seq1 = pF1KB9472.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KB9472/gi568815594f_912486.tfa (gi568815594f:912486_1125344), 212859 bp

>pF1KB9472 1512
>gi568815594f:912486_1125344 (Chr4)

1-79  (100001-100079)   98% ->
80-352  (109718-109990)   100% ->
353-433  (111156-111236)   100% ->
434-718  (111332-111616)   100% ->
719-1072  (111826-112179)   100% ->
1073-1512  (112420-112859)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGCCGAGCCCCCTGTTGCTGCTCCTGCTGCCGCCGCTGCTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGCCGAGCCCCCTGTTGCTGCTCCTGCTGCCGCCGCTGCTGCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTTCCCACCGGCCGCCGCCGCCCGAG         GCCCCCCAAAGA
        ||||||||| |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GGCCTTCCCGCCGGCCGCCGCCGCCCGAGGTG...CAGGCCCCCCAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCGGACAAGGTGGTCCCACGGCAGGTGGCCCGGCTGGGCCGCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109730 TGGCGGACAAGGTGGTCCCACGGCAGGTGGCCCGGCTGGGCCGCACTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGCTGCAGTGCCCAGTGGAGGGGGACCCGCCGCCGCTGACCATGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109780 CGGCTGCAGTGCCCAGTGGAGGGGGACCCGCCGCCGCTGACCATGTGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGGATGGCCGCACCATCCACAGCGGCTGGAGCCGCTTCCGCGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109830 CAAGGATGGCCGCACCATCCACAGCGGCTGGAGCCGCTTCCGCGTGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGCAGGGGCTGAAGGTGAAGCAGGTGGAGCGGGAGGATGCCGGCGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109880 CGCAGGGGCTGAAGGTGAAGCAGGTGGAGCGGGAGGATGCCGGCGTGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGTGCAAGGCCACCAACGGCTTCGGCAGCCTGAGCGTCAACTACACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109930 GTGTGCAAGGCCACCAACGGCTTCGGCAGCCTGAGCGTCAACTACACCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGTCGTGCTGG         ATGACATTAGCCCAGGGAAGGAGAGCCTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109980 CGTCGTGCTGGGTT...CAGATGACATTAGCCCAGGGAAGGAGAGCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCCCGACAGCTCCTCTGGGGGTCAAGAGGACCCCGCCAGCCAGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111186 GGCCCGACAGCTCCTCTGGGGGTCAAGAGGACCCCGCCAGCCAGCAGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 G         CACGACCGCGCTTCACACAGCCCTCCAAGATGAGGCGCCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111236 GGTG...CAGCACGACCGCGCTTCACACAGCCCTCCAAGATGAGGCGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTGATCGCACGGCCCGTGGGTAGCTCCGTGCGGCTCAAGTGCGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111372 GGTGATCGCACGGCCCGTGGGTAGCTCCGTGCGGCTCAAGTGCGTGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCGGGCACCCTCGGCCCGACATCACGTGGATGAAGGACGACCAGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111422 GCGGGCACCCTCGGCCCGACATCACGTGGATGAAGGACGACCAGGCCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACGCGCCCAGAGGCCGCTGAGCCCAGGAAGAAGAAGTGGACACTGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111472 ACGCGCCCAGAGGCCGCTGAGCCCAGGAAGAAGAAGTGGACACTGAGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAGAACCTGCGGCCGGAGGACAGCGGCAAATACACCTGCCGCGTGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111522 GAAGAACCTGCGGCCGGAGGACAGCGGCAAATACACCTGCCGCGTGTCGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCGCGCGGGCGCCATCAACGCCACCTACAAGGTGGATGTGATCC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 111572 ACCGCGCGGGCGCCATCAACGCCACCTACAAGGTGGATGTGATCCGTG..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    719     AGCGGACCCGTTCCAAGCCCGTGCTCACAGGCACGCACCCCGTGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111622 .CAGAGCGGACCCGTTCCAAGCCCGTGCTCACAGGCACGCACCCCGTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CACGACGGTGGACTTCGGGGGGACCACGTCCTTCCAGTGCAAGGTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111872 CACGACGGTGGACTTCGGGGGGACCACGTCCTTCCAGTGCAAGGTGCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCGACGTGAAGCCGGTGATCCAGTGGCTGAAGCGCGTGGAGTACGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111922 GCGACGTGAAGCCGGTGATCCAGTGGCTGAAGCGCGTGGAGTACGGCGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAGGGCCGCCACAACTCCACCATCGATGTGGGCGGCCAGAAGTTTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111972 GAGGGCCGCCACAACTCCACCATCGATGTGGGCGGCCAGAAGTTTGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTGCCCACGGGTGACGTGTGGTCGCGGCCCGACGGCTCCTACCTCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112022 GCTGCCCACGGGTGACGTGTGGTCGCGGCCCGACGGCTCCTACCTCAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGCTGCTCATCACCCGTGCCCGCCAGGACGATGCGGGCATGTACATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112072 AGCTGCTCATCACCCGTGCCCGCCAGGACGATGCGGGCATGTACATCTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTTGGCGCCAACACCATGGGCTACAGCTTCCGCAGCGCCTTCCTCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112122 CTTGGCGCCAACACCATGGGCTACAGCTTCCGCAGCGCCTTCCTCACCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCTGCCAG         ACCCAAAACCGCCAGGGCCACCTGTGGCCTCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112172 GCTGCCAGGTG...CAGACCCAAAACCGCCAGGGCCACCTGTGGCCTCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CGTCCTCGGCCACTAGCCTGCCGTGGCCCGTGGTCATCGGCATCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112453 CGTCCTCGGCCACTAGCCTGCCGTGGCCCGTGGTCATCGGCATCCCAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GGCGCTGTCTTCATCCTGGGCACCCTGCTCCTGTGGCTTTGCCAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112503 GGCGCTGTCTTCATCCTGGGCACCCTGCTCCTGTGGCTTTGCCAGGCCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GAAGAAGCCGTGCACCCCCGCGCCTGCCCCTCCCCTGCCTGGGCACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112553 GAAGAAGCCGTGCACCCCCGCGCCTGCCCCTCCCCTGCCTGGGCACCGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CGCCGGGGACGGCCCGCGACCGCAGCGGAGACAAGGACCTTCCCTCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112603 CGCCGGGGACGGCCCGCGACCGCAGCGGAGACAAGGACCTTCCCTCGTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GCCGCCCTCAGCGCTGGCCCTGGTGTGGGGCTGTGTGAGGAGCATGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112653 GCCGCCCTCAGCGCTGGCCCTGGTGTGGGGCTGTGTGAGGAGCATGGGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TCCGGCAGCCCCCCAGCACTTACTGGGCCCAGGCCCAGTTGCTGGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112703 TCCGGCAGCCCCCCAGCACTTACTGGGCCCAGGCCCAGTTGCTGGCCCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGTTGTACCCCAAACTCTACACAGACATCCACACACACACACACACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112753 AGTTGTACCCCAAACTCTACACAGACATCCACACACACACACACACACAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TCTCACACACACTCACACGTGGAGGGCAAGGTCCACCAGCACATCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112803 TCTCACACACACTCACACGTGGAGGGCAAGGTCCACCAGCACATCCACTA

   1550     .
   1506 TCAGTGC
        |||||||
 112853 TCAGTGC