seq1 = pF1KB9462.tfa, 2736 bp
seq2 = pF1KB9462/gi568815592r_33922824.tfa (gi568815592r:33922824_34233496), 310673 bp

>pF1KB9462 2736
>gi568815592r:33922824_34233496 (Chr6)

(complement)

1-519  (100001-100519)   100% ->
520-736  (141398-141614)   100% ->
737-872  (171469-171604)   100% ->
873-1027  (174369-174523)   100% ->
1028-1168  (176813-176953)   100% ->
1169-1369  (192749-192949)   100% ->
1370-1506  (193183-193319)   100% ->
1507-2442  (196894-197829)   100% ->
2443-2689  (205131-205377)   100% ->
2690-2736  (210627-210673)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGGGAAGAGAGGCTTGGGCTGGTGGTGGGCCCGGCTGCCCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGGGAAGAGAGGCTTGGGCTGGTGGTGGGCCCGGCTGCCCCTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTCCTCAGCCTTTACGGCCCCTGGATGCCTTCCTCCCTGGGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCTCCTCAGCCTTTACGGCCCCTGGATGCCTTCCTCCCTGGGAAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAAGGCCACCCTCACATGAATTCCATCCGCATAGATGGGGACATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAAAGGCCACCCTCACATGAATTCCATCCGCATAGATGGGGACATCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGGAGGCCTGTTCCCGGTGCATGGCCGGGGCTCAGAGGGCAAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGGAGGCCTGTTCCCGGTGCATGGCCGGGGCTCAGAGGGCAAGCCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGAGAACTTAAGAAGGAAAAGGGCATCCACCGGCTGGAGGCCATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGAGAACTTAAGAAGGAAAAGGGCATCCACCGGCTGGAGGCCATGCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGCCCTGGATCGCATCAACAACGACCCGGACCTGCTGCCTAACATCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGCCCTGGATCGCATCAACAACGACCCGGACCTGCTGCCTAACATCACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGGCGCCCGCATTCTGGACACCTGCTCCAGGGACACCCATGCCCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGGCGCCCGCATTCTGGACACCTGCTCCAGGGACACCCATGCCCTCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGTCGCTGACCTTTGTGCAGGCGCTCATCGAGAAGGATGGCACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGTCGCTGACCTTTGTGCAGGCGCTCATCGAGAAGGATGGCACAGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCGCTGTGGCAGTGGCGGCCCACCCATCATCACCAAGCCTGAACGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCGCTGTGGCAGTGGCGGCCCACCCATCATCACCAAGCCTGAACGTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGGGTGTCATCGGTGCTTCAGGGAGCTCGGTCTCCATCATGGTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGGGTGTCATCGGTGCTTCAGGGAGCTCGGTCTCCATCATGGTGGCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATCCTTCGCCTCTTCAAG         ATACCCCAGATCAGCTACGCCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100501 CATCCTTCGCCTCTTCAAGGTC...CAGATACCCCAGATCAGCTACGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCACAGCGCCAGACCTGAGTGACAACAGCCGCTACGACTTCTTCTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141420 CCACAGCGCCAGACCTGAGTGACAACAGCCGCTACGACTTCTTCTCCCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGGTGCCCTCGGACACGTACCAGGCCCAGGCCATGGTGGACATCGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141470 GTGGTGCCCTCGGACACGTACCAGGCCCAGGCCATGGTGGACATCGTCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGCCCTCAAGTGGAACTATGTGTCCACAGTGGCCTCGGAGGGCAGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141520 TGCCCTCAAGTGGAACTATGTGTCCACAGTGGCCTCGGAGGGCAGCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTGAGAGCGGTGTGGAGGCCTTCATCCAGAAGTCCCGTGAGGACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 141570 GTGAGAGCGGTGTGGAGGCCTTCATCCAGAAGTCCCGTGAGGACGGTG..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737     GGGGCGTGTGCATCGCCCAGTCGGTGAAGATACCACGGGAGCCCAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141620 .CAGGGGGCGTGTGCATCGCCCAGTCGGTGAAGATACCACGGGAGCCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGCAGGCGAGTTCGACAAGATCATCCGCCGCCTCCTGGAGACTTCGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171515 GGCAGGCGAGTTCGACAAGATCATCCGCCGCCTCCTGGAGACTTCGAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCAGGGCAGTCATCATCTTTGCCAACGAGGATGACATCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 171565 CCAGGGCAGTCATCATCTTTGCCAACGAGGATGACATCAGGTG...CAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGTGTGCTGGAGGCAGCACGAAGGGCCAACCAGACAGGCCATTTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174370 CGTGTGCTGGAGGCAGCACGAAGGGCCAACCAGACAGGCCATTTCTTCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GATGGGCTCTGACAGCTGGGGCTCCAAGATTGCACCTGTGCTGCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174420 GATGGGCTCTGACAGCTGGGGCTCCAAGATTGCACCTGTGCTGCACCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGAGGTGGCTGAGGGTGCTGTCACGATCCTCCCCAAGAGGATGTCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174470 AGGAGGTGGCTGAGGGTGCTGTCACGATCCTCCCCAAGAGGATGTCCGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGAG         GCTTCGACCGCTACTTCTCCAGCCGCACGCTGGACAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174520 CGAGGTA...CAGGCTTCGACCGCTACTTCTCCAGCCGCACGCTGGACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAACCGGCGCAACATCTGGTTTGCCGAGTTCTGGGAGGACAACTTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176850 CAACCGGCGCAACATCTGGTTTGCCGAGTTCTGGGAGGACAACTTCCACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GCAAGCTGAGCCGCCACGCCCTCAAGAAGGGCAGCCACGTCAAGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176900 GCAAGCTGAGCCGCCACGCCCTCAAGAAGGGCAGCCACGTCAAGAAGTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACCA         ACCGTGAGCGAATTGGGCAGGATTCAGCTTATGAGCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176950 ACCAGTG...CAGACCGTGAGCGAATTGGGCAGGATTCAGCTTATGAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGAGGGGAAGGTGCAGTTTGTGATCGATGCCGTGTACGCCATGGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192786 GGAGGGGAAGGTGCAGTTTGTGATCGATGCCGTGTACGCCATGGGCCACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CGCTGCACGCCATGCACCGTGACCTGTGTCCCGGCCGCGTGGGGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192836 CGCTGCACGCCATGCACCGTGACCTGTGTCCCGGCCGCGTGGGGCTCTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CCGCGCATGGACCCTGTAGATGGCACCCAGCTGCTTAAGTACATCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192886 CCGCGCATGGACCCTGTAGATGGCACCCAGCTGCTTAAGTACATCCGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CGTCAACTTCTCAG         GCATCGCAGGGAACCCTGTGACCTTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 192936 CGTCAACTTCTCAGGTG...CAGGCATCGCAGGGAACCCTGTGACCTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ATGAGAATGGAGATGCGCCTGGGCGCTATGACATCTACCAATACCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193210 ATGAGAATGGAGATGCGCCTGGGCGCTATGACATCTACCAATACCAGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CGCAACGATTCTGCCGAGTACAAGGTCATTGGCTCCTGGACTGACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193260 CGCAACGATTCTGCCGAGTACAAGGTCATTGGCTCCTGGACTGACCACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GCACCTTAGA         ATAGAGCGGATGCACTGGCCGGGGAGCGGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 193310 GCACCTTAGAGTA...CAGATAGAGCGGATGCACTGGCCGGGGAGCGGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AGCAGCTGCCCCGCTCCATCTGCAGCCTGCCCTGCCAACCGGGTGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196925 AGCAGCTGCCCCGCTCCATCTGCAGCCTGCCCTGCCAACCGGGTGAGCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 AAGAAGACAGTGAAGGGCATGCCTTGCTGCTGGCACTGCGAGCCTTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196975 AAGAAGACAGTGAAGGGCATGCCTTGCTGCTGGCACTGCGAGCCTTGCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 AGGGTACCAGTACCAGGTGGACCGCTACACCTGTAAGACGTGTCCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197025 AGGGTACCAGTACCAGGTGGACCGCTACACCTGTAAGACGTGTCCCTATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ACATGCGGCCCACAGAGAACCGCACGGGCTGCCGGCCCATCCCCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197075 ACATGCGGCCCACAGAGAACCGCACGGGCTGCCGGCCCATCCCCATCATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 AAGCTTGAGTGGGGCTCGCCCTGGGCCGTGCTGCCCCTCTTCCTGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197125 AAGCTTGAGTGGGGCTCGCCCTGGGCCGTGCTGCCCCTCTTCCTGGCCGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GGTGGGCATCGCTGCCACGTTGTTCGTGGTGATCACCTTTGTGCGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197175 GGTGGGCATCGCTGCCACGTTGTTCGTGGTGATCACCTTTGTGCGCTACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 ACGACACGCCCATCGTCAAGGCCTCGGGCCGTGAACTGAGCTACGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197225 ACGACACGCCCATCGTCAAGGCCTCGGGCCGTGAACTGAGCTACGTGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 CTGGCAGGCATCTTCCTGTGCTATGCCACCACCTTCCTCATGATCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197275 CTGGCAGGCATCTTCCTGTGCTATGCCACCACCTTCCTCATGATCGCTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 GCCCGACCTTGGCACCTGCTCGCTGCGCCGAATCTTCCTGGGACTAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197325 GCCCGACCTTGGCACCTGCTCGCTGCGCCGAATCTTCCTGGGACTAGGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 TGAGCATCAGCTATGCAGCCCTGCTCACCAAGACCAACCGCATCTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197375 TGAGCATCAGCTATGCAGCCCTGCTCACCAAGACCAACCGCATCTACCGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 ATCTTCGAGCAGGGCAAGCGCTCGGTCAGTGCCCCACGCTTCATCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197425 ATCTTCGAGCAGGGCAAGCGCTCGGTCAGTGCCCCACGCTTCATCAGCCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 CGCCTCACAGCTGGCCATCACCTTCAGCCTCATCTCGCTGCAGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197475 CGCCTCACAGCTGGCCATCACCTTCAGCCTCATCTCGCTGCAGCTGCTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 GCATCTGTGTGTGGTTTGTGGTGGACCCCTCCCACTCGGTGGTGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197525 GCATCTGTGTGTGGTTTGTGGTGGACCCCTCCCACTCGGTGGTGGACTTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 CAGGACCAGCGGACACTCGACCCCCGCTTCGCCAGGGGTGTGCTCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197575 CAGGACCAGCGGACACTCGACCCCCGCTTCGCCAGGGGTGTGCTCAAGTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 TGACATCTCGGACCTGTCGCTCATCTGCCTGCTGGGCTACAGCATGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197625 TGACATCTCGGACCTGTCGCTCATCTGCCTGCTGGGCTACAGCATGCTGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 TCATGGTCACGTGCACCGTGTATGCCATCAAGACACGCGGCGTGCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197675 TCATGGTCACGTGCACCGTGTATGCCATCAAGACACGCGGCGTGCCCGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2338 ACCTTCAATGAGGCCAAGCCCATTGGCTTCACCATGTACACCACTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197725 ACCTTCAATGAGGCCAAGCCCATTGGCTTCACCATGTACACCACTTGCAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2388 CGTCTGGCTGGCCTTCATCCCCATCTTCTTTGGCACCTCGCAGTCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197775 CGTCTGGCTGGCCTTCATCCCCATCTTCTTTGGCACCTCGCAGTCGGCCG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2438 ACAAG         CTGTACATCCAGACGACGACGCTGACGGTCTCGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197825 ACAAGGTG...CAGCTGTACATCCAGACGACGACGCTGACGGTCTCGGTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2479 AGTCTGAGCGCCTCGGTGTCCCTGGGAATGCTCTACATGCCCAAAGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205167 AGTCTGAGCGCCTCGGTGTCCCTGGGAATGCTCTACATGCCCAAAGTCTA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2529 CATCATCCTCTTCCACCCGGAGCAGAACGTGCCCAAGCGCAAGCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205217 CATCATCCTCTTCCACCCGGAGCAGAACGTGCCCAAGCGCAAGCGCAGCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2579 TCAAAGCCGTCGTTACGGCGGCCACCATGTCCAACAAGTTCACGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205267 TCAAAGCCGTCGTTACGGCGGCCACCATGTCCAACAAGTTCACGCAGAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2629 GGCAACTTCCGGCCCAACGGAGAGGCCAAGTCTGAGCTCTGCGAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205317 GGCAACTTCCGGCCCAACGGAGAGGCCAAGTCTGAGCTCTGCGAGAACCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2679 TGAGGCCCCAG         CGCTGGCCACCAAACAGACTTACGTCACTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 205367 TGAGGCCCCAGGTG...CAGCGCTGGCCACCAAACAGACTTACGTCACTT

   2800     .    :    .
   2720 ACACCAACCATGCAATC
        |||||||||||||||||
 210657 ACACCAACCATGCAATC