seq1 = pF1KB9446.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KB9446/gi568815597f_220153570.tfa (gi568815597f:220153570_220354538), 200969 bp

>pF1KB9446 969
>gi568815597f:220153570_220354538 (Chr1)

1-969  (100001-100969)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCGAAGCAGGACCCGAAGCCTAAATTCCAGGAGGGTGAGCGAGT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCGGAAGCAGGACCCGAAGCCTAAATTCCAGGAGGGTGAGCGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGTGCTTTCATGGGCCTCTTCTTTATGAAGCAAAGTGTGTAAAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGTGCTTTCATGGGCCTCTTCTTTATGAAGCAAAGTGTGTAAAGGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATAAAGGACAAACAAGTGAAATACTTCATACATTACAGTGGTTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATAAAGGACAAACAAGTGAAATACTTCATACATTACAGTGGTTGGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAAATTGGGATGAATGGGTTCCGGAGAGCAGAGTACTCAAATACGTGGA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAAATTGGGATGAGTGGGTTCCGGAGAGCAGAGTACTCAAATACGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCAATTTGCAGAAACAGCGAGAACTTCAAAAAGCCAATCAGGAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCAATTTGCAGAAACAGCGAGAACTTCAAAAAGCCAATCAGGAGCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGCAGAGGGGAAGATGAGAGGGGCTGCCCCAGGAAAGAAGACATCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGCAGAGGGGAAGATGAGAGGGGCTGCCCCAGGAAAGAAGACATCTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCAACAGAAAAATGTTGAAGTGAAAACGAAAAAGAACAAACAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCAACAGAAAAATGTTGAAGTGAAAACGAAAAAGAACAAACAGAAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCTGGAAATGGAGATGGTGGCAGTACCAGTGAGACCCCTCAGCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100351 ACCTGGAAATGGAGATGGTGGCAGTACCAGTGAGACCCCTCAGCCTCCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGAAGAAAAGGGCCCGGGTAGATCCTACTGTTGAAAATGAGGAAACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGAAGAAAAGGGCCCGGGTAGATCCTACTGTTGAAAATGAGGAAACATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGAACAGAGTTGAAGTTAAAGTAAAGATTCCTGAAGAGCTAAAACCGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100451 ATGAACAGAGTTGAAGTTAAAGTAAAGATTCCTGAATAGCTAAAACCGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTTGTTGATGACTGGGACTTAATTACCAGGCAAAAACAGCTCTTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTTGTTGATGACTGGGACTTAATTACCAGGCAAAAACAGCTCTTTTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTCCTGCAAAGAAGAATGTGGATTCCATTCTTGAGGATTATGCAAATTAC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTCCTGCCAAGAAGAATGTGGATTCCATTCTTGAGGATTATGCAAATTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAGAAATCTCGTGGAAACACAGATAATAAGGAGTATGCGGTTAATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAGAAATCTCGTGGAAACACAGATAATAAGGAGTATGCGGTTAATGAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTGGCAGGGATAAAAGAATACTTCAACGTAATGTTGGGTACCCAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTGGCAGGGATAAAAGAATACTTCAACGTAATGTTGGGTACCCAGCTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCTATAAATTTGAGAGACCACAGTATGCTGAAATTCTTGCAGATCATCCC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100701 TCTATAAATTTGAGAGACCACAGTATGCCGAAATTCTTGCAGATCATCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GATGCACCCATGTCCCAGGTGTATGGAGCGCCACATCTCCTGAGATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GATGCACCCATGTCCCAGGTGTATGGAGCGCCACATCTCCTGAGATTATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTACGAATTGGAGCAATGTTGGCTTATACACCTCTGGATGAGAAGAGCC
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTACGAATTGGAGCAATGTTGGCCTATACACCTCTGGATGAGAAGAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGCTTTATTACTCAATTATCTTCACGATTTCCTAAAGTACCTGGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGCTTTATTACTCAATTATCTTCACGATTTCCTAAAGTACCTGGCAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AATTCTGCAACTTTGTTCAGTGCCAGCGATTATGAAGTGGCTCCTCCTGA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AATTCTGCAACTTTGTTTAGTGCCAGCGATTATGAAGTGGCTCCTCCTGA

    950     .    :    .
    951 GTACCATCGGAAAGCTGTG
        |||||||||||||||||||
 100951 GTACCATCGGAAAGCTGTG