seq1 = pF1KB9452.tfa, 1557 bp
seq2 = pF1KB9452/gi568815589f_132931012.tfa (gi568815589f:132931012_133157977), 226966 bp

>pF1KB9452 1557
>gi568815589f:132931012_133157977 (Chr9)

1-153  (100001-100153)   100% ->
154-373  (111076-111295)   100% ->
374-572  (112717-112915)   100% ->
573-768  (119772-119967)   100% ->
769-873  (121049-121153)   100% ->
874-988  (122817-122931)   100% ->
989-1069  (123397-123477)   100% ->
1070-1167  (123701-123798)   100% ->
1168-1250  (125001-125083)   100% ->
1251-1393  (125755-125897)   100% ->
1394-1557  (126803-126966)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGAGGCGGCCGATTTGGGGCTGGGGGCCGCCGTCCCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGAGGCGGCCGATTTGGGGCTGGGGGCCGCCGTCCCCGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGAGGCGGGAGCGACGCATGGTGTGCGTGGAGTACCCGGGAGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGAGGCGGGAGCGACGCATGGTGTGCGTGGAGTACCCGGGAGTGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGATGTGGCTAAGATGCTGCCGACTCTGGGCGGCGAGGAAGGCGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGATGTGGCTAAGATGCTGCCGACTCTGGGCGGCGAGGAAGGCGTCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGG         ATCTACGCAGACCCCACCAAGAGGCTGGAGCTGTACTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGGTA...CAGATCTACGCAGACCCCACCAAGAGGCTGGAGCTGTACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGGCCCAAGGACCCATACTGCCACCCAGTGTGCGCCAACCGCTTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111114 CCGGCCCAAGGACCCATACTGCCACCCAGTGTGCGCCAACCGCTTCAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAGCAGCCTGCTGCTCCGCATCAGGAAGAGAACGAGGCGGCAGAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111164 CCAGCAGCCTGCTGCTCCGCATCAGGAAGAGAACGAGGCGGCAGAAAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGCTGGGCACTGAGGCCCACTCCGAGGTCACATTTGACATGGAGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111214 GTGCTGGGCACTGAGGCCCACTCCGAGGTCACATTTGACATGGAGATCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGCATCATCTCCACCATTTACAAATTTCAGG         GGATGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111264 TGGCATCATCTCCACCATTTACAAATTTCAGGGTA...TAGGGATGTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTTCCAGTACTTGGCTGTGCATACGGAAGCAGGCGGCAAGCATACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112726 ACTTCCAGTACTTGGCTGTGCATACGGAAGCAGGCGGCAAGCATACGTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGTATGACAAGGTGCTCATGCTCCGGCCCGAGAAGGAGGCCTTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112776 ATGTATGACAAGGTGCTCATGCTCCGGCCCGAGAAGGAGGCCTTTTTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCAGGAGCTGCCGCTCTACATCCCCCCACCCATCTTCTCCCGGCTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112826 CCAGGAGCTGCCGCTCTACATCCCCCCACCCATCTTCTCCCGGCTGGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCCGGTGGACTACTTCTACCGACCAGAGACCCAGCACCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112876 CCCCGGTGGACTACTTCTACCGACCAGAGACCCAGCACCGGTA...CAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAGGCTACAACAATCCCCCCATCTCAGGTGAGAATCTGATTGGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119773 GAAGGCTACAACAATCCCCCCATCTCAGGTGAGAATCTGATTGGCCTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGAGCCCGGCGCCCCCACAATGCCATCTTTGTCAACTTTGAGGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119823 CAGAGCCCGGCGCCCCCACAATGCCATCTTTGTCAACTTTGAGGATGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGTGCCCAAGCAGCCACTGGAGGCTGCAGCCCAGACGTGGAGGAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119873 AGGTGCCCAAGCAGCCACTGGAGGCTGCAGCCCAGACGTGGAGGAGAGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGCACTAACCCCGTGGACCGGAAGGTGGAGGAGGAGCTGAGGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 119923 TGCACTAACCCCGTGGACCGGAAGGTGGAGGAGGAGCTGAGGAAGGCA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    769     CTGTTTGACATCCGTCCCATCTGGTCCCGAAATGCTGTCAAGGCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119973 .CAGCTGTTTGACATCCGTCCCATCTGGTCCCGAAATGCTGTCAAGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACATCAGCGTCCACCCAGACAAGCTCAAGGTCTTGCTTCCCTTCATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121095 ACATCAGCGTCCACCCAGACAAGCTCAAGGTCTTGCTTCCCTTCATAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TATTACATG         ATAACAGGCCCCTGGCGCAGCCTATGGATTCG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 121145 TATTACATGGTA...CAGATAACAGGCCCCTGGCGCAGCCTATGGATTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ATTTGGGTATGACCCCCGAAAAAACCCAGATGCCAAGATTTATCAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122849 ATTTGGGTATGACCCCCGAAAAAACCCAGATGCCAAGATTTATCAAGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCGATTTCCGAATCCGTTGTGGAATGAAACACG         GTTACGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 122899 TCGATTTCCGAATCCGTTGTGGAATGAAACACGGTA...CAGGTTACGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCCAGTGACTTGCCGGTCAAAGCAAAGCGCAGCACCTACAACTACAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123405 CCCAGTGACTTGCCGGTCAAAGCAAAGCGCAGCACCTACAACTACAGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCCCATCACCGTCAAGAAGACAT         CCAGCCAGCTTGTCACCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 123455 CCCCATCACCGTCAAGAAGACATGTA...CAGCCAGCCAGCTTGTCACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCATGACCTGAAGCAGGGCCTGGGCCCGTCGGGGACGAGTGGTGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123719 TGCATGACCTGAAGCAGGGCCTGGGCCCGTCGGGGACGAGTGGTGCTCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAACCAGCTTCCAGCAAGTACAAGCTCAAG         GACTCTGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 123769 AAACCAGCTTCCAGCAAGTACAAGCTCAAGGTG...CAGGACTCTGTCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATCTTCCGGGAAGGGGCCTTGCCACCCTATCGGCAGATGTTCTACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125012 CATCTTCCGGGAAGGGGCCTTGCCACCCTATCGGCAGATGTTCTACCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TATGCGACTTGAATGTGGAAGA         GTTGCAGAAGATCATTCAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 125062 TATGCGACTTGAATGTGGAAGAGTA...CAGGTTGCAGAAGATCATTCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CGCAATGACGGGGCAGAGAATTCCTGCACAGAACGGGATGGGTGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125774 CGCAATGACGGGGCAGAGAATTCCTGCACAGAACGGGATGGGTGGTGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCCCAAGACCAGCGACGAGCTCAGGGACACCATGTCCCTCATGATCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125824 CCCCAAGACCAGCGACGAGCTCAGGGACACCATGTCCCTCATGATCCGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGACCATCCGCTCCAAGAGGCCTG         CTCTCTTTTCCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 125874 AGACCATCCGCTCCAAGAGGCCTGGTA...CAGCTCTCTTTTCCAGCTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCCAAGGCTGATGGCGGAAAAGAGCAGCTGACGTACGAGTCTGGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126820 GCCAAGGCTGATGGCGGAAAAGAGCAGCTGACGTACGAGTCTGGGGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGACTTCAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126870 CGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGACTTCAAGCCAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1511 CCGACGGCAGTGAAAACGAAATGGAGACAGAGATTCTGGACTACGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126920 CCGACGGCAGTGAAAACGAAATGGAGACAGAGATTCTGGACTACGTG