seq1 = pF1KB9446.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KB9446/gi568815583f_78773018.tfa (gi568815583f:78773018_78997064), 224047 bp

>pF1KB9446 969
>gi568815583f:78773018_78997064 (Chr15)

1-45  (100001-100044)   97% ->
46-87  (105201-105242)   100% ->
88-155  (107495-107562)   100% ->
156-242  (113124-113210)   100% ->
243-323  (114252-114332)   100% ->
324-349  (117972-117997)   100% ->
350-438  (118467-118555)   100% ->
439-540  (119195-119296)   100% ->
541-629  (120522-120610)   98% ->
630-802  (121041-121213)   100% ->
803-887  (121803-121887)   100% ->
888-969  (123966-124047)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCGAAGCAGGACCCGAAGCCTAAATTCCAGGAGGGTGAG     
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||->>>..
 100001 ATGGCGCCGAAGCAGGACCCGAAGCCTAAATTCCAGGAGGGTGA GTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     CGAGTGCTGTGCTTTCATGGGCCTCTTCTTTATGAAGCAAAG    
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100050 .GAGCGAGTGCTGTGCTTTCATGGGCCTCTTCTTTATGAAGCAAAGGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88      TGTGTAAAGGTTGCCATAAAGGACAAACAAGTGAAATACTTCATA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105247 ..CAGTGTGTAAAGGTTGCCATAAAGGACAAACAAGTGAAATACTTCATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CATTACAGTGGTTGGAATAAAAA         TTGGGATGAATGGGTTCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107540 CATTACAGTGGTTGGAATAAAAAGTG...CAGTTGGGATGAATGGGTTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GGAGAGCAGAGTACTCAAATACGTGGACACCAATTTGCAGAAACAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113142 GGAGAGCAGAGTACTCAAATACGTGGACACCAATTTGCAGAAACAGCGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AACTTCAAAAAGCCAATCA         GGAGCAGTATGCAGAGGGGAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113192 AACTTCAAAAAGCCAATCAGTA...AAGGGAGCAGTATGCAGAGGGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ATGAGAGGGGCTGCCCCAGGAAAGAAGACATCTGGTCTGCAACAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114274 ATGAGAGGGGCTGCCCCAGGAAAGAAGACATCTGGTCTGCAACAGAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGTTGAAGT         GAAAACGAAAAAGAACAAACAGAAAA      
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114324 TGTTGAAGTGTA...TAGGAAAACGAAAAAGAACAAACAGAAAAGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350    CACCTGGAAATGGAGATGGTGGCAGTACCAGTGAGACCCCTCAGCCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118464 CAGCACCTGGAAATGGAGATGGTGGCAGTACCAGTGAGACCCCTCAGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 CCTCGGAAGAAAAGGGCCCGGGTAGATCCTACTGTTGAAAAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118514 CCTCGGAAGAAAAGGGCCCGGGTAGATCCTACTGTTGAAAATGTG...TA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439  GAGGAAACATTCATGAACAGAGTTGAAGTTAAAGTAAAGATTCCTGAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119194 GGAGGAAACATTCATGAACAGAGTTGAAGTTAAAGTAAAGATTCCTGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 AGCTAAAACCGTGGCTTGTTGATGACTGGGACTTAATTACCAGGCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119244 AGCTAAAACCGTGGCTTGTTGATGACTGGGACTTAATTACCAGGCAAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CAG         CTCTTTTATCTTCCTGCAAAGAAGAATGTGGATTCCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 119294 CAGGTA...TAGCTCTTTTATCTTCCTGCCAAGAAGAATGTGGATTCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 TCTTGAGGATTATGCAAATTACAAGAAATCTCGTGGAAACACAGATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120560 TCTTGAGGATTATGCAAATTACAAGAAATCTCGTGGAAACACAGATAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 A         GGAGTATGCGGTTAATGAAGTTGTGGCAGGGATAAAAGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120610 AGTA...CAGGGAGTATGCGGTTAATGAAGTTGTGGCAGGGATAAAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 TACTTCAACGTAATGTTGGGTACCCAGCTACTCTATAAATTTGAGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121081 TACTTCAACGTAATGTTGGGTACCCAGCTACTCTATAAATTTGAGAGACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 ACAGTATGCTGAAATTCTTGCAGATCATCCCGATGCACCCATGTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121131 ACAGTATGCTGAAATTCTTGCAGATCATCCCGATGCACCCATGTCCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGTATGGAGCGCCACATCTCCTGAGATTATTTG         TACGAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121181 TGTATGGAGCGCCACATCTCCTGAGATTATTTGGTA...CAGTACGAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GGAGCAATGTTGGCTTATACACCTCTGGATGAGAAGAGCCTTGCTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121811 GGAGCAATGTTGGCTTATACACCTCTGGATGAGAAGAGCCTTGCTTTATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 ACTCAATTATCTTCACGATTTCCTAAA         GTACCTGGCAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 121861 ACTCAATTATCTTCACGATTTCCTAAAGTA...TAGGTACCTGGCAAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 ATTCTGCAACTTTGTTCAGTGCCAGCGATTATGAAGTGGCTCCTCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123980 ATTCTGCAACTTTGTTCAGTGCCAGCGATTATGAAGTGGCTCCTCCTGAG

   1050     .    :    .
    952 TACCATCGGAAAGCTGTG
        ||||||||||||||||||
 124030 TACCATCGGAAAGCTGTG