seq1 = pF1KB9441.tfa, 1746 bp
seq2 = pF1KB9441/gi568815595r_53187583.tfa (gi568815595r:53187583_53447517), 259935 bp

>pF1KB9441 1746
>gi568815595r:53187583_53447517 (Chr3)

(complement)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-176  (102576-102616)   100% ->
177-304  (105247-105374)   100% ->
305-371  (128045-128111)   100% ->
372-510  (135139-135277)   100% ->
511-624  (143228-143341)   100% ->
625-1383  (154691-155449)   100% ->
1384-1449  (156662-156727)   100% ->
1450-1668  (159235-159453)   100% ->
1669-1746  (159858-159935)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGCTGAGTCGAGCTGGGCAGGAGATGAGCCTAGCGGCCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCGCTGAGTCGAGCTGGGCAGGAGATGAGCCTAGCGGCCCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAACACGACCCCTATATCACCAGCATCGCAGACCTCACGGGCCAGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAACACGACCCCTATATCACCAGCATCGCAGACCTCACGGGCCAGGTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCTGTACACCTTCTGCCCCAAGGCCAACCAGTGG         GAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 CTCTGTACACCTTCTGCCCCAAGGCCAACCAGTGGGTG...TAGGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTGATATAGAAGGGACCTTATTCGTATATCGAAG         GTCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102582 ACTGATATAGAAGGGACCTTATTCGTATATCGAAGGTA...AAGGTCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTCCCCTTACCATGGTTTTACCATTGTGAATCGACTAAATATGCACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105253 TTCCCCTTACCATGGTTTTACCATTGTGAATCGACTAAATATGCACAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGTTGAACCAGTGAATAAAGATTTGGAATTTCAGCTCCATGAACCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105303 TAGTTGAACCAGTGAATAAAGATTTGGAATTTCAGCTCCATGAACCATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTCTGTATAGAAATGCAAGCT         TGTCGATATATAGTATCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105353 CTTCTGTATAGAAATGCAAGCTGTG...AAGTGTCGATATATAGTATCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTTTATGACAAGAATGACTGTCACCGCATAGCAAAACTCATGGCTGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 128064 GTTTTATGACAAGAATGACTGTCACCGCATAGCAAAACTCATGGCTGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    372        TGTGGTAGAAGAGGAGACACGGCGATCCCAGCAAGCTGCTCGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128114 A...TAGTGTGGTAGAAGAGGAGACACGGCGATCCCAGCAAGCTGCTCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACAAACAGAGTCCCAGCCAGGCCAATGGCTGCAGCGACCACAGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135182 GACAAACAGAGTCCCAGCCAGGCCAATGGCTGCAGCGACCACAGGCCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGACATCCTGGAGATGCTGAGCAGAGCCAAGGATGAGTATGAGAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 135232 CGACATCCTGGAGATGCTGAGCAGAGCCAAGGATGAGTATGAGAGGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511      AATCAGATGGGTGACTCAAATATCTCCAGCCCTGGGTTACAGCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135282 ..AAGAATCAGATGGGTGACTCAAATATCTCCAGCCCTGGGTTACAGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCACTCAGCTCTCCAATCTGGGAAGCACCGAGACTCTAGAAGAAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143273 AGCACTCAGCTCTCCAATCTGGGAAGCACCGAGACTCTAGAAGAAATGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCCGGGTCACAGGATAAG         TCTGCTCCATCTGGACACAAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 143323 CTCCGGGTCACAGGATAAGGTT...CAGTCTGCTCCATCTGGACACAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATCTGACGGTAGAAGAGTTATTTGGAACCTCTTTGCCAAAGGAACAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154713 ATCTGACGGTAGAAGAGTTATTTGGAACCTCTTTGCCAAAGGAACAACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCAGTTGTGGGTCTGGATTCAGAAGAAATGGAGAGGTTGCCAGGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154763 GCAGTTGTGGGTCTGGATTCAGAAGAAATGGAGAGGTTGCCAGGAGATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTCCCAGAAAGAGCCCAATTCATTCCTACCATTTCCCTTTGAGCAGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154813 CTCCCAGAAAGAGCCCAATTCATTCCTACCATTTCCCTTTGAGCAGTTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAGGAGCCCCTCAATCAGAAACCCTGGGTGTCCCTTCTGCTGCCCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154863 GAGGAGCCCCTCAATCAGAAACCCTGGGTGTCCCTTCTGCTGCCCACCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCAGTCCAGCCTGAAATCACCACCCCGGTGCTAATCACTCCAGCCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154913 TCAGTCCAGCCTGAAATCACCACCCCGGTGCTAATCACTCCAGCCTCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACACAGTCCAATGAAAAGCATGCTCCAACCTACACAATCCCGTTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154963 CACACAGTCCAATGAAAAGCATGCTCCAACCTACACAATCCCGTTGAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGTTCTCAGTCCCACTCTGCCAGCTGAAGCTCCTACTGCACAGGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155013 CTGTTCTCAGTCCCACTCTGCCAGCTGAAGCTCCTACTGCACAGGTTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCCAGCTTACCTCGAAACAGCACCATGATGCAGGCAGTGAAGACCACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155063 CCCAGCTTACCTCGAAACAGCACCATGATGCAGGCAGTGAAGACCACGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TAGACAGAGGTCTCCACTCCTGAACCAGCCAGTCCCTGAGCTAAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155113 TAGACAGAGGTCTCCACTCCTGAACCAGCCAGTCCCTGAGCTAAGCCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCAGTCTGATTGCCAACCAGAGCCCCTTCAGGGCCCCATTGAACGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155163 CCAGTCTGATTGCCAACCAGAGCCCCTTCAGGGCCCCATTGAACGTGACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AACACAGCTGGCACATCCCTCCCAAGCGTTGATCTTCTCCAGAAACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155213 AACACAGCTGGCACATCCCTCCCAAGCGTTGATCTTCTCCAGAAACTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GTTGACCCCACAGCATGACCAAATACAGACACAACCACTTGGGAAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155263 GTTGACCCCACAGCATGACCAAATACAGACACAACCACTTGGGAAAGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAATGGTAGCCAGCTTTTCTCCGGCAGCTGGTCAGCTAGCCACACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155313 CAATGGTAGCCAGCTTTTCTCCGGCAGCTGGTCAGCTAGCCACACCTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AGCTTCATAGAGCCTCCCTCTAAGACAGCAGCAGCAAGAGTGGCGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155363 AGCTTCATAGAGCCTCCCTCTAAGACAGCAGCAGCAAGAGTGGCGGCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGCCTCCCTGAGCAACATGGTGCTTGCTCCCCTTCAG         TCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 155413 AGCCTCCCTGAGCAACATGGTGCTTGCTCCCCTTCAGGTA...CAGTCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGCAGCAGAACCAGGATCCTGAAGTATTTGTGCAGCCTAAGGTGTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156666 TGCAGCAGAACCAGGATCCTGAAGTATTTGTGCAGCCTAAGGTGTTATCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AGTGCCATCCCG         GTTGCAGGCGCCCCACTGGTTACTGCAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 156716 AGTGCCATCCCGGTA...CAGGTTGCAGGCGCCCCACTGGTTACTGCAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GACCACTGCAGTGTCTTCAGTCCTGCTGGCCCCAAGTGTTTTCCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159264 GACCACTGCAGTGTCTTCAGTCCTGCTGGCCCCAAGTGTTTTCCAGCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CAGTTACAAGATCTTCGGACCTTGAGAGGAAAGCCAGCTCCCCTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159314 CAGTTACAAGATCTTCGGACCTTGAGAGGAAAGCCAGCTCCCCTTCTCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CTAACTATTGGAACGCCAGAAAGTCAGAGAAAGCCTTCCATTATTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159364 CTAACTATTGGAACGCCAGAAAGTCAGAGAAAGCCTTCCATTATTCTCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CAAGTCTCAGCTCCAGGATACATTAATACATCTAATAAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 159414 CAAGTCTCAGCTCCAGGATACATTAATACATCTAATAAAGGTA...TAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ATGATTCCAGCTTCCTCAGTACACTTCATGAAGTCTACTTGCAGGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159859 ATGATTCCAGCTTCCTCAGTACACTTCATGAAGTCTACTTGCAGGTTCTG

   1800     .    :    .    :    .
   1720 ACCAAGAACAAAGACAACCACAACCTA
        |||||||||||||||||||||||||||
 159909 ACCAAGAACAAAGACAACCACAACCTA