seq1 = pF1KB9454.tfa, 1557 bp
seq2 = pF1KB9454/gi568815575f_21743168.tfa (gi568815575f:21743168_21982652), 239485 bp

>pF1KB9454 1557
>gi568815575f:21743168_21982652 (ChrX)

1-75  (96568-96642)   100% ->
76-224  (100003-100151)   99% ->
225-438  (102004-102217)   100% ->
439-542  (108342-108445)   100% ->
543-670  (110209-110336)   100% ->
671-789  (125300-125418)   100% ->
790-970  (126331-126511)   100% ->
971-1065  (134875-134969)   100% ->
1066-1261  (135330-135525)   100% ->
1262-1337  (137730-137805)   100% ->
1338-1557  (139266-139485)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTCCGGTGTCGCTGGTGGTGGTGGTGGTGGGTGGCTGGACTGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  96568 ATGATTCCGGTGTCGCTGGTGGTGGTGGTGGTGGGTGGCTGGACTGTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACCTGACCGACTTGGTGCTGAAG         TCATCTGTCTATTTTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  96618 CTACCTGACCGACTTGGTGCTGAAGGTG...TAGTCATCTGTCTATTTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACATTCTTATGAAGACTGGCTGGAAAACAACGGACTGAGCATCTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 AACATTCTTATGAAGACTGGCTGGAAAACAACGGACTGAGCATCTCCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCCACATAAGATGGCAAACTGCTGTTTTCAATCGTGCCTTTTACAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 TTCCACATAAGATGGCAAACTGCTGTTTTCAATCGTGCCTTTTACAGTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGACGGCGGAAAGCAAGGATGCTTTACCAGTG         GTTCAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||| ||>>>...>>>||||||||
 100119 GGGACGGCGGAAAGCAAGGATGCTTTACCAATGGTA...CAGGTTCAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGAATGGTGTTTGGCGTAATTGCCATGTTTAGCTCATTTTTTCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102012 TTGGAATGGTGTTTGGCGTAATTGCCATGTTTAGCTCATTTTTTCTCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGAAAAACGCTGATGCAGACTTTGGCACAAATGATGGCTGACTCTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102062 GGAAAAACGCTGATGCAGACTTTGGCACAAATGATGGCTGACTCTCCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCTTATTCTTCCTCCTCTTCTTCCTCTTCCTCCTCTTCTTCCTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102112 TTCTTATTCTTCCTCCTCTTCTTCCTCTTCCTCCTCTTCTTCCTCTTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTCTTCATCTTCTTCCTCTTCCTCGCTTCACAATGAACAGGTGTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102162 CTTCTTCATCTTCTTCCTCTTCCTCGCTTCACAATGAACAGGTGTTACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTGTG         GTTCCTGGTATAAATTTACCCGTCAATCAACTGAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102212 GTTGTGGTA...CAGGTTCCTGGTATAAATTTACCCGTCAATCAACTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTATTTCTTCACGGCAGTTCTCATTAGTGGTGTTGTACATGAAATTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108377 CTATTTCTTCACGGCAGTTCTCATTAGTGGTGTTGTACATGAAATTGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGGGATAGCAGCTATTAG         GGAACAAGTTCGATTTAATGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108427 ATGGGATAGCAGCTATTAGGTA...TAGGGAACAAGTTCGATTTAATGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTGGGATTTTTCTCTTCATTATTTATCCTGGAGCATTTGTTGATCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110231 TTTGGGATTTTTCTCTTCATTATTTATCCTGGAGCATTTGTTGATCTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACCACTCATTTGCAACTTATATCGCCAGTCCAGCAGCTAAGGATATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110281 CACCACTCATTTGCAACTTATATCGCCAGTCCAGCAGCTAAGGATATTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGCAG         GTATCTGGCATAATTTTGTCCTTGCACTCTTGGGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110331 GTGCAGGTA...CAGGTATCTGGCATAATTTTGTCCTTGCACTCTTGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTTTAGCTCTTGTTCTCCTCCCAGTAATTCTCTTGCCATTTTACTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125335 ATTTTAGCTCTTGTTCTCCTCCCAGTAATTCTCTTGCCATTTTACTACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGAGTTGGGGTGCTCATCACTGAAGTTGCTGAG         GACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125385 TGGAGTTGGGGTGCTCATCACTGAAGTTGCTGAGGTA...AAGGACTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGCCATTGGACCCAGAGGCCTTTTTGTGGGAGACCTTGTCACCCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126338 CTGCCATTGGACCCAGAGGCCTTTTTGTGGGAGACCTTGTCACCCATCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGGATTGTCCTGTTACTAATGTGCAAGATTGGAATGAATGTTTAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126388 CAGGATTGTCCTGTTACTAATGTGCAAGATTGGAATGAATGTTTAGATAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATCGCCTATGAGCCCCAAATTGGTTACTGTATAAGTGCATCAACTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126438 CATCGCCTATGAGCCCCAAATTGGTTACTGTATAAGTGCATCAACTTTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCAGTTAAGTTTCCCAGTTAGAG         CATACAAACGACTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 126488 AGCAGTTAAGTTTCCCAGTTAGAGGTG...TAGCATACAAACGACTAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGTTCAACTGAATGCTGTAACAATCACAGCCTCACAGATGTGTGCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134892 GGTTCAACTGAATGCTGTAACAATCACAGCCTCACAGATGTGTGCTTTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTACAGAAATAATTTTAATAAGCGTTTG         CATACATGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134942 CTACAGAAATAATTTTAATAAGCGTTTGGTA...TAGCATACATGTCTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGCCCGGAAAGCAGTTGAAGCAACTCAAGTTTGCAGAACCAATAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135343 CTGCCCGGAAAGCAGTTGAAGCAACTCAAGTTTGCAGAACCAATAAAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGTAAAAAAAGCTCAAGTTCAAGTTTCTGTATAATACCTTCTTTGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135393 TGTAAAAAAAGCTCAAGTTCAAGTTTCTGTATAATACCTTCTTTGGAAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCACACTCGCTTAATAAAAGTAAAACACCCACCTCAGATTGATATGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135443 TCACACTCGCTTAATAAAAGTAAAACACCCACCTCAGATTGATATGTTAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACGTAGGACATCCTCTGCATCTTCACTACACAG         TGAGCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 135493 ACGTAGGACATCCTCTGCATCTTCACTACACAGGTG...CAGTGAGCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACCAGTTTTATCCCACGTTTTAACTTTCTAAGCATAGATCTGCCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137738 ACCAGTTTTATCCCACGTTTTAACTTTCTAAGCATAGATCTGCCAGTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGTGGAGACATTTGTCAA         GTACCTGATTTCCCTCTCAGGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 137788 TGTGGAGACATTTGTCAAGTA...CAGGTACCTGATTTCCCTCTCAGGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTCTGGCTATTGTTAATGCAGTACCCTGCTTTGCTTTGGATGGACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139289 CTCTGGCTATTGTTAATGCAGTACCCTGCTTTGCTTTGGATGGACAATGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATTCTAAACTCTTTCTTGGATGCCACCCTTACCTCAGTGATTGGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139339 ATTCTAAACTCTTTCTTGGATGCCACCCTTACCTCAGTGATTGGAGACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGATGTCAAAGATCTAATAGGGTTTTTCATCTTGCTGGGTGGCAGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139389 TGATGTCAAAGATCTAATAGGGTTTTTCATCTTGCTGGGTGGCAGTGTAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1511 TTTTGGCTGCCAATGTGACCCTGGGACTCTGGATGGTTACAGCACGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139439 TTTTGGCTGCCAATGTGACCCTGGGACTCTGGATGGTTACAGCACGG