seq1 = pF1KB9470.tfa, 1965 bp
seq2 = pF1KB9470/gi568815588r_48346394.tfa (gi568815588r:48346394_48683153), 336760 bp

>pF1KB9470 1965
>gi568815588r:48346394_48683153 (Chr10)

(complement)

1-34  (78358-78391)   100% ->
35-234  (100002-100201)   100% ->
235-322  (127604-127691)   100% ->
323-530  (223263-223470)   99% ->
531-663  (228020-228152)   100% ->
664-737  (228993-229066)   100% ->
738-859  (229729-229850)   100% ->
860-1739  (232014-232893)   100% ->
1740-1965  (236535-236760)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAGCCCAAAGATCAGGCAGGCCAGGAGGG         CCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  78358 ATGCTGAGCCCAAAGATCAGGCAGGCCAGGAGGGGTA...CAGCCCGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAAAAGCCTAGTGATGGGGGAGCAGAGCCGGAGCCCTGGGCGGATGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 CAAAAGCCTAGTGATGGGGGAGCAGAGCCGGAGCCCTGGGCGGATGCCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCTCACAGGCTGGGCCCCGTGCTGAAGGCGGGCTGGCTGAAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 GCCCTCACAGGCTGGGCCCCGTGCTGAAGGCGGGCTGGCTGAAGAAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGAGCATCATGAAGAACTGGCAGCAGCGCTGGTTTGTGCTGCGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100109 AGGAGCATCATGAAGAACTGGCAGCAGCGCTGGTTTGTGCTGCGTGGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGCTTTTCTACTACAAGGACAAAGATGAGATCAAGCCCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100159 TCAGCTTTTCTACTACAAGGACAAAGATGAGATCAAGCCCCAGGTG...T

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   GGATTTATTTCTCTACAAGGGACACAGGTGACTGAACTTCCTCCTGGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127602 AGGGATTTATTTCTCTACAAGGGACACAGGTGACTGAACTTCCTCCTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCGAGGACCCAGGGAAGCACCTCTTTGAGATCAGCCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 127652 CCCGAGGACCCAGGGAAGCACCTCTTTGAGATCAGCCCAGGTA...CAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATCTTTGGGCAGCGCCTAGAGGAAACAGTCCACCACGAGCGGAAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223264 GATCTTTGGGCAGCGCCTAGAGGAAACAGTCCACCACGAGCGGAAGTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCCCCGCCTGGCGCCCCTGCTGGTGGAGCAGTGTGTGGACTTCATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223314 GCCCCCGCCTGGCGCCCCTGCTGGTGGAGCAGTGTGTGGACTTCATCCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCGCGGGCTCACTGAGGAGGGGCTGTTCCGCATGCCGGGCCAGGCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 223364 GAGCGCGGGCTCACTGAGGAGGGGCTGTTCCGCATGCCAGGCCAGGCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGGTGAGGGACCTGCAGGATTCCTTCGACTGTGGGGAGAAGCCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223414 CCTGGTGAGGGACCTGCAGGATTCCTTCGACTGTGGGGAGAAGCCACTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGACAG         CACAACAGACGTGCACACGGTGGCCTCCCTGCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223464 TTGACAGGTG...CAGCACAACAGACGTGCACACGGTGGCCTCCCTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGCTGTACCTGCGGGAGCTCCCCGAGCCCGTGGTCCCCTTCGCCAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228054 AAGCTGTACCTGCGGGAGCTCCCCGAGCCCGTGGTCCCCTTCGCCAGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGAGGACTTCCTCAGCTGCGCCCAGCTGCTCACCAAGGACGAGGGGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 228104 CGAGGACTTCCTCAGCTGCGCCCAGCTGCTCACCAAGGACGAGGGGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664         GGCACTCTGGAGTTGGCTAAACAAGTGAGCAACCTTCCTCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228154 TC...AAGGGCACTCTGGAGTTGGCTAAACAAGTGAGCAACCTTCCTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCAAATTACAACCTGCTCAGATACATCTGCAA         GTTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 229035 GCAAATTACAACCTGCTCAGATACATCTGCAAGTA...CAGGTTTCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAAGTTCAGGCATACTCAAATGTCAACAAGATGAGTGTCCAGAATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229738 TGAAGTTCAGGCATACTCAAATGTCAACAAGATGAGTGTCCAGAATCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAACCGTTTTTGGACCTAACATTCTGCGGCCACAGGTAGAGGACCCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229788 CAACCGTTTTTGGACCTAACATTCTGCGGCCACAGGTAGAGGACCCAGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACCATCATGGAAG         GCACTTCCCTCGTCCAGCACCTGATGAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 229838 ACCATCATGGAAGGTA...CAGGCACTTCCCTCGTCCAGCACCTGATGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGTCCTCATCCGCAAACACAGCCAGCTCTTCACGGCACCGGTCCCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232042 CGTCCTCATCCGCAAACACAGCCAGCTCTTCACGGCACCGGTCCCGGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGCCCACCTCCCCGCGCGGGGGCCTGCAATGCGCAGTGGGGTGGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232092 GGCCCACCTCCCCGCGCGGGGGCCTGCAATGCGCAGTGGGGTGGGGCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGGAGGTCACCAGGGACAGCCAAGGAGAGCCCGGCGGCCCCGGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232142 GAGGAGGTCACCAGGGACAGCCAAGGAGAGCCCGGCGGCCCCGGCCTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGCGCACAGGACCTCTTCCCTGGACGGGGCGGCCGTGGCGGTGCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232192 CGCGCACAGGACCTCTTCCCTGGACGGGGCGGCCGTGGCGGTGCTCTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GAACAGCCCCCACGGGGCCGGGGAGCCGGTGCAGCCCTGGGAAGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232242 GAACAGCCCCCACGGGGCCGGGGAGCCGGTGCAGCCCTGGGAAGAAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGACCCTGCCCAGTTGGAAGTCCTCCTTCCGGCAGCCGAGGTCCCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232292 CAGACCCTGCCCAGTTGGAAGTCCTCCTTCCGGCAGCCGAGGTCCCTATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGGAAGCCCGAAGGGGGGCGGCTCATCCCTGGAGGTGCCCATCATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232342 GGGAAGCCCGAAGGGGGGCGGCTCATCCCTGGAGGTGCCCATCATCTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCGGCGGGAACTGGCTTATGAACGGGCTGTCCTCCCTGCGCGGACACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232392 CCGGCGGGAACTGGCTTATGAACGGGCTGTCCTCCCTGCGCGGACACCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CGGGCCTCGTCGGGAGACCGGCTCAAGGACTCGGGCTCCGTGCAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232442 CGGGCCTCGTCGGGAGACCGGCTCAAGGACTCGGGCTCCGTGCAGAGACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTCCACCTACGACAATGTGCCCGCGCCGGGCCTGGTCCCCGGCATACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232492 CTCCACCTACGACAATGTGCCCGCGCCGGGCCTGGTCCCCGGCATACCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GCGTGGCCAGTATGGCGTGGTCCGGGGCCTCGTCCAGCGAGTCGTCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232542 GCGTGGCCAGTATGGCGTGGTCCGGGGCCTCGTCCAGCGAGTCGTCGGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GGGGGCTCACTCAGCAGCTGCACGGCCTGCCGCGCCAGCGACTCGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232592 GGGGGCTCACTCAGCAGCTGCACGGCCTGCCGCGCCAGCGACTCGTCTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CCGCAGTTCCCTGCACACCGACTGGGCCCTGGAGCCCTCCCCGCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232642 CCGCAGTTCCCTGCACACCGACTGGGCCCTGGAGCCCTCCCCGCTCCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GCAGCAGCGAGGACCCCAAGTCCCTGGACCTGGACCACAGCATGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232692 GCAGCAGCGAGGACCCCAAGTCCCTGGACCTGGACCACAGCATGGACGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GCGGGCGCGGGTGCCAGCAACAGCGAGCCCAGCGAGCCGGACAGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232742 GCGGGCGCGGGTGCCAGCAACAGCGAGCCCAGCGAGCCGGACAGCCCCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CCGGGAACACGCGCGCCGCTCCGAGGCCTTACAGGGGCTGGTCACTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232792 CCGGGAACACGCGCGCCGCTCCGAGGCCTTACAGGGGCTGGTCACTGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TCAGGGCCGAGCTGTGCCGCCAGCGGACTGAGTACGAGAGGAGTGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232842 TCAGGGCCGAGCTGTGCCGCCAGCGGACTGAGTACGAGAGGAGTGTGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 AG         AATCGAAGAAGGGAGTGCTGACCTGAGAAAACGAATGTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232892 AGGTA...CAGAATCGAAGAAGGGAGTGCTGACCTGAGAAAACGAATGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CCGGTTAGAAGAAGAACTGGACCAGGAAAAGAAAAAATACATCATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236574 CCGGTTAGAAGAAGAACTGGACCAGGAAAAGAAAAAATACATCATGCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 AAATAAAGCTGCGGAACTCTGAACGGGCGCGGGAGGATGCGGAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236624 AAATAAAGCTGCGGAACTCTGAACGGGCGCGGGAGGATGCGGAGAGGAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 AACCAGCTGTTGCAGAGGGAAATGGAGGAGTTTTTTTCGACCCTAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236674 AACCAGCTGTTGCAGAGGGAAATGGAGGAGTTTTTTTCGACCCTAGGAAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .
   1929 CTTGACTGTTGGGGCAAAAGGTGCCAGGGCCCCAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236724 CTTGACTGTTGGGGCAAAAGGTGCCAGGGCCCCAAAG