seq1 = pF1KB9449.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KB9449/gi568815579f_12925018.tfa (gi568815579f:12925018_13190367), 265350 bp

>pF1KB9449 1395
>gi568815579f:12925018_13190367 (Chr19)

8-102  (70754-70847)   97% ->
103-634  (100004-100535)   100% ->
635-697  (148030-148092)   100% ->
698-772  (148405-148479)   100% ->
773-893  (148889-149009)   100% ->
894-1030  (150518-150654)   100% ->
1031-1153  (153596-153718)   100% ->
1154-1326  (156663-156838)   98% ->
1327-1395  (165282-165350)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 CGGCTTGCCGCCTGCCGGGCCTCCCCTCGCCGCGGCCGGCCGCCGCGCTC
        |||| -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70754 CGGCC GCCGCCTGCCGGGCCTCCCCTCGCCGCGGCCGGCCGCCGCGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 CCGCCCGGGCGCCCAGCTATGTACTCCCCGTACTGCCTCACCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
  70803 CCGCCCGGGCGCCCAGCTATGTACTCCCCGTACTGCCTCACCCAGGTA..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    103     GATGAGTTCCACCCGTTCATCGAGGCACTGCTGCCTCACGTCCGCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70853 .CAGGATGAGTTCCACCCGTTCATCGAGGCACTGCTGCCTCACGTCCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149 CTTTCTCCTACACCTGGTTCAACCTGCAGGCGCGGAAGCGCAAGTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100050 CTTTCTCCTACACCTGGTTCAACCTGCAGGCGCGGAAGCGCAAGTACTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199 AAGAAGCATGAAAAGCGGATGTCGAAGGACGAGGAGCGGGCGGTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100100 AAGAAGCATGAAAAGCGGATGTCGAAGGACGAGGAGCGGGCGGTGAAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249 CGAGCTGCTGGGCGAGAAGCCCGAGATCAAGCAGAAGTGGGCATCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100150 CGAGCTGCTGGGCGAGAAGCCCGAGATCAAGCAGAAGTGGGCATCCCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    299 TGCTGGCCAAGCTGCGCAAGGACATCCGGCCCGAGTTCCGCGAGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100200 TGCTGGCCAAGCTGCGCAAGGACATCCGGCCCGAGTTCCGCGAGGACTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    349 GTGCTGACCATCACGGGCAAGAAGCCCCCCTGCTGCGTGCTCTCCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100250 GTGCTGACCATCACGGGCAAGAAGCCCCCCTGCTGCGTGCTCTCCAACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    399 CGACCAGAAGGGCAAGATCCGGCGGATTGACTGCCTGCGCCAGGCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 CGACCAGAAGGGCAAGATCCGGCGGATTGACTGCCTGCGCCAGGCTGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    449 AGGTGTGGCGGCTGGACCTGGTCATGGTGATTTTGTTTAAGGGGATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100350 AGGTGTGGCGGCTGGACCTGGTCATGGTGATTTTGTTTAAGGGGATCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499 CTGGAAAGTACTGATGGGGAGCGGCTCTACAAGTCGCCTCAGTGCTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 CTGGAAAGTACTGATGGGGAGCGGCTCTACAAGTCGCCTCAGTGCTCGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549 CCCCGGCCTGTGCGTCCAGCCACATCACATTGGAGTCACAATCAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 CCCCGGCCTGTGCGTCCAGCCACATCACATTGGAGTCACAATCAAAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599 TGGATCTTTATCTGGCTTACTTTGTCCACACTCCGG         AATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100500 TGGATCTTTATCTGGCTTACTTTGTCCACACTCCGGGTA...CAGAATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 GGACAATCAGATAGTTCAAACCAGCAAGGAGATGCGGACATCAAACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148035 GGACAATCAGATAGTTCAAACCAGCAAGGAGATGCGGACATCAAACCACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690 GCCCAACG         GGCACTTAAGTTTCCAGGACTGTTTTGTGACTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 148085 GCCCAACGGTC...CAGGGCACTTAAGTTTCCAGGACTGTTTTGTGACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    731 CCGGGGTCTGGAATGTGACGGAGCTGGTGAGAGTATCACAGA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 148438 CCGGGGTCTGGAATGTGACGGAGCTGGTGAGAGTATCACAGAGTA...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773  CTCCTGTTGCAACAGCATCAGGGCCCAACTTCTCCCTGGCGGACCTGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148888 GCTCCTGTTGCAACAGCATCAGGGCCCAACTTCTCCCTGGCGGACCTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    822 GAGTCCCAGCTACTACAACATCAACCAGGTGACCCTGGGGCGGCGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148938 GAGTCCCAGCTACTACAACATCAACCAGGTGACCCTGGGGCGGCGGTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    872 TCACCTCCCCTCCTTCCACCAG         CACCACCAAGCGCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 148988 TCACCTCCCCTCCTTCCACCAGGTA...CAGCACCACCAAGCGCCCCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913 TCCATCGATGACAGTGAGATGGAGAGCCCTGTTGATGACGTGTTCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150537 TCCATCGATGACAGTGAGATGGAGAGCCCTGTTGATGACGTGTTCTATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    963 CGGGACAGGCCGTTCCCCAGCAGCTGGCAGCAGCCAGTCCAGCGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150587 CGGGACAGGCCGTTCCCCAGCAGCTGGCAGCAGCCAGTCCAGCGGGTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1013 CCAACGATGTGGATGCAG         GCCCGGCTTCTCTAAAGAAGTCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 150637 CCAACGATGTGGATGCAGGTA...CAGGCCCGGCTTCTCTAAAGAAGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1054 GGAAAGCTGGACTTCTGCAGTGCCCTCTCCTCTCAGGGCAGCTCCCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153619 GGAAAGCTGGACTTCTGCAGTGCCCTCTCCTCTCAGGGCAGCTCCCCGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1104 CATGGCTTTCACCCACCACCCGCTGCCTGTGCTTGCTGGAGTCAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153669 CATGGCTTTCACCCACCACCCGCTGCCTGTGCTTGCTGGAGTCAGACCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1154          GGAGCCCCCGGGCCACAGCATCAGCCCTGCACTTCCCCTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153719 GTG...CAGGGAGCCCCCGGGCCACAGCATCAGCCCTGCACTTCCCCTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1195 ACGTCCATCATCCAGCAGTCGAGCCCGTATTTCACGCACCCGACCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156704 ACGTCCATCATCCAGCAGTCGAGCCCGTATTTCACGCACCCGACCATCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1245 CTACCACCACCAC   GGGCAGGACTCACTGAAGGAGTTTGTGCAGTTTG
        |||||||||||||---||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156754 CTACCACCACCACCACGGGCAGGACTCACTGAAGGAGTTTGTGCAGTTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TGTGCTCGGATGGCTCGGGCCAGGCCACCGGACAG         CATTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 156804 TGTGCTCGGATGGCTCGGGCCAGGCCACCGGACAGGTG...CAGCATTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CAACGACAGGCGCCTCCTCTGCCAACCGGTTTGTCAGCATCGGACCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165288 CAACGACAGGCGCCTCCTCTGCCAACCGGTTTGTCAGCATCGGACCCCGG

   1450     .    :
   1383 GACGGCAACTTTC
        |||||||||||||
 165338 GACGGCAACTTTC