seq1 = pF1KB9469.tfa, 2406 bp
seq2 = pF1KB9469/gi568815575r_67952540.tfa (gi568815575r:67952540_68533020), 580481 bp

>pF1KB9469 2406
>gi568815575r:67952540_68533020 (ChrX)

(complement)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-250  (233925-234020)   100% ->
251-312  (249904-249965)   100% ->
313-384  (258212-258283)   100% ->
385-486  (298433-298534)   100% ->
487-597  (319049-319159)   100% ->
598-702  (320809-320913)   100% ->
703-832  (322739-322868)   100% ->
833-933  (326348-326448)   100% ->
934-1025  (331311-331402)   100% ->
1026-1104  (335757-335835)   100% ->
1105-1138  (338523-338556)   100% ->
1139-1201  (339069-339131)   100% ->
1202-1276  (340028-340102)   100% ->
1277-1361  (413689-413773)   100% ->
1362-1420  (419782-419840)   100% ->
1421-1526  (421062-421167)   100% ->
1527-1686  (435992-436151)   100% ->
1687-1834  (459722-459869)   100% ->
1835-2158  (468844-469167)   100% ->
2159-2324  (479211-479376)   100% ->
2325-2375  (480431-480481)   100% ->
2376-2406  (484564-484594)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCATCCCCCGCTGGAGTTCAGCGACTGCTACCTGGACAGCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCATCCCCCGCTGGAGTTCAGCGACTGCTACCTGGACAGCCCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCCGCGAGAGGCTCAAGTGTTATGAGCAGGAACTGGAGAGGACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCCGCGAGAGGCTCAAGTGTTATGAGCAGGAACTGGAGAGGACCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATTCATCAAAGACGTAATCAAAGACGGCAACGCGCTTATCAGCGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATTCATCAAAGACGTAATCAAAGACGGCAACGCGCTTATCAGCGCTATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAA         ATTATTCTTCTGCTGTTCAGAAATTTTCCCAGACGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAAGTA...CAGATTATTCTTCTGCTGTTCAGAAATTTTCCCAGACGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGTCATTTCAGTTTGATTTCATTGGAGACACTCTGACTGATGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233962 GCAGTCATTTCAGTTTGATTTCATTGGAGACACTCTGACTGATGATGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTAACATCG         CTGAATCCTTCAAGGAATTTGCTGAATTGCTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 234012 TTAACATCGGTA...CAGCTGAATCCTTCAAGGAATTTGCTGAATTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACGAGGTAGAAAATGAGAGGATGATGATG         GTACACAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 249936 AACGAGGTAGAAAATGAGAGGATGATGATGGTA...TAGGTACACAATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TAGTGATTTGCTGATTAAACCCTTGGAAAATTTCCGGAAGGAACAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258223 TAGTGATTTGCTGATTAAACCCTTGGAAAATTTCCGGAAGGAACAAATAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTTCACCAAG         GAGCGGAAAAAGAAATTTGAAAAGGATGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 258273 GCTTCACCAAGGTA...TAGGAGCGGAAAAAGAAATTTGAAAAGGATGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGAGGTTTTATTCTTTACTGGATCGGCACTTACACCTGTCTTCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298463 GAGAGGTTTTATTCTTTACTGGATCGGCACTTACACCTGTCTTCAAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAAGAATCTCAGTTACAAGAG         GCAGACCTACAGGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 298513 GAAAGAATCTCAGTTACAAGAGGTA...CAGGCAGACCTACAGGTGGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGAGAGGCACAATTTTTTCGAGTCCTCTCTTGATTATGTTTATCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319068 AGGAGAGGCACAATTTTTTCGAGTCCTCTCTTGATTATGTTTATCAAATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGGAAGTTCAGGAGTCCAAGAAGTTCAATATTGTGGAGCCT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 319118 CAGGAAGTTCAGGAGTCCAAGAAGTTCAATATTGTGGAGCCTGTA...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598  GTCTTGGCCTTTCTTCATAGTCTGTTCATTTCTAACAGCCTGACTGTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320808 GGTCTTGGCCTTTCTTCATAGTCTGTTCATTTCTAACAGCCTGACTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGCTCACACAGGATTTCCTCCCATACAAACAACAGCTCCAACTCAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320858 AGCTCACACAGGATTTCCTCCCATACAAACAACAGCTCCAACTCAGTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGAAT         ACAAGAAATCATTTCTCCAGTACCCGGGAAGAGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320908 CAGAATGTG...CAGACAAGAAATCATTTCTCCAGTACCCGGGAAGAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAAGAACTTAAGAAAAGGATGAAAGAAGCTCCCCAGACATGCAAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322774 GGAAGAACTTAAGAAAAGGATGAAAGAAGCTCCCCAGACATGCAAACTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGGACAGCCAACTATTGAAGGCTATCTCTATACACAAGAGAAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 322824 CAGGACAGCCAACTATTGAAGGCTATCTCTATACACAAGAGAAATGTG..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833     GGGCTTTAGGAATATCCTGGGTGAAATACTATTGCCAGTATGAGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322874 .TAGGGGCTTTAGGAATATCCTGGGTGAAATACTATTGCCAGTATGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGAGACCAAAACACTGACCATGACGCCTATGGAGCAGAAGCCAGGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326394 AGAGACCAAAACACTGACCATGACGCCTATGGAGCAGAAGCCAGGTGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGCAG         GGGCCCTTGGACTTAACACTGAAGTACTGTGTGAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326444 AGCAGGTC...CAGGGGCCCTTGGACTTAACACTGAAGTACTGTGTGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGGAAGACGGAGTCTATCGACAAGAGGTTCTGTTTTGACATAGAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331347 AGGAAGACGGAGTCTATCGACAAGAGGTTCTGTTTTGACATAGAAACTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGAAAG         GCCAGGAACCATCACTCTGCAGGCCCTTTCAGAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331397 TGAAAGGTA...CAGGCCAGGAACCATCACTCTGCAGGCCCTTTCAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTAACAGAAGGCTATGGATGGAAGCCATGGATGGGAAAGAACCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 335792 CTAACAGAAGGCTATGGATGGAAGCCATGGATGGGAAAGAACCTGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105    ATCTACCACAGCCCTATAACAAAACAGCAAGAAA         TGGA
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 338520 TAGATCTACCACAGCCCTATAACAAAACAGCAAGAAAGTG...CAGTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GCTAAATGAAGTGGGCTTCAAGTTTGTCAGGAAGTGCATCAATATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339073 GCTAAATGAAGTGGGCTTCAAGTTTGTCAGGAAGTGCATCAATATTATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGACCAAAG         GGATCAAGACAGAAGGGTTGTACCGCACTGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 339123 AGACCAAAGGTA...TAGGGATCAAGACAGAAGGGTTGTACCGCACTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GGCAGCAATATTCAGGTTCAGAAGCTGCTGAATGCCTTTTTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 340060 GGCAGCAATATTCAGGTTCAGAAGCTGCTGAATGCCTTTTTTGGTA...T

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1277   ATCCTAAATGCCCAGGAGATGTTGATTTTCATAATAGTGACTGGGACA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 413687 AGATCCTAAATGCCCAGGAGATGTTGATTTTCATAATAGTGACTGGGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TTAAGACAATCACCAGCTCCTTGAAATTCTACCTCAG         GAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 413737 TTAAGACAATCACCAGCTCCTTGAAATTCTACCTCAGGTA...CAGGAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CTTTCTGAACCTGTCATGACCTATAGACTTCACAAAGAGCTGGTCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419786 CTTTCTGAACCTGTCATGACCTATAGACTTCACAAAGAGCTGGTCTCTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TGCCA         AGTCTGACAACCTGGATTACCGCCTAGGAGCTATTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419836 TGCCAGTA...CAGAGTCTGACAACCTGGATTACCGCCTAGGAGCTATTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 ACTCCCTGGTATATAAGCTACCAGAAAAGAACCGAGAGATGCTGGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 421098 ACTCCCTGGTATATAAGCTACCAGAAAAGAACCGAGAGATGCTGGAACTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 CTGATAAGACACTTGGTCAA         TGTGTGTGAGCACAGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 421148 CTGATAAGACACTTGGTCAAGTA...CAGTGTGTGTGAGCACAGCAAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 GAATCTTATGACCCCCTCCAACATGGGAGTAATCTTTGGGCCCACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 436013 GAATCTTATGACCCCCTCCAACATGGGAGTAATCTTTGGGCCCACCCTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 TGAGAGCTCAGGAGGACACTGTGGCCGCCATGATGAACATCAAATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 436063 TGAGAGCTCAGGAGGACACTGTGGCCGCCATGATGAACATCAAATTCCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 AACATAGTGGTGGAAATACTAATCGAGCACTTTGGCAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 436113 AACATAGTGGTGGAAATACTAATCGAGCACTTTGGCAAGGTA...CAGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 CTATTTAGGTCCACCTGAGGAAAGCGCTGCACCGCCAGTGCCTCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 459724 CTATTTAGGTCCACCTGAGGAAAGCGCTGCACCGCCAGTGCCTCCGCCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 GGGTGACAGCAAGAAGGCACAAACCAATCACGATTTCAAAGCGCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 459774 GGGTGACAGCAAGAAGGCACAAACCAATCACGATTTCAAAGCGCTTGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 CGAGAAAGGACGGTTTTCTATACTTCTTCCCTGGATGAAAGCGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 459824 CGAGAAAGGACGGTTTTCTATACTTCTTCCCTGGATGAAAGCGAAGGTC.

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1835      ATGAAATCCAACATCAAACACCGAATGGTACTATCACCAGCAGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 459874 ..TAGATGAAATCCAACATCAAACACCGAATGGTACTATCACCAGCAGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 TAGAACCCCCCAAGCCACCACAACACCCCAAACTACCTATTCAGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468889 TAGAACCCCCCAAGCCACCACAACACCCCAAACTACCTATTCAGAGGAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 GGGGAAACTGATCCTGGGAGGAAGTCCCCAAGCAGGCCTATTTTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468939 GGGGAAACTGATCCTGGGAGGAAGTCCCCAAGCAGGCCTATTTTGGATGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 CAAGTTGGAGCCCTGCCCAGAGGTGGACGTGGGGAAGTTGGTGTCTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468989 CAAGTTGGAGCCCTGCCCAGAGGTGGACGTGGGGAAGTTGGTGTCTAGGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 TGCAGGATGGAGGGACCAAGATCACCCCAAAGGCCACCAATGGACCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 469039 TGCAGGATGGAGGGACCAAGATCACCCCAAAGGCCACCAATGGACCCATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 CCAGGCTCTGGGCCCACCAAGACCCCCTCTTTCCACATAAAGAGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 469089 CCAGGCTCTGGGCCCACCAAGACCCCCTCTTTCCACATAAAGAGACCAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 TCCCCGGCCCCTGGCCCACCACAAGGAGG         GGGATGCTGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 469139 TCCCCGGCCCCTGGCCCACCACAAGGAGGGTA...CAGGGGATGCTGACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 GTTTCAGCAAAGTGCGGCCTCCAGGAGAAAAGCCAACCATCATCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 479223 GTTTCAGCAAAGTGCGGCCTCCAGGAGAAAAGCCAACCATCATCCGCCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 CCAGTGAGGCCCCCAGATCCTCCCTGCCGGGCAGCTACTCCCCAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 479273 CCAGTGAGGCCCCCAGATCCTCCCTGCCGGGCAGCTACTCCCCAAAAGCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 AGAACCAAAGCCAGATATTGTGGCTGGCAATGCGGGGGAAATCACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 479323 AGAACCAAAGCCAGATATTGTGGCTGGCAATGCGGGGGAAATCACATCAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 CTGT         GGTGGCTTCCAGGACCAGGTTTTTTGAAACAGCTTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 479373 CTGTGTA...CAGGGTGGCTTCCAGGACCAGGTTTTTTGAAACAGCTTCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 CGGAAAACAGGAAG         TTCTCAAGGCAGACTTCCTGGAGATGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 480468 CGGAAAACAGGAAGGTA...CAGTTCTCAAGGCAGACTTCCTGGAGATGA

   2600 
   2403 AAGT
        ||||
 484591 AAGT