seq1 = pF1KB9457.tfa, 2496 bp
seq2 = pF1KB9457/gi568815589f_33194418.tfa (gi568815589f:33194418_33447114), 252697 bp

>pF1KB9457 2496
>gi568815589f:33194418_33447114 (Chr9)

1-25  (96156-96180)   100% ->
26-1033  (100003-101010)   99% ->
1034-1192  (106846-107004)   100% ->
1193-1270  (108774-108851)   100% ->
1271-1376  (112777-112882)   100% ->
1377-1448  (116689-116760)   100% ->
1449-1588  (119237-119376)   100% ->
1589-1688  (124314-124413)   100% ->
1689-1906  (124493-124710)   100% ->
1907-2004  (134164-134261)   100% ->
2005-2035  (138055-138085)   100% ->
2036-2115  (144093-144172)   100% ->
2116-2224  (148329-148437)   100% ->
2225-2344  (149652-149771)   100% ->
2345-2424  (152621-152700)   100% ->
2425-2496  (153249-153320)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGGCGCCTCCTGTCTCAG         GTACTTTTAAATTCAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  96156 ATGGCGGAGGCGCCTCCTGTCTCAGGTA...TAGGTACTTTTAAATTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TACAGATGCTGCTGAATTCATTCCTCAGGAAAAAAAAAATTCTGGTCTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100019 TACAGATGCTGCTGAATTCATTCCTCAGGAGAAAAAAAATTCTGGTCTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTGTGGGACTCAAAGGAGACTAGACTCTAATAGGATTGGTAGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 ATTGTGGGACTCAAAGGAGACTAGACTCTAATAGGATTGGTAGAAGAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACAGTTCACCACCTCCCTGTCACCTTTCCAGGCAGGTCCCTTATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 TACAGTTCACCACCTCCCTGTCACCTTTCCAGGCAGGTCCCTTATGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATCTCTGCTGTTCATCAGCATAGTTATCATCCGTCAGGAAGCAAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100169 AATCTCTGCTGTTCATCAGCATAGTTATCATCCGTCAGGAAGCAAACCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGTCAGCAGACGTCTTTCCAGTCCTCTCCTTGTAATAAATCGCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100219 AGAGTCAGCAGACGTCTTTCCAGTCCTCTCCTTGTAATAAATCGCCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCCATGGCCTTCAGAATCAACCTTGGCAGAAATTGAGGAATGAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100269 AGCCATGGCCTTCAGAATCAACCTTGGCAGAAATTGAGGAATGAGAAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCATATCAGAGTCAAGAAAGCACAGAGTCTTGCTGAGCAGACCTCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100319 CCATATCAGAGTCAAGAAAGCACAGAGTCTTGCTGAGCAGACCTCAGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGCTGGATTAGAGAGCTCGACCAGATCAGAGAGTGGGACAGACCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100369 CAGCTGGATTAGAGAGCTCGACCAGATCAGAGAGTGGGACAGACCTCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCATAGTCCTTCTGAGAGTGAGAAGGAAGTTGTGGGTGCAGATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100419 GAGCATAGTCCTTCTGAGAGTGAGAAGGAAGTTGTGGGTGCAGATCCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGGAGCAAAACCCAAAAAAGCAACACAGTTTGTATACAGCTATGGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100469 GGGAGCAAAACCCAAAAAAGCAACACAGTTTGTATACAGCTATGGTAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GACCAAAAGTCAAGGGGAAACTCAAATGTGAATGGAGTAACCGAACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100519 GACCAAAAGTCAAGGGGAAACTCAAATGTGAATGGAGTAACCGAACAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCAAAACCGGAGGATGCTGGACCCGAAAGTACCAAACCTGTGGGGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100569 CCAAAACCGGAGGATGCTGGACCCGAAAGTACCAAACCTGTGGGGGTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCACCCTGACTCTTCAGAGGCATCCTCTAGAAAAGGAGTATTGGATGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100619 CCACCCTGACTCTTCAGAGGCATCCTCTAGAAAAGGAGTATTGGATGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGGAGCCAGACGAAATGAGCAGAGAAGATACCCACAGAAAAGGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100669 ATGGAGCCAGACGAAATGAGCAGAGAAGATACCCACAGAAAAGGCCTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGGGAAGTGGAGGGGGCCAGGCCACGACCAGGCAGAAATCCACCAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100719 TGGGAAGTGGAGGGGGCCAGGCCACGACCAGGCAGAAATCCACCAAAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGAGGGCCACCGACATACAAACGCAGGACACAGAAACAACATGGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100769 GGAGGGCCACCGACATACAAACGCAGGACACAGAAACAACATGGGCCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TTCCAAAGGATGACCTCAATGAAAGACCAGCAAAATCTACCTGTGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100819 TTCCAAAGGATGACCTCAATGAAAGACCAGCAAAATCTACCTGTGACAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAGAACTTGGCAGTCATCAACAAGTCTTCCAGGAGGGTTGACCAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100869 GAGAACTTGGCAGTCATCAACAAGTCTTCCAGGAGGGTTGACCAAGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 ATGCACTGTACGGAGGCAGGATCCTCAAGTAGTATCTCCTTTCTCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100919 ATGCACTGTACGGAGGCAGGATCCTCAAGTAGTATCTCCTTTCTCCCGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCAAACAGAACCATGTGCTAAAGAATGTGGAAACGCACACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100969 GCAAACAGAACCATGTGCTAAAGAATGTGGAAACGCACACAGGTA...CA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034  GTTCTCTAATTGAACAACTAACAACAGAAAAATACGAGTGCATGGTGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106845 GGTTCTCTAATTGAACAACTAACAACAGAAAAATACGAGTGCATGGTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTGTGAATTGGTTCGTGTCACGGCCCCAGTGTGGAGTTGTCAGAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106895 CTGTGAATTGGTTCGTGTCACGGCCCCAGTGTGGAGTTGTCAGAGCTGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ACCATGTGTTTCATTTGAACTGCATAAAGAAATGGGCAAGGTCTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106945 ACCATGTGTTTCATTTGAACTGCATAAAGAAATGGGCAAGGTCTCCAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TCTCAAGCAG         ATGGCCAGAGTGGTTGGAGGTGCCCTGCCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106995 TCTCAAGCAGGTC...CAGATGGCCAGAGTGGTTGGAGGTGCCCTGCCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TCAGAATGTTTCTGCACATGTTCCTAATACCTACACTTGTTTCTGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108805 TCAGAATGTTTCTGCACATGTTCCTAATACCTACACTTGTTTCTGTGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1271       GCAAGGTAAAGAATCCTGAGTGGAGCAGAAATGAAATTCCACAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108855 ...TAGGCAAGGTAAAGAATCCTGAGTGGAGCAGAAATGAAATTCCACAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AGCTGTGGTGAGGTTTGTAGAAAGAAACAGCCTGGCCAGGACTGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112821 AGCTGTGGTGAGGTTTGTAGAAAGAAACAGCCTGGCCAGGACTGCCCACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TTCCTGTAACCT         TCTCTGCCATCCAGGACCCTGCCCACCCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112871 TTCCTGTAACCTGTA...CAGTCTCTGCCATCCAGGACCCTGCCCACCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GCCCTGCCTTTATGACAAAAACATGTGAATGTGGACGAACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116718 GCCCTGCCTTTATGACAAAAACATGTGAATGTGGACGAACCAGGTA...C

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1449   GCACACAGTTCGCTGTGGTCAGGCTGTCTCAGTCCACTGTTCTAACCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119235 AGGCACACAGTTCGCTGTGGTCAGGCTGTCTCAGTCCACTGTTCTAACCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 ATGTGAGAATATTTTGAACTGTGGTCAGCACCAGTGTGCTGAGCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119285 ATGTGAGAATATTTTGAACTGTGGTCAGCACCAGTGTGCTGAGCTGTGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 ATGGGGGTCAGTGCCAGCCTTGCCAGATCATTTTGAACCAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119335 ATGGGGGTCAGTGCCAGCCTTGCCAGATCATTTTGAACCAGGGTA...AA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589  TATGCTATTGCGGCAGCACCTCCCGAGATGTGTTATGTGGAACCGATGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124313 GTATGCTATTGCGGCAGCACCTCCCGAGATGTGTTATGTGGAACCGATGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 AGGAAAGTCTGATGGATTTGGGGATTTCAGCTGTTTAAAGATATGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124363 AGGAAAGTCTGATGGATTTGGGGATTTCAGCTGTTTAAAGATATGTGGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 A         GGACTTGAAATGCGGTAACCATACATGTTCGCAAGTGTGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124413 AGTA...CAGGGACTTGAAATGCGGTAACCATACATGTTCGCAAGTGTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CACCCTCAGCCCTGCCAGCAATGCCCACGGCTCCCCCAGCTGGTGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124533 CACCCTCAGCCCTGCCAGCAATGCCCACGGCTCCCCCAGCTGGTGCGCTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 TTGCCCCTGTGGCCAAACTCCTCTCAGCCAATTGCTAGAACTTGGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124583 TTGCCCCTGTGGCCAAACTCCTCTCAGCCAATTGCTAGAACTTGGAAGTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GTAGTCGGAAAACATGCATGGACCCTGTGCCTTCATGTGGAAAAGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124633 GTAGTCGGAAAACATGCATGGACCCTGTGCCTTCATGTGGAAAAGTGTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GGCAAGCCTCTGCCTTGTGGTTCCTTAG         ATTTCATTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 124683 GGCAAGCCTCTGCCTTGTGGTTCCTTAGGTA...AAGATTTCATTCATAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CTGTGAAAAGCTCTGCCATGAAGGAGACTGTGGACCATGCTCTCGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134177 CTGTGAAAAGCTCTGCCATGAAGGAGACTGTGGACCATGCTCTCGCACAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CAGTTATTTCCTGCAGATGCTCTTTCAGAACAAAG         GAGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 134227 CAGTTATTTCCTGCAGATGCTCTTTCAGAACAAAGGTA...TAGGAGCTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CCATGTACCAGTCTCAAAAGTGAAG         ATGCTACATTTATGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 138061 CCATGTACCAGTCTCAAAAGTGAAGGTA...CAGATGCTACATTTATGTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TGACAAGCGGTGTAACAAGAAACGGTTGTGTGGACGGCATAAATGTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144109 TGACAAGCGGTGTAACAAGAAACGGTTGTGTGGACGGCATAAATGTAATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 AGATATGCTGTGTG         GATAAGGAGCACAAGTGTCCTTTGATT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 144159 AGATATGCTGTGTGGTA...CAGGATAAGGAGCACAAGTGTCCTTTGATT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 TGTGGGAGGAAACTCCGTTGTGGCCTTCATAGGTGTGAAGAACCTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148356 TGTGGGAGGAAACTCCGTTGTGGCCTTCATAGGTGTGAAGAACCTTGTCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 TCGTGGAAACTGCCAGACATGCTGGCAAGCCA         GTTTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 148406 TCGTGGAAACTGCCAGACATGCTGGCAAGCCAGTG...CAGGTTTTGATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 AATTAACCTGCCATTGTGGTGCATCAGTGATTTACCCTCCAGTTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149661 AATTAACCTGCCATTGTGGTGCATCAGTGATTTACCCTCCAGTTCCCTGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 GGTACTAGGCCCCCTGAATGTACCCAAACCTGCGCTAGAGTCCATGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149711 GGTACTAGGCCCCCTGAATGTACCCAAACCTGCGCTAGAGTCCATGAGTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 TGACCATCCAG         TATATCATTCTTGTCATAGTGAGGAGAAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 149761 TGACCATCCAGGTG...CAGTATATCATTCTTGTCATAGTGAGGAGAAGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 GTCCCCCTTGCACTTTCCTAACTCAGAAGTGGTGCATGGGCAAGCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152651 GTCCCCCTTGCACTTTCCTAACTCAGAAGTGGTGCATGGGCAAGCATGAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425          TCCCACTACTGGGCGTCTACCCAGAAGAAAAGAAGTCATTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152701 GTA...CAGTCCCACTACTGGGCGTCTACCCAGAAGAAAAGAAGTCATTA

   2600     .    :    .    :    .    :
   2466 TATGAAAAAGATACCTGCACACGCATGTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 153290 TATGAAAAAGATACCTGCACACGCATGTTTA