seq1 = pF1KB9473.tfa, 2496 bp
seq2 = pF1KB9473/gi568815595f_113433082.tfa (gi568815595f:113433082_113727705), 294624 bp

>pF1KB9473 2496
>gi568815595f:113433082_113727705 (Chr3)

1-222  (99941-100162)   100% ->
223-344  (133339-133460)   100% ->
345-515  (134459-134629)   100% ->
516-561  (143841-143886)   100% ->
562-663  (147527-147628)   100% ->
664-747  (148280-148363)   100% ->
748-835  (150328-150415)   100% ->
836-907  (151617-151688)   100% ->
908-1001  (152096-152189)   100% ->
1002-1045  (159924-159967)   100% ->
1046-1117  (168507-168578)   100% ->
1118-1263  (169924-170069)   100% ->
1264-1337  (170879-170952)   100% ->
1338-1404  (171829-171895)   100% ->
1405-1478  (173960-174033)   100% ->
1479-1602  (175013-175136)   100% ->
1603-1720  (175338-175455)   100% ->
1721-1857  (177927-178063)   100% ->
1858-1978  (179005-179124)   95% ->
1979-2058  (183013-183095)   96% ->
2059-2105  (186599-186645)   100% ->
2106-2211  (190346-190451)   100% ->
2212-2322  (190542-190652)   100% ->
2323-2436  (193021-193134)   100% ->
2437-2496  (194565-194624)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCGGCTGCCTGCGGCTCGCGCTGCTCTGCGCGCTGCCCTGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99941 ATGCGCGGCTGCCTGCGGCTCGCGCTGCTCTGCGCGCTGCCCTGGCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGCGGCGTCGCCCGGGCACCCGGCGAAATCCCCCAGGCAGCCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99991 GCTGGCGGCGTCGCCCGGGCACCCGGCGAAATCCCCCAGGCAGCCCCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCGCGCCGCGACCCCTTCGACGCTGCCAGGGGCGCCGATTTCGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100041 CACCGCGCCGCGACCCCTTCGACGCTGCCAGGGGCGCCGATTTCGATCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCTACAGCGGGGTGGTGAACCTCAGCACCGAGAACATCTACTCTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100091 GTCTACAGCGGGGTGGTGAACCTCAGCACCGAGAACATCTACTCTTTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACACCAGCCAGCCCGACCAG         GTGACAGCCGTGAGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100141 CTACACCAGCCAGCCCGACCAGGTA...CAGGTGACAGCCGTGAGGGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGAACAGTTCCTCTGAGAATCTCAACTACCCGGTCCTTGTTGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133358 ATGTGAACAGTTCCTCTGAGAATCTCAACTACCCGGTCCTTGTTGTGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCCAGCAGAAAGAGGTGCTGTCCTGGCAGGTTCCTCTGCTCTTCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133408 CGCCAGCAGAAAGAGGTGCTGTCCTGGCAGGTTCCTCTGCTCTTCCAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACT         ATACCAGAGGAGCTACAACTATCAAGAAGTGAGCCGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133458 ACTGTA...CAGATACCAGAGGAGCTACAACTATCAAGAAGTGAGCCGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTTATGTCCCTCAGAAGCAACCAATGAGACGGGACCCTTGCAGCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134497 CCTTATGTCCCTCAGAAGCAACCAATGAGACGGGACCCTTGCAGCAACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATATTTGTAGATGTCGCATCCATGGCACCCCTGGGTGCTCAGTACAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134547 ATATTTGTAGATGTCGCATCCATGGCACCCCTGGGTGCTCAGTACAAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTAGTTACCAAGCTGAAGCACTTCCAGCTCCG         GACAAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 134597 GCTAGTTACCAAGCTGAAGCACTTCCAGCTCCGGTA...CAGGACAAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGCCTTTCACTTTACTGCCAGCCCCTCTCAACCTCAG         TAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 143849 TTGCCTTTCACTTTACTGCCAGCCCCTCTCAACCTCAGGTA...CAGTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTCTATACAAGTTTCCCAAAGACGTGGACTCAGTTATCATTAAAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147530 TTTCTATACAAGTTTCCCAAAGACGTGGACTCAGTTATCATTAAAGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTCTGAAATGGCTTATCCATGTTCTGTTGTCTCAGTCCAGAATATCATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 147580 GTCTGAAATGGCTTATCCATGTTCTGTTGTCTCAGTCCAGAATATCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664         TGCCCGGTGTATGATCTCGACCACAATGTGGAATTTAATGGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147630 TG...CAGTGCCCGGTGTATGATCTCGACCACAATGTGGAATTTAATGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTCTATCAGTCCATGACCAAGAAAGCTGCCATCACGCTACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 148322 GTCTATCAGTCCATGACCAAGAAAGCTGCCATCACGCTACAGGTG...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    748  AAGAAGGATTTTCCAGGCGAGCAGTTCTTCGTGGTATTTGTGATAAAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150327 GAAGAAGGATTTTCCAGGCGAGCAGTTCTTCGTGGTATTTGTGATAAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGAAGATTATGCCTGTGGAGGATCTTTCTTCATCCAGG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 150377 CTGAAGATTATGCCTGTGGAGGATCTTTCTTCATCCAGGGTA...CAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGGAAAACCAGACCTGGAATCTACAGCGAAAAAAGAACCTTGAAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151619 AAGGAAAACCAGACCTGGAATCTACAGCGAAAAAAGAACCTTGAAGTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATTGTCCCTTCCATTAAAG         AATCTGTTTATGTGAAATCCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 151669 CATTGTCCCTTCCATTAAAGGTC...CAGAATCTGTTTATGTGAAATCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GTCTTTTCAGTGTCTTCATCTTCCTGTCCTTCTACTTGGGATGCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152117 GTCTTTTCAGTGTCTTCATCTTCCTGTCCTTCTACTTGGGATGCCTTCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTTGGGTTTGTTCATTATCTGAG         GTTTCAGAGAAAATCCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 152167 GTTGGGTTTGTTCATTATCTGAGGTA...CAGGTTTCAGAGAAAATCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGATGGAAGCTTTGGGTCCAATGATG         GCTCTGGAAATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 159942 TGATGGAAGCTTTGGGTCCAATGATGGTA...CAGGCTCTGGAAATATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGGCATCTCATCCCATTGCTGCCAGCACACCCGAAGGGAGCAATTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168522 TGGCATCTCATCCCATTGCTGCCAGCACACCCGAAGGGAGCAATTATGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACAATAG         ATGAGTCAAGCTCCAGTCCTGGAAGGCAGATGTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168572 ACAATAGGTA...CAGATGAGTCAAGCTCCAGTCCTGGAAGGCAGATGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CTCCTCCGATGGTGGGCCACCGGGCCAGTCAGACACAGACAGCTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169958 CTCCTCCGATGGTGGGCCACCGGGCCAGTCAGACACAGACAGCTCCGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGGAGAGCGACTTCGACACCATGCCAGACATTGAGAGTGATAAAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170008 AGGAGAGCGACTTCGACACCATGCCAGACATTGAGAGTGATAAAAACATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ATCCGGACCAAG         ATGTTCCTTTACCTGTCAGATTTGTCCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 170058 ATCCGGACCAAGGTA...CAGATGTTCCTTTACCTGTCAGATTTGTCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GAAGGACCGGAGAATTGTCAGCAAAAAATATAAAATTTATTTTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 170908 GAAGGACCGGAGAATTGTCAGCAAAAAATATAAAATTTATTTTTGGTA..

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338     GAACATCATCACCATTGCTGTGTTTTACGCGCTGCCCGTGATCCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170958 .TAGGAACATCATCACCATTGCTGTGTTTTACGCGCTGCCCGTGATCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CTGGTCATTACCTATCAGACA         GTGGTAAATGTCACTGGCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 171875 CTGGTCATTACCTATCAGACAGTA...CAGGTGGTAAATGTCACTGGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CCAGGACATCTGTTACTACAACTTCCTCTGTGCTCACCCCTTGGGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173980 CCAGGACATCTGTTACTACAACTTCCTCTGTGCTCACCCCTTGGGCGTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TGAG         TGCCTTCAACAACATTCTCAGCAATCTGGGCCACGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174030 TGAGGTA...TAGTGCCTTCAACAACATTCTCAGCAATCTGGGCCACGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 CTTCTGGGCTTCCTCTTCCTGCTGATAGTCTTGCGCCGCGACATCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175050 CTTCTGGGCTTCCTCTTCCTGCTGATAGTCTTGCGCCGCGACATCCTCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 TCGGAGAGCCCTGGAAGCCAAGGACATCTTTGCTGTG         GAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 175100 TCGGAGAGCCCTGGAAGCCAAGGACATCTTTGCTGTGGTG...CAGGAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 ACGGGATTCCCAAACACTTTGGTCTCTTCTACGCTATGGGCATTGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175342 ACGGGATTCCCAAACACTTTGGTCTCTTCTACGCTATGGGCATTGCATTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 ATGATGGAAGGGGTGCTCAGTGCTTGCTACCATGTCTGCCCTAATTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175392 ATGATGGAAGGGGTGCTCAGTGCTTGCTACCATGTCTGCCCTAATTATTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CAACTTCCAATTCG         ACACCTCCTTCATGTACATGATCGCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 175442 CAACTTCCAATTCGGTA...CAGACACCTCCTTCATGTACATGATCGCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 GCCTGTGCATGCTGAAGCTCTATCAGACCCGCCACCCAGACATCAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177954 GCCTGTGCATGCTGAAGCTCTATCAGACCCGCCACCCAGACATCAATGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 AGCGCCTACTCTGCCTATGCCTCCTTTGCTGTGGTCATCATGGTCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178004 AGCGCCTACTCTGCCTATGCCTCCTTTGCTGTGGTCATCATGGTCACCGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 CCTTGGAGTG         GTGTTTGGAAAAAATGACGTATGGTTCTGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 178054 CCTTGGAGTGGTG...TAGGTGTTTGGAAAAAATGACGTATGGTTCTGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 TCATCTTCTCTGCAATCCACGTTCTGGCCTCGCTAGCCCTCAGCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179036 TCATCTTCTCTGCAATCCACGTTCTGGCCTCGCTAGCCCTCAGCACCCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 ATATATTATATGGGTCGTTTCAAGATAGATGTGTCTGACA          
        |||||||||||||||||||||||||||| || |||  -| >>>...>>>-
 179086 ATATATTATATGGGTCGTTTCAAGATAGGTGAGTCAC CTGTT...TATC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979   CAGATTTGGGAATTTTCCGGCGGGCTGCCATGGTGTTCTACACAGACT
        --||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183014 AGCAGATTTGGGAATTTTCCGGCGGGCTGCCATGGTGTTCTACACAGACT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2027 GTATCCAGCAGTGTAGCCGACCTCTATATATG         GATAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 183064 GTATCCAGCAGTGTAGCCGACCTCTATATATGGTA...CAGGATAGAATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2068 GTGTTGCTGGTTGTGGGGAATCTGGTTAACTGGTCCTT         CGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 186608 GTGTTGCTGGTTGTGGGGAATCTGGTTAACTGGTCCTTGTA...CAGCGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2109 CCTCTTTGGATTGATATACCGCCCCAGGGACTTTGCTTCCTACATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190349 CCTCTTTGGATTGATATACCGCCCCAGGGACTTTGCTTCCTACATGCTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2159 GCATCTTCATCTGTAACCTTTTGCTGTACCTGGCCTTTTACATCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190399 GCATCTTCATCTGTAACCTTTTGCTGTACCTGGCCTTTTACATCATCATG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2209 AAG         CTCCGCAGCTCTGAAAAGGTCCTCCCAGTCCCGCTCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190449 AAGGTA...CAGCTCCGCAGCTCTGAAAAGGTCCTCCCAGTCCCGCTCTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2250 CTGCATCGTGGCCACCGCTGTGATGTGGGCTGCCGCCCTATATTTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190580 CTGCATCGTGGCCACCGCTGTGATGTGGGCTGCCGCCCTATATTTTTTCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2300 TCCAGAATCTCAGCAGCTGGGAG         GGAACTCCGGCCGAATCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 190630 TCCAGAATCTCAGCAGCTGGGAGGTA...CAGGGAACTCCGGCCGAATCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2341 CGGGAGAAGAACCGCGAGTGCATTCTGCTGGATTTCTTCGATGACCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193039 CGGGAGAAGAACCGCGAGTGCATTCTGCTGGATTTCTTCGATGACCATGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2391 CATCTGGCACTTCCTCTCTGCTACTGCTCTGTTTTTCTCATTCTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 193089 CATCTGGCACTTCCTCTCTGCTACTGCTCTGTTTTTCTCATTCTTGGTG.

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2437      GTTTTGTTAACTTTGGATGATGACCTTGATGTGGTTCGGAGAGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193139 ..CAGGTTTTGTTAACTTTGGATGATGACCTTGATGTGGTTCGGAGAGAC

   2700     .    :    .
   2482 CAGATCCCTGTCTTC
        |||||||||||||||
 194610 CAGATCCCTGTCTTC