seq1 = pF1KB9440.tfa, 1980 bp
seq2 = pF1KB9440/gi568815581r_75846751.tfa (gi568815581r:75846751_76079073), 232323 bp

>pF1KB9440 1980
>gi568815581r:75846751_76079073 (Chr17)

(complement)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-269  (100381-100540)   100% ->
270-430  (118699-118859)   100% ->
431-538  (121508-121615)   99% ->
539-658  (123127-123246)   100% ->
659-774  (123393-123508)   100% ->
775-944  (125454-125623)   99% ->
945-1107  (127497-127659)   100% ->
1108-1298  (128110-128300)   100% ->
1299-1478  (129177-129356)   100% ->
1479-1584  (129474-129579)   100% ->
1585-1728  (129714-129857)   100% ->
1729-1935  (130617-130823)   100% ->
1936-1980  (132279-132323)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCCGGACCTGCGCAGGGAGCGGGATTCCGCCAGCTTCAACCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCCGGACCTGCGCAGGGAGCGGGATTCCGCCAGCTTCAACCCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTTACACACATCCTGGACGGCAGCCCCGAGAAAACCCGGCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTTACACACATCCTGGACGGCAGCCCCGAGAAAACCCGGCGCCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGAGATCG         AGAACATGATCCTGAACGACCCAGACTTCCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGAGATCGGTG...CAGAGAACATGATCCTGAACGACCCAGACTTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATGAGGACTTGAACTTCCTCACTCGCAGCCAGCGTTATGAGGTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100413 CATGAGGACTTGAACTTCCTCACTCGCAGCCAGCGTTATGAGGTGGCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGGAAAAGTGCCATCATGGTGAAGAAGATGAGGGAGTTTGGCATCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100463 CAGGAAAAGTGCCATCATGGTGAAGAAGATGAGGGAGTTTGGCATCGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCCTGATGAAATTATGTGGTTTAAAAA         TTTTGTGCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100513 ACCCTGATGAAATTATGTGGTTTAAAAAGTA...AAGTTTTGTGCACCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGCGGCCTGAGCCTCTGGATCTTCACTTGGGCATGTTCCTGCCCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118712 GGGCGGCCTGAGCCTCTGGATCTTCACTTGGGCATGTTCCTGCCCACCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTTCACCAGGCAACTGCGGAGCAGCAGGAGCGCTTCTTCATGCCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118762 GCTTCACCAGGCAACTGCGGAGCAGCAGGAGCGCTTCTTCATGCCCGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGAACTTGGAGATCATTGGCACTTATGCCCAGACAGAGATGGGTCATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118812 GGAACTTGGAGATCATTGGCACTTATGCCCAGACAGAGATGGGTCATGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431        GAACTCACCTTCGAGGCTTGGAAACCATAGCCACGTATGACCC
        >...>>>||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 118862 A...TAGGAACTCACCTTCGAGGCTTGGAAACCACAGCCACGTATGACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAAACCCAGGAGTTCATTCTCAACAGTCCTACTGTGACCTCCATTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121551 TGAAACCCAGGAGTTCATTCTCAACAGTCCTACTGTGACCTCCATTAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGTGGCCTGGTGGGC         TTGGAAAGACTTCAAATCATGCAATA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 121601 GGTGGCCTGGTGGGCGTA...CAGTTGGAAAGACTTCAAATCATGCAATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTCTTGCCCAGCTCATCACTAAGGGGAAATGCTATGGATTACATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123153 GTTCTTGCCCAGCTCATCACTAAGGGGAAATGCTATGGATTACATGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATCGTACCTATTCGTGAAATCGGGACCCATAAGCCTTTGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123203 TATCGTACCTATTCGTGAAATCGGGACCCATAAGCCTTTGCCAGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659    GAATTACCGTTGGTGACATCGGCCCCAAATTTGGTTATGATGAGATA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123390 TAGGAATTACCGTTGGTGACATCGGCCCCAAATTTGGTTATGATGAGATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACAATGGCTACCTCAAAATGGACAACCATCGTATTCCCAGAGAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123440 GACAATGGCTACCTCAAAATGGACAACCATCGTATTCCCAGAGAAAACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCTGATGAAGTATGCCCAG         GTGAAGCCTGATGGCACATACG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 123490 GCTGATGAAGTATGCCCAGGTA...CAGGTGAAGCCTGATGGCACATACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGAAACCGCTGAGTAACAAGCTGACTTACGGGACCATGGTGTTTGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125476 TGAAACCGCTGAGTAACAAGCTGACTTACGGGACCATGGTGTTTGTCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCTTCCTTGTGGGAGAAGCTGCTCGGGCTCTGTCTAAGGCGTGCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125526 TCCTTCCTTGTGGGAGAAGCTGCTCGGGCTCTGTCTAAGGCGTGCACCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCCATCCGATACAGCGCTGTGAGGCACCAGTCTGAAATGAAGCCAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||>>
 125576 TGCCATCCGATACAGCGCTGTGAGGCACCAGTCTGAAATCAAGCCAGGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    945        TGAACCAGAACCACAGATTTTGGATTTTCAAACCCAGCAGTAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125626 A...TAGTGAACCAGAACCACAGATTTTGGATTTTCAAACCCAGCAGTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAACTCTTTCCACTCCTGGCCACTGCCTATGCCTTCCAGTTTGTGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127540 AAACTCTTTCCACTCCTGGCCACTGCCTATGCCTTCCAGTTTGTGGGCGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATACATGAAGGAGACCTATCACCGGATTAACGAAGGCATTGGTCAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127590 ATACATGAAGGAGACCTATCACCGGATTAACGAAGGCATTGGTCAAGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCTGAGTGAACTGCCTGAG         CTTCATGCCCTCACCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 127640 ACCTGAGTGAACTGCCTGAGGTA...CAGCTTCATGCCCTCACCGCTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGAAGGCTTTCACCTCCTGGACTGCAAACACTGGCATTGAAGCATGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128131 CTGAAGGCTTTCACCTCCTGGACTGCAAACACTGGCATTGAAGCATGTCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GATGGCTTGTGGTGGGCATGGCTATTCTCATTGCAGTGGTCTTCCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128181 GATGGCTTGTGGTGGGCATGGCTATTCTCATTGCAGTGGTCTTCCAAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTTATGTCAATTTCACCCCAAGCTGTACCTTTGAGGGAGAAAACACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128231 TTTATGTCAATTTCACCCCAAGCTGTACCTTTGAGGGAGAAAACACTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATGATGCTCCAGACGGCTAG         GTTCCTGATGAAAAGTTATGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128281 ATGATGCTCCAGACGGCTAGGTG...TAGGTTCCTGATGAAAAGTTATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCAGGTGCACTCAGGAAAGTTGGTGTGTGGCATGGTGTCCTATTTGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129198 TCAGGTGCACTCAGGAAAGTTGGTGTGTGGCATGGTGTCCTATTTGAACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACCTGCCCAGTCAGCGCATCCAGCCACAGCAGGTAGCAGTCTGGCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129248 ACCTGCCCAGTCAGCGCATCCAGCCACAGCAGGTAGCAGTCTGGCCAACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATGGTGGATATCAACAGCCCCGAAAGCCTAACCGAAGCATATAAACTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129298 ATGGTGGATATCAACAGCCCCGAAAGCCTAACCGAAGCATATAAACTCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGCAGCCAG         ATTAGTAGAAATTGCTGCAAAAAACCTTCAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 129348 TGCAGCCAGGTG...CAGATTAGTAGAAATTGCTGCAAAAAACCTTCAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AAGAAGTGATTCACAGAAAAAGCAAGGAGGTAGCTTGGAACCTAACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129506 AAGAAGTGATTCACAGAAAAAGCAAGGAGGTAGCTTGGAACCTAACTTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GTTGACCTTGTTCGAGCAAGTGAG         GCACATTGCCACTATGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 129556 GTTGACCTTGTTCGAGCAAGTGAGGTC...TAGGCACATTGCCACTATGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGTAGTTAAGCTCTTTTCAGAAAAACTCCTCAAAATTCAAGATAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129731 GGTAGTTAAGCTCTTTTCAGAAAAACTCCTCAAAATTCAAGATAAAGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TTCAAGCTGTCTTAAGGAGTTTATGTCTGCTGTATTCTCTGTATGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129781 TTCAAGCTGTCTTAAGGAGTTTATGTCTGCTGTATTCTCTGTATGGAATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGTCAGAACGCGGGGGATTTCCTTCAG         GGGAGCATCATGAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 129831 AGTCAGAACGCGGGGGATTTCCTTCAGGTC...TAGGGGAGCATCATGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AGAGCCTCAGATTACACAAGTAAACCAGCGTGTAAAGGAGTTACTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130631 AGAGCCTCAGATTACACAAGTAAACCAGCGTGTAAAGGAGTTACTCACTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TGATTCGCTCAGATGCTGTTGCTTTGGTTGATGCATTTGATTTTCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130681 TGATTCGCTCAGATGCTGTTGCTTTGGTTGATGCATTTGATTTTCAGGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GTGACACTTGGCTCTGTGCTTGGCCGCTATGATGGGAATGTGTATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130731 GTGACACTTGGCTCTGTGCTTGGCCGCTATGATGGGAATGTGTATGAAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CTTGTTTGAGTGGGCTAAGAACTCCCCACTGAACAAAGCAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 130781 CTTGTTTGAGTGGGCTAAGAACTCCCCACTGAACAAAGCAGAGGTA...C

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1936   GTCCACGAATCTTACAAGCACCTGAAGTCACTGCAGTCCAAGCTC
        >>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132277 AGGTCCACGAATCTTACAAGCACCTGAAGTCACTGCAGTCCAAGCTC