seq1 = pF1KB9467.tfa, 3543 bp
seq2 = pF1KB9467/gi568815593f_52889469.tfa (gi568815593f:52889469_53190596), 301128 bp

>pF1KB9467 3543
>gi568815593f:52889469_53190596 (Chr5)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-185  (137280-137400)   100% ->
186-295  (152644-152753)   100% ->
296-387  (155533-155624)   100% ->
388-502  (158895-159009)   100% ->
503-630  (159175-159302)   100% ->
631-779  (161943-162091)   100% ->
780-930  (166070-166220)   100% ->
931-1096  (166516-166681)   100% ->
1097-1173  (168557-168633)   100% ->
1174-1312  (170406-170544)   100% ->
1313-1458  (171433-171578)   100% ->
1459-1602  (173318-173461)   100% ->
1603-1806  (175444-175647)   100% ->
1807-1943  (176373-176509)   100% ->
1944-2083  (177650-177789)   100% ->
2084-2235  (180641-180792)   100% ->
2236-2346  (182470-182580)   100% ->
2347-2429  (183145-183227)   100% ->
2430-2571  (183650-183791)   100% ->
2572-2664  (184917-185009)   100% ->
2665-2741  (185593-185669)   100% ->
2742-2825  (185753-185836)   100% ->
2826-2928  (189304-189406)   100% ->
2929-3039  (191043-191153)   100% ->
3040-3144  (192124-192228)   100% ->
3145-3258  (193872-193985)   100% ->
3259-3348  (197484-197573)   100% ->
3349-3465  (200478-200594)   100% ->
3466-3543  (201051-201128)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCCAGAACGGACAGGGGCCGCGCCGCTGCCGCTGCTGCTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCCAGAACGGACAGGGGCCGCGCCGCTGCCGCTGCTGCTGGTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGCTCAGTCAAG         GCATTTTAAATTGTTGTTTGGCCTACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGCTCAGTCAAGGTA...TAGGCATTTTAAATTGTTGTTTGGCCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGTTGGTCTCCCAGAAGCAAAAATATTTTCCGGTCCTTCAAGTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137307 ATGTTGGTCTCCCAGAAGCAAAAATATTTTCCGGTCCTTCAAGTGAACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGGCTATGCAGTGCAGCAGTTTATAAATCCAAAAGGCAACTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 137357 TTTGGCTATGCAGTGCAGCAGTTTATAAATCCAAAAGGCAACTGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GTTACTGGTTGGTTCACCCTGGAGTGGCTTTCCTGAGAACCGAATGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152641 TAGGTTACTGGTTGGTTCACCCTGGAGTGGCTTTCCTGAGAACCGAATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGATGTGTATAAATGTCCTGTTGACCTATCCACTGCCACATGTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152691 GAGATGTGTATAAATGTCCTGTTGACCTATCCACTGCCACATGTGAAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTAAATTTGCAAA         CTTCAACAAGCATTCCAAATGTTACTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 152741 CTAAATTTGCAAAGTA...AAGCTTCAACAAGCATTCCAAATGTTACTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATGAAAACCAACATGAGCCTCGGCTTGATCCTCACCAGGAACATGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155561 GATGAAAACCAACATGAGCCTCGGCTTGATCCTCACCAGGAACATGGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGGAGGTTTTCTC         ACATGTGGTCCTCTGTGGGCACAGCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 155611 CTGGAGGTTTTCTCGTG...AAGACATGTGGTCCTCTGTGGGCACAGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGTGGGAATCAGTATTACACAACGGGTGTGTGTTCTGACATCAGTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158922 TGTGGGAATCAGTATTACACAACGGGTGTGTGTTCTGACATCAGTCCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTTCAGCTCTCAGCCAGCTTCTCACCTGCAACTCAGC         CCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 158972 TTTTCAGCTCTCAGCCAGCTTCTCACCTGCAACTCAGCGTA...TAGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCCCTTCCCTCATAGATGTTGTGGTTGTGTGTGATGAATCAAATAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159178 GCCCTTCCCTCATAGATGTTGTGGTTGTGTGTGATGAATCAAATAGTATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATCCTTGGGATGCAGTAAAGAATTTTTTGGAAAAATTTGTACAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159228 TATCCTTGGGATGCAGTAAAGAATTTTTTGGAAAAATTTGTACAAGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGATATAGGCCCCACAAAGACACAG         GTGGGGTTAATTCAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 159278 GGATATAGGCCCCACAAAGACACAGGTA...AAGGTGGGGTTAATTCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGCCAATAATCCAAGAGTTGTGTTTAACTTGAACACATATAAAACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161959 ATGCCAATAATCCAAGAGTTGTGTTTAACTTGAACACATATAAAACCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAGAAATGATTGTAGCAACATCCCAGACATCCCAATATGGTGGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162009 GAAGAAATGATTGTAGCAACATCCCAGACATCCCAATATGGTGGGGACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CACAAACACATTCGGAGCAATTCAATATGCAAG         AAAATATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 162059 CACAAACACATTCGGAGCAATTCAATATGCAAGGTA...CAGAAAATATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTTATTCAGCAGCTTCTGGTGGGCGACGAAGTGCTACGAAAGTAATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166078 CTTATTCAGCAGCTTCTGGTGGGCGACGAAGTGCTACGAAAGTAATGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTTGTAACTGACGGTGAATCACATGATGGTTCAATGTTGAAAGCTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166128 GTTGTAACTGACGGTGAATCACATGATGGTTCAATGTTGAAAGCTGTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGATCAATGCAACCATGACAATATACTGAGGTTTGGCATAGCA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 166178 TGATCAATGCAACCATGACAATATACTGAGGTTTGGCATAGCAGTA...A

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    931   GTTCTTGGGTACTTAAACAGAAACGCCCTTGATACTAAAAATTTAATA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166514 AGGTTCTTGGGTACTTAAACAGAAACGCCCTTGATACTAAAAATTTAATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAGAAATAAAAGCAATCGCTAGTATTCCAACAGAAAGATACTTTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166564 AAAGAAATAAAAGCAATCGCTAGTATTCCAACAGAAAGATACTTTTTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTGTCTGATGAAGCAGCTCTACTAGAAAAGGCTGGGACATTAGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166614 TGTGTCTGATGAAGCAGCTCTACTAGAAAAGGCTGGGACATTAGGAGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAATTTTCAGCATTGAAG         GTACTGTTCAAGGAGGAGACAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 166664 AAATTTTCAGCATTGAAGGTA...CAGGTACTGTTCAAGGAGGAGACAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTTCAGATGGAAATGTCACAAGTGGGATTCAGTGCAGATTACTCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168580 TTTCAGATGGAAATGTCACAAGTGGGATTCAGTGCAGATTACTCTTCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AAAT         GATATTCTGATGCTGGGTGCAGTGGGAGCTTTTGGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168630 AAATGTG...TAGGATATTCTGATGCTGGGTGCAGTGGGAGCTTTTGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGAGTGGGACCATTGTCCAGAAGACATCTCATGGCCATTTGATCTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170443 GGAGTGGGACCATTGTCCAGAAGACATCTCATGGCCATTTGATCTTTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAACAAGCCTTTGACCAAATTCTGCAGGACAGAAATCACAGTTCATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170493 AAACAAGCCTTTGACCAAATTCTGCAGGACAGAAATCACAGTTCATATTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AG         GTTACTCTGTGGCTGCAATTTCTACTGGAGAAAGCACTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170543 AGGTA...TAGGTTACTCTGTGGCTGCAATTTCTACTGGAGAAAGCACTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACTTTGTTGCTGGTGCTCCTCGGGCAAATTATACCGGCCAGATAGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171472 ACTTTGTTGCTGGTGCTCCTCGGGCAAATTATACCGGCCAGATAGTGCTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TATAGTGTGAATGAGAATGGCAATATCACGGTTATTCAGGCTCACCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171522 TATAGTGTGAATGAGAATGGCAATATCACGGTTATTCAGGCTCACCGAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGACCAG         ATTGGCTCCTATTTTGGTAGTGTGCTGTGTTCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171572 TGACCAGGTA...CAGATTGGCTCCTATTTTGGTAGTGTGCTGTGTTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTGATGTGGATAAAGACACCATTACAGACGTGCTCTTGGTAGGTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173352 TTGATGTGGATAAAGACACCATTACAGACGTGCTCTTGGTAGGTGCACCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ATGTACATGAGTGACCTAAAGAAAGAGGAAGGAAGAGTCTACCTGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173402 ATGTACATGAGTGACCTAAAGAAAGAGGAAGGAAGAGTCTACCTGTTTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TATCAAAGAG         GGCATTTTGGGTCAGCACCAATTTCTTGAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 173452 TATCAAAGAGGTA...AAGGGCATTTTGGGTCAGCACCAATTTCTTGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GCCCCGAGGGCATTGAAAACACTCGATTTGGTTCAGCAATTGCAGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175475 GCCCCGAGGGCATTGAAAACACTCGATTTGGTTCAGCAATTGCAGCTCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TCAGACATCAACATGGATGGCTTTAATGATGTGATTGTTGGTTCACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175525 TCAGACATCAACATGGATGGCTTTAATGATGTGATTGTTGGTTCACCACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AGAAAATCAGAATTCTGGAGCTGTATACATTTACAATGGTCATCAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175575 AGAAAATCAGAATTCTGGAGCTGTATACATTTACAATGGTCATCAGGGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CTATCCGCACAAAGTATTCCCAG         AAAATCTTGGGATCCGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 175625 CTATCCGCACAAAGTATTCCCAGGTA...TAGAAAATCTTGGGATCCGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GGAGCCTTTAGGAGCCATCTCCAGTACTTTGGGAGGTCCTTGGATGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176391 GGAGCCTTTAGGAGCCATCTCCAGTACTTTGGGAGGTCCTTGGATGGCTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGGAGATTTAAATGGGGATTCCATCACCGATGTGTCTATTGGTGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176441 TGGAGATTTAAATGGGGATTCCATCACCGATGTGTCTATTGGTGCCTTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GACAAGTGGTTCAACTCTG         GTCACAAAGTATTGCTGATGTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 176491 GACAAGTGGTTCAACTCTGGTG...TAGGTCACAAAGTATTGCTGATGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GCTATAGAAGCTTCATTCACACCAGAAAAAATCACTTTGGTCAACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177672 GCTATAGAAGCTTCATTCACACCAGAAAAAATCACTTTGGTCAACAAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGCTCAGATAATTCTCAAACTCTGCTTCAGTGCAAAGTTCAGACCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177722 TGCTCAGATAATTCTCAAACTCTGCTTCAGTGCAAAGTTCAGACCTACTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AGCAAAACAATCAAGTGG         CCATTGTATATAACATCACACTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 177772 AGCAAAACAATCAAGTGGGTG...TAGCCATTGTATATAACATCACACTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GATGCAGATGGATTTTCATCCAGAGTAACCTCCAGGGGGTTATTTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180664 GATGCAGATGGATTTTCATCCAGAGTAACCTCCAGGGGGTTATTTAAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 AAACAATGAAAGGTGCCTGCAGAAGAATATGGTAGTAAATCAAGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180714 AAACAATGAAAGGTGCCTGCAGAAGAATATGGTAGTAAATCAAGCACAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GTTGCCCCGAGCACATCATTTATATACAG         GAGCCCTCTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 180764 GTTGCCCCGAGCACATCATTTATATACAGGTA...TAGGAGCCCTCTGAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GTTGTCAACTCTTTGGATTTGCGTGTGGACATCAGTCTGGAAAACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182482 GTTGTCAACTCTTTGGATTTGCGTGTGGACATCAGTCTGGAAAACCCTGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CACTAGCCCTGCCCTTGAAGCCTATTCTGAGACTGCCAAGGTCTTCAGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 182532 CACTAGCCCTGCCCTTGAAGCCTATTCTGAGACTGCCAAGGTCTTCAGTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2347         ATTCCTTTCCACAAAGACTGTGGTGAGGACGGACTTTGCATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182582 TA...TAGATTCCTTTCCACAAAGACTGTGGTGAGGACGGACTTTGCATT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 TCTGATCTAGTCCTAGATGTCCGACAAATACCAGCTGCTCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 183187 TCTGATCTAGTCCTAGATGTCCGACAAATACCAGCTGCTCAGTA...CAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 AGAACAACCCTTTATTGTCAGCAACCAAAACAAAAGGTTAACATTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183650 AGAACAACCCTTTATTGTCAGCAACCAAAACAAAAGGTTAACATTTTCAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 TAACGCTGAAAAATAAAAGGGAAAGTGCATACAACACTGGAATTGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183700 TAACGCTGAAAAATAAAAGGGAAAGTGCATACAACACTGGAATTGTTGTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 GATTTTTCAGAAAACTTGTTTTTTGCATCATTCTCCCTGCCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 183750 GATTTTTCAGAAAACTTGTTTTTTGCATCATTCTCCCTGCCGGTA...CA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2572  GTTGATGGGACAGAAGTAACATGCCAGGTGGCTGCATCTCAGAAGTCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184916 GGTTGATGGGACAGAAGTAACATGCCAGGTGGCTGCATCTCAGAAGTCTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 TTGCCTGCGATGTAGGCTACCCTGCTTTAAAGAGAGAACAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 184966 TTGCCTGCGATGTAGGCTACCCTGCTTTAAAGAGAGAACAACAGGTA...

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2665    GTGACTTTTACTATTAACTTTGACTTCAATCTTCAAAACCTTCAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185590 TAGGTGACTTTTACTATTAACTTTGACTTCAATCTTCAAAACCTTCAGAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 TCAGGCGTCTCTCAGTTTCCAAGCCTTAAG         TGAAAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 185640 TCAGGCGTCTCTCAGTTTCCAAGCCTTAAGGTA...TAGTGAAAGCCAAG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 AAGAAAACAAGGCTGATAATTTGGTCAACCTCAAAATTCCTCTCCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185764 AAGAAAACAAGGCTGATAATTTGGTCAACCTCAAAATTCCTCTCCTGTAT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 GATGCTGAAATTCACTTAACAAG         ATCTACCAACATAAATTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 185814 GATGCTGAAATTCACTTAACAAGGTA...CAGATCTACCAACATAAATTT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2844 TTATGAAATCTCTTCGGATGGGAATGTTCCTTCAATCGTGCACAGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189322 TTATGAAATCTCTTCGGATGGGAATGTTCCTTCAATCGTGCACAGTTTTG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2894 AAGATGTTGGTCCAAAATTCATCTTCTCCCTGAAG         GTAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 189372 AAGATGTTGGTCCAAAATTCATCTTCTCCCTGAAGGTT...TAGGTAACA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2935 ACAGGAAGTGTTCCAGTAAGCATGGCAACTGTAATCATCCACATCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191049 ACAGGAAGTGTTCCAGTAAGCATGGCAACTGTAATCATCCACATCCCTCA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2985 GTATACCAAAGAAAAGAACCCACTGATGTACCTAACTGGGGTGCAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191099 GTATACCAAAGAAAAGAACCCACTGATGTACCTAACTGGGGTGCAAACAG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3035 ACAAG         GCTGGTGACATCAGTTGTAATGCAGATATCAATCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191149 ACAAGGTA...TAGGCTGGTGACATCAGTTGTAATGCAGATATCAATCCA

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3076 CTGAAAATAGGACAAACATCTTCTTCTGTATCTTTCAAAAGTGAAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192160 CTGAAAATAGGACAAACATCTTCTTCTGTATCTTTCAAAAGTGAAAATTT

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3126 CAGGCACACCAAAGAATTG         AACTGCAGAACTGCTTCCTGTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 192210 CAGGCACACCAAAGAATTGGTG...AAGAACTGCAGAACTGCTTCCTGTA

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3167 GTAATGTTACCTGCTGGTTGAAAGACGTTCACATGAAAGGAGAATACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193894 GTAATGTTACCTGCTGGTTGAAAGACGTTCACATGAAAGGAGAATACTTT

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3217 GTTAATGTGACTACCAGAATTTGGAACGGGACTTTCGCATCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 193944 GTTAATGTGACTACCAGAATTTGGAACGGGACTTTCGCATCAGTA...CA

   3500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3259  TCAACGTTCCAGACAGTACAGCTAACGGCAGCTGCAGAAATCAACACCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197483 GTCAACGTTCCAGACAGTACAGCTAACGGCAGCTGCAGAAATCAACACCT

   3550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3308 ATAACCCTGAGATATATGTGATTGAAGATAACACTGTTACG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 197533 ATAACCCTGAGATATATGTGATTGAAGATAACACTGTTACGGTG...CAG

   3600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3349 ATTCCCCTGATGATAATGAAACCTGATGAGAAAGCCGAAGTACCAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200478 ATTCCCCTGATGATAATGAAACCTGATGAGAAAGCCGAAGTACCAACAGG

   3650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3399 AGTTATAATAGGAAGTATAATTGCTGGAATCCTTTTGCTGTTAGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200528 AGTTATAATAGGAAGTATAATTGCTGGAATCCTTTTGCTGTTAGCTCTGG

   3700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3449 TTGCAATTTTATGGAAG         CTCGGCTTCTTCAAAAGAAAATAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 200578 TTGCAATTTTATGGAAGGTA...CAGCTCGGCTTCTTCAAAAGAAAATAT

   3750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3490 GAAAAGATGACCAAAAATCCAGATGAGATTGATGAGACCACAGAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201075 GAAAAGATGACCAAAAATCCAGATGAGATTGATGAGACCACAGAGCTCAG

   3800 
   3540 TAGC
        ||||
 201125 TAGC