATGTGGACTCCTGTCTCCAGCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAAAGGCTGA  A G         GGAGTGGAAGAGCATGTTCAACTGTG
        ||||||||||--|-|>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 161077 CAAAGGCTGACCAAGGAG...AAGGGAGTGGAAGAGCATGTTCAACTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    685 GAGGGGAAGTGGCAGCAGAGGCTGAAGAACCCAAAG         GAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 161133 GAGGGGAAGTGGCAGCAGAGGCTGAAGAACCCAAAGGTA...CAGGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    726 AGGCCACAGTGAAGGCCGACTCCTTAGTTTCTTGGAACAGTCTGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162519 AGGCCACAGTGAAGGCCGACTCCTTAGTTTCTTGGAACAGTCTGAGCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776 AGACTTCAG         ATGCAGACATCAAGTCTTCAGAAACAGGAGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 162569 AGACTTCAGGTG...CAGATGCAGACATCAAGTCTTCAGAAACAGGAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    817 TTCAG         GGTGCCTTCACCAGGGATGGAAGAGGCAGGCTGCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163676 TTCAGGTG...TAGGGTGCCTTCACCAGGGATGGAAGAGGCAGGCTGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    858 CAGAGAGATGCAGAGTTCTTTCACACGTCGTGACTTAAATGAATCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164235 CAGAGAGATGCAGAGTTCTTTCACACGTCGTGACTTAAATGAATCTCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    908 TCAAGTCTTTTGTTTCCATTTCAGAAGCCACAGATTGCTTAGTGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164285 TCAAGTCTTTTGTTTCCATTTCAGAAGCCACAGATTGCTTAGTGGACTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    958 AAAAAGCAAGTTACTGTCCAGCCAGGTAGTCGGACACGGACCAAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164335 AAAAAGCAAGTTACTGTCCAGCCAGGTAGTCGGACACGGACCAAAGCTGG

   1100     .    :    .    :
   1008 CAGAGGAAGAAGGAGAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||
 164385 CAGAGGAAGAAGGAGAAAATTC